More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3686 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  99.58 
 
 
239 aa  483  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  99.58 
 
 
239 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  98.74 
 
 
239 aa  481  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  99.58 
 
 
239 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  99.58 
 
 
239 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  99.16 
 
 
239 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  98.74 
 
 
239 aa  481  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  98.74 
 
 
239 aa  482  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  99.16 
 
 
239 aa  483  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  99.16 
 
 
239 aa  483  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  84.94 
 
 
239 aa  422  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  84.1 
 
 
239 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  82.85 
 
 
240 aa  413  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  81.59 
 
 
239 aa  411  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  80.08 
 
 
241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  80.08 
 
 
241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  80.08 
 
 
241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  80.25 
 
 
240 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  80.51 
 
 
241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  80.51 
 
 
241 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  80.67 
 
 
240 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  79.24 
 
 
241 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  78.81 
 
 
241 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  79.66 
 
 
241 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  79.24 
 
 
241 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  79.57 
 
 
240 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  80.17 
 
 
240 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  79.66 
 
 
241 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  79.24 
 
 
241 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  79.24 
 
 
241 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  79.24 
 
 
241 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  79.15 
 
 
241 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  70.04 
 
 
246 aa  346  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  70.34 
 
 
245 aa  346  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  67.78 
 
 
257 aa  343  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0271  osmolarity response regulator  68.35 
 
 
246 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  67.93 
 
 
246 aa  338  5e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0246  osmolarity response regulator  67.93 
 
 
246 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  67.51 
 
 
246 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0261  osmolarity response regulator  67.93 
 
 
246 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4966  osmolarity response regulator  67.51 
 
 
246 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00196418 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  65.68 
 
 
248 aa  335  5e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1980  osmolarity response regulator  65.68 
 
 
243 aa  333  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.431202  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0260  osmolarity response regulator  67.09 
 
 
246 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948807  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  67.83 
 
 
254 aa  332  3e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  67.83 
 
 
254 aa  332  3e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5944  osmolarity response regulator  71.31 
 
 
247 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68700  osmolarity response regulator  71.31 
 
 
247 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  65.81 
 
 
243 aa  318  3.9999999999999996e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  65.38 
 
 
243 aa  318  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  64.68 
 
 
243 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  65.38 
 
 
243 aa  316  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  65.38 
 
 
243 aa  316  2e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  65.38 
 
 
243 aa  316  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  63.71 
 
 
244 aa  315  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  63.09 
 
 
243 aa  310  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  61.97 
 
 
245 aa  310  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  61.54 
 
 
245 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  64.29 
 
 
236 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1485  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
241 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.021777  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2507  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
241 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.734124  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2094  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
241 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2395  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1980  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0224779  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1333  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00265076  decreased coverage  0.0000710625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5249  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1962  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.187967  normal  0.0634815 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3325  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000316731  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1853  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00101518  hitchhiker  0.0000149756 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1253  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.512472  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1938  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0280828  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6141  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2352  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.260389  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1926  osmolarity response regulator  68.67 
 
 
244 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0250147  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1003  osmolarity response regulator  68.24 
 
 
244 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710839  normal  0.39184 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1879  osmolarity response regulator  68.24 
 
 
244 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276509  normal  0.342548 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2307  osmolarity response regulator  68.24 
 
 
244 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0713504  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0654  two component transcriptional regulator  63.64 
 
 
244 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1368  osmolarity response regulator  66.53 
 
 
240 aa  301  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1947  osmolarity response regulator  66.53 
 
 
240 aa  301  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1648  osmolarity response regulator  65.55 
 
 
240 aa  299  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1898  osmolarity response regulator  66.67 
 
 
240 aa  298  6e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.065084  normal  0.515659 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1569  osmolarity response regulator  66.67 
 
 
240 aa  298  6e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306137  normal  0.101265 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  58.4 
 
 
267 aa  288  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3274  transcriptional regulator OmpR, putative  55.42 
 
 
245 aa  252  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0331967  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2872  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.42 
 
 
245 aa  252  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000541059  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0390  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.07 
 
 
237 aa  249  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0687003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>