More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4196 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  618  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  100 
 
 
298 aa  618  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  100 
 
 
298 aa  618  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.04 
 
 
300 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.0853e-05  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.41 
 
 
300 aa  240  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  5.33162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.73 
 
 
300 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.75 
 
 
300 aa  236  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.38 
 
 
300 aa  236  5e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.14587e-07  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.38 
 
 
300 aa  236  5e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.80359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.38 
 
 
300 aa  236  5e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.82492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.7 
 
 
300 aa  235  6e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.22246e-08  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.64 
 
 
300 aa  234  1e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.67 
 
 
300 aa  233  2e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.7 
 
 
300 aa  233  2e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.24 
 
 
303 aa  233  4e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.24 
 
 
303 aa  233  4e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  3.7985e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.7 
 
 
303 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.24 
 
 
300 aa  229  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.19 
 
 
329 aa  225  8e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.54279e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.33 
 
 
300 aa  222  5e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.33 
 
 
300 aa  221  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  35.25 
 
 
300 aa  203  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.4 
 
 
300 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.62 
 
 
314 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  6.55137e-06 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
300 aa  198  1e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
310 aa  195  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.98178e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
310 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.77256e-05 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 
310 aa  195  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
310 aa  195  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
310 aa  195  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.54931e-08  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
310 aa  195  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.44024e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  34.59 
 
 
310 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
310 aa  195  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.07553e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
310 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 
310 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 
310 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 
310 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  4.12761e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 
310 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.88 
 
 
310 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.49858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 
310 aa  190  3e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
309 aa  190  3e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  5.98647e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 
310 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.92 
 
 
310 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 
302 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.19 
 
 
303 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
306 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.71 
 
 
300 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
306 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
359 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
310 aa  184  1e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
310 aa  184  1e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 
310 aa  184  1e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
310 aa  184  1e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  34.4 
 
 
310 aa  184  1e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  34.4 
 
 
310 aa  184  1e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
310 aa  184  1e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
302 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 
300 aa  180  3e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
303 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
302 aa  179  5e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
302 aa  179  6e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
302 aa  179  6e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
300 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
302 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
302 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
342 aa  175  1e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
300 aa  174  2e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
335 aa  174  2e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  173  3e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
302 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
302 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  171  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  34.03 
 
 
297 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 
297 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
312 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
306 aa  169  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
297 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
306 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
297 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
304 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
297 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
320 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
306 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
306 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  5.97964e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
297 aa  166  6e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
297 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.9 
 
 
308 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.9 
 
 
308 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.9 
 
 
308 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 
308 aa  164  1e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.9 
 
 
308 aa  164  1e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.69 
 
 
308 aa  164  1e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.69 
 
 
308 aa  164  1e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  33.69 
 
 
308 aa  164  1e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.69 
 
 
308 aa  164  1e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
297 aa  164  2e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.69 
 
 
308 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  33.33 
 
 
308 aa  162  4e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
305 aa  163  4e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
320 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>