More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3460 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  99.58 
 
 
711 aa  1431  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.49 
 
 
701 aa  877  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181629  normal  0.111929 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.63 
 
 
700 aa  662  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.04 
 
 
717 aa  665  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.94 
 
 
752 aa  782  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.32 
 
 
705 aa  1278  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.4 
 
 
696 aa  905  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.75 
 
 
715 aa  924  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.29 
 
 
753 aa  919  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.79 
 
 
700 aa  1043  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.44924e-06  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.82 
 
 
711 aa  771  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.14 
 
 
721 aa  658  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.83556e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.82 
 
 
704 aa  1038  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.45882e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.2 
 
 
705 aa  1281  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.26 
 
 
716 aa  786  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.32 
 
 
705 aa  1278  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  99.72 
 
 
711 aa  1433  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.05 
 
 
712 aa  914  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  56.92 
 
 
715 aa  788  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.84 
 
 
700 aa  898  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.89 
 
 
714 aa  926  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.15 
 
 
722 aa  871  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1497  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.41 
 
 
767 aa  907  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00694451 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.55 
 
 
700 aa  895  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.17 
 
 
725 aa  788  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.04 
 
 
715 aa  927  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  2.89568e-05  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.46 
 
 
702 aa  1033  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  1.50136e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.74 
 
 
739 aa  769  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0725  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.64 
 
 
701 aa  882  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.959792  normal  0.0305384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
711 aa  1436  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.86 
 
 
704 aa  1027  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  7.12799e-06  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  99.86 
 
 
711 aa  1434  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  99.72 
 
 
711 aa  1433  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.36 
 
 
714 aa  793  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
698 aa  666  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.71 
 
 
720 aa  780  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.95 
 
 
717 aa  788  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.12 
 
 
696 aa  756  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.66 
 
 
712 aa  1103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.02 
 
 
720 aa  638  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.68 
 
 
725 aa  868  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.14 
 
 
699 aa  1048  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.62505e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  95.5 
 
 
711 aa  1363  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.35 
 
 
740 aa  761  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.57 
 
 
722 aa  879  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.34 
 
 
740 aa  660  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.86 
 
 
774 aa  731  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.49 
 
 
701 aa  880  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.65 
 
 
704 aa  861  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.47 
 
 
710 aa  1079  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.4 
 
 
696 aa  905  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.62 
 
 
730 aa  770  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.64 
 
 
728 aa  786  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.32 
 
 
705 aa  1278  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.11 
 
 
722 aa  708  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.86 
 
 
710 aa  672  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.01 
 
 
713 aa  800  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.93 
 
 
700 aa  1045  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.61182e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.79 
 
 
701 aa  902  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.29 
 
 
702 aa  858  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.43 
 
 
714 aa  768  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
698 aa  666  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.39 
 
 
700 aa  1049  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.90055e-06  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0380  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.28 
 
 
703 aa  674  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  3.45435e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.91 
 
 
706 aa  1285  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  90.43 
 
 
706 aa  1285  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  99.58 
 
 
734 aa  1434  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.95 
 
 
722 aa  1268  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.26 
 
 
724 aa  876  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.8 
 
 
712 aa  795  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
712 aa  662  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.84021e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3514  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.17 
 
 
772 aa  927  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42780  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.08 
 
 
702 aa  892  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.705764  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 
701 aa  649  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.31 
 
 
727 aa  932  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.37 
 
 
714 aa  783  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.87 
 
 
693 aa  943  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.57 
 
 
696 aa  767  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.67 
 
 
736 aa  684  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.77 
 
 
735 aa  692  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  66.57 
 
 
695 aa  898  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  48.9 
 
 
720 aa  647  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.85 
 
 
733 aa  651  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.77 
 
 
710 aa  644  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.9638e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0398  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.41 
 
 
732 aa  637  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002613  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  75.73 
 
 
711 aa  1078  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.26 
 
 
711 aa  661  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1463  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  61.49 
 
 
698 aa  817  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  89.35 
 
 
706 aa  1283  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.4 
 
 
723 aa  655  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.95 
 
 
736 aa  661  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.67 
 
 
742 aa  688  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.47 
 
 
746 aa  654  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.22 
 
 
705 aa  673  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.14 
 
 
725 aa  781  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.97 
 
 
721 aa  697  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.97 
 
 
721 aa  697  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.95 
 
 
702 aa  886  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.1 
 
 
728 aa  657  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.26 
 
 
734 aa  649  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>