More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3330 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  89.45 
 
 
489 aa  885  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  74.57 
 
 
464 aa  663  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  99.8 
 
 
495 aa  991  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  99.8 
 
 
495 aa  991  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  73.56 
 
 
497 aa  710  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  75 
 
 
465 aa  640  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  74.57 
 
 
464 aa  663  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  99.8 
 
 
493 aa  992  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  99.59 
 
 
493 aa  991  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  99.39 
 
 
495 aa  989  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  100 
 
 
493 aa  995  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  89.66 
 
 
489 aa  887  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  89.45 
 
 
489 aa  885  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  89.66 
 
 
489 aa  887  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  73.17 
 
 
469 aa  666  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  99.8 
 
 
493 aa  992  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  74.95 
 
 
463 aa  674  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  6.73159e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  89.66 
 
 
489 aa  887  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  99.8 
 
 
493 aa  992  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  76.37 
 
 
463 aa  680  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  72.56 
 
 
470 aa  671  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  99.8 
 
 
493 aa  992  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  85.02 
 
 
494 aa  851  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  45.43 
 
 
441 aa  378  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  46.22 
 
 
442 aa  376  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.01167e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  46.61 
 
 
438 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.58125e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  46.37 
 
 
445 aa  374  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  44.75 
 
 
462 aa  356  5e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.44286e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.33 
 
 
436 aa  348  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  1.14483e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  43.83 
 
 
443 aa  345  8e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  6.11538e-05  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  43.02 
 
 
432 aa  340  5e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.29322e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  42.89 
 
 
435 aa  339  6e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  43.31 
 
 
435 aa  338  1e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.09945e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  42.92 
 
 
435 aa  337  3e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.45313e-06  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  42.7 
 
 
435 aa  335  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  4.56355e-08  hitchhiker  5.11139e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  42.7 
 
 
435 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  5.55232e-06  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  43.52 
 
 
444 aa  334  3e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  41.78 
 
 
434 aa  334  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.35514e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  44 
 
 
435 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.13836e-08  hitchhiker  8.82186e-11 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  44 
 
 
435 aa  332  8e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.08694e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  44 
 
 
435 aa  332  8e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.21601e-07  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  44 
 
 
435 aa  332  8e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.84345e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  43.02 
 
 
448 aa  325  1e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.76987e-07  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  42.6 
 
 
441 aa  324  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.83275e-07  unclonable  1.04798e-10 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  44.24 
 
 
431 aa  323  5e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  43.29 
 
 
432 aa  308  2e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  9.73822e-05  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  40.89 
 
 
449 aa  308  2e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  36.91 
 
 
616 aa  274  3e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.7 
 
 
616 aa  272  1e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  39.78 
 
 
440 aa  270  5e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.15 
 
 
461 aa  248  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.59 
 
 
480 aa  247  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  36.75 
 
 
455 aa  245  2e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.74 
 
 
477 aa  244  2e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.69 
 
 
453 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  36.53 
 
 
455 aa  242  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.12 
 
 
477 aa  241  3e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.66 
 
 
477 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.17 
 
 
478 aa  234  4e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.39 
 
 
477 aa  233  8e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.2 
 
 
449 aa  230  5e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  35 
 
 
479 aa  229  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  35.01 
 
 
482 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  34.86 
 
 
481 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.52 
 
 
489 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.63 
 
 
479 aa  223  5e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.71 
 
 
497 aa  219  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.99 
 
 
450 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.85 
 
 
452 aa  216  1e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  33.41 
 
 
452 aa  215  1e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  32.67 
 
 
493 aa  213  6e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.57 
 
 
494 aa  212  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  32.41 
 
 
454 aa  211  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  34.27 
 
 
443 aa  208  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.11 
 
 
434 aa  207  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  30.87 
 
 
484 aa  202  1e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.26 
 
 
468 aa  199  7e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.72 
 
 
452 aa  198  2e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.89 
 
 
478 aa  196  8e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.36 
 
 
453 aa  196  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.96 
 
 
488 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.37 
 
 
489 aa  191  3e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3077  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.99 
 
 
491 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.762548  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.07 
 
 
469 aa  189  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  30.31 
 
 
437 aa  187  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.3 
 
 
512 aa  186  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.42 
 
 
450 aa  186  9e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.31 
 
 
441 aa  185  2e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.73 
 
 
442 aa  183  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2883  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.1 
 
 
442 aa  183  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00170075  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.78 
 
 
446 aa  182  9e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.3 
 
 
480 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.44 
 
 
445 aa  180  4e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  30.23 
 
 
479 aa  179  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.49 
 
 
446 aa  177  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  1.51154e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.26 
 
 
405 aa  176  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.33 
 
 
498 aa  174  3e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.57 
 
 
446 aa  174  4e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.82 
 
 
447 aa  172  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.05 
 
 
464 aa  170  6e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>