More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3718 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3804  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.99 
 
 
698 aa  867    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00343497  decreased coverage  0.0000140841 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0559  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.74 
 
 
698 aa  866    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000154535  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.17 
 
 
708 aa  712    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.449772  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1532  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  54.19 
 
 
697 aa  738    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4347  ATP-dependent DNA helicase RecQ  64.9 
 
 
699 aa  940    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0558193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3718  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 
698 aa  1442    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1571  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.24 
 
 
693 aa  697    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.000060483  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0485  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.67 
 
 
697 aa  733    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0673  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  48.48 
 
 
695 aa  626  1e-178  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.293047  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1318  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  47.83 
 
 
756 aa  626  1e-178  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0376564  decreased coverage  0.0000000122508 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.63 
 
 
693 aa  609  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.00000979868  decreased coverage  0.000575313 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1436  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.61 
 
 
691 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000631982  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1126  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.67 
 
 
691 aa  597  1e-169  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.760992  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0315  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.7 
 
 
698 aa  517  1.0000000000000001e-145  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.316141  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7074  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.14 
 
 
689 aa  501  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5584  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  43.6 
 
 
718 aa  496  1e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128967  normal  0.346665 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1193  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.25 
 
 
691 aa  492  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.346189  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4305  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.94 
 
 
724 aa  493  9.999999999999999e-139  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.586353  normal  0.167588 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3301  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.54 
 
 
723 aa  495  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4745  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.35 
 
 
691 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.865957 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4657  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.35 
 
 
691 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.17835  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5040  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.41 
 
 
691 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26563  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1524  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.23 
 
 
712 aa  491  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5233  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.23 
 
 
704 aa  483  1e-135  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.157625 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1626  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.57 
 
 
706 aa  482  1e-135  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.135098  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0447  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.06 
 
 
708 aa  472  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0452326  decreased coverage  0.00000647403 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5950  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.57 
 
 
749 aa  473  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0569292 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0677  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.24 
 
 
754 aa  469  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00766403  normal  0.0478204 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22560  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.26 
 
 
979 aa  463  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.188991  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03530  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.99 
 
 
734 aa  464  1e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0376  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.68 
 
 
712 aa  459  9.999999999999999e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06850  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.91 
 
 
713 aa  460  9.999999999999999e-129  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1612  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.05 
 
 
733 aa  457  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.644858 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1305  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.71 
 
 
766 aa  455  1.0000000000000001e-126  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.572742  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0672  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.82 
 
 
729 aa  455  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20415  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0819  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.25 
 
 
745 aa  452  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3226  ATP-dependent DNA helicase RecQ family  42.28 
 
 
691 aa  451  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225844  hitchhiker  0.0000186089 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1091  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  38.46 
 
 
788 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.305899  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0133  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.81 
 
 
714 aa  441  9.999999999999999e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.931384  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2394  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.9 
 
 
756 aa  436  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396069  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18920  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.21 
 
 
762 aa  435  1e-120  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.275245  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0184  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.71 
 
 
741 aa  428  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4035  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.29 
 
 
679 aa  426  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000527005  normal  0.0486665 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0827  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.83 
 
 
706 aa  415  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.493882  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1940  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.92 
 
 
706 aa  405  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.187923  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0495  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.84 
 
 
448 aa  267  5e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00264596  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6329  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.48 
 
 
588 aa  225  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0297  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.16 
 
 
725 aa  216  9e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1976  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.85 
 
 
602 aa  214  3.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.39 
 
 
731 aa  213  7.999999999999999e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0761  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.44 
 
 
593 aa  213  9e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.089844  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0744  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.44 
 
 
593 aa  213  9e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0884  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.96 
 
 
595 aa  212  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.385904  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.51 
 
 
602 aa  212  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3149  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.22 
 
 
1376 aa  212  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.212538 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2543  ATP-dependent DNA helicase RecQ  30.93 
 
 
543 aa  211  4e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.843392 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0888  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.67 
 
 
595 aa  211  5e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  29.96 
 
 
563 aa  210  6e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000199537  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2506  ATP-dependent DNA helicase RecQ  30.72 
 
 
543 aa  210  7e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2551  ATP-dependent DNA helicase RecQ  30.72 
 
 
543 aa  210  7e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.525573  normal  0.510247 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0838  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.67 
 
 
527 aa  210  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2543  ATP-dependent DNA helicase Q  38.74 
 
 
705 aa  208  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2842  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.74 
 
 
705 aa  208  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0115008  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2865  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.74 
 
 
705 aa  208  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000591362  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2576  ATP-dependent DNA helicase (RecQ)  38.74 
 
 
705 aa  207  5e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.238404  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2825  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.74 
 
 
705 aa  207  5e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000139283 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.01 
 
 
705 aa  207  6e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2398  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.57 
 
 
606 aa  207  6e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  30.56 
 
 
607 aa  207  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138004  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6295  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  34.63 
 
 
590 aa  207  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.6 
 
 
709 aa  206  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2627  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.46 
 
 
705 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.88 
 
 
709 aa  206  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2818  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.46 
 
 
705 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.01256  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0900  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.3 
 
 
605 aa  206  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.586975  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2466  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.02 
 
 
705 aa  206  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.425923  normal  0.631246 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2064  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.98 
 
 
729 aa  205  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.256854  normal  0.150426 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.22 
 
 
451 aa  205  2e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0412103  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.84 
 
 
737 aa  205  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37 
 
 
736 aa  204  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.765409 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1919  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.57 
 
 
706 aa  204  6e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77164  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.5 
 
 
716 aa  203  8e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2826  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.74 
 
 
705 aa  203  8e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1951  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.39 
 
 
729 aa  202  9.999999999999999e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1003  superfamily II DNA helicase  36.19 
 
 
597 aa  203  9.999999999999999e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000133719  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4974  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  32.3 
 
 
568 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581094  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0020  hypothetical protein  37.94 
 
 
493 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  37.97 
 
 
679 aa  201  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4005  ATP-dependent DNA helicase RecQ  33.13 
 
 
630 aa  201  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  38.2 
 
 
615 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4797  ATP-dependent DNA helicase RecQ  30.29 
 
 
590 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1318  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.78 
 
 
419 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.227704  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  30.64 
 
 
562 aa  201  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.54 
 
 
611 aa  201  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1427  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.38 
 
 
709 aa  201  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1711  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.28 
 
 
624 aa  200  6e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.97 
 
 
592 aa  199  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4236  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  30.96 
 
 
535 aa  198  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3741  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  32.72 
 
 
705 aa  199  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.158627  normal  0.0164028 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.34 
 
 
714 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>