177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2851 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  100 
 
 
120 aa  244  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  99.17 
 
 
120 aa  242  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  99.14 
 
 
116 aa  233  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  99.14 
 
 
116 aa  233  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  99.14 
 
 
116 aa  233  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  99.14 
 
 
116 aa  233  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  99.14 
 
 
116 aa  233  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  99.14 
 
 
116 aa  233  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  86.96 
 
 
118 aa  210  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  86.96 
 
 
118 aa  210  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  86.96 
 
 
118 aa  210  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  86.96 
 
 
118 aa  210  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  86.96 
 
 
118 aa  210  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  77.59 
 
 
116 aa  190  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2435  hydrogenase nickel incorporation protein  60.53 
 
 
114 aa  134  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.931347  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  49.12 
 
 
113 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  49.12 
 
 
113 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  49.12 
 
 
113 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  49.12 
 
 
113 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  49.12 
 
 
113 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  53.04 
 
 
114 aa  120  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.12 
 
 
113 aa  120  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  47.37 
 
 
113 aa  117  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  47.37 
 
 
113 aa  116  7.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.35 
 
 
113 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.47 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
113 aa  86.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  84.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  83.6  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  83.6  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  35.14 
 
 
110 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
114 aa  81.6  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  35.4 
 
 
113 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  33.33 
 
 
110 aa  79  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  35.4 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  77  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.21 
 
 
113 aa  74.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.03 
 
 
138 aa  70.9  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
116 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
128 aa  68.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
121 aa  68.6  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
115 aa  67.4  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  29.82 
 
 
113 aa  67  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
117 aa  67  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
120 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  29.82 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
114 aa  66.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.75 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.21 
 
 
123 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.62 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
114 aa  63.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
114 aa  63.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.43 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.31 
 
 
119 aa  62.4  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
110 aa  62  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.31 
 
 
119 aa  61.6  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
124 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
110 aa  61.2  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.17 
 
 
115 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.3 
 
 
117 aa  60.1  0.000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
113 aa  60.1  0.000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
110 aa  60.1  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.45 
 
 
117 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.08 
 
 
127 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
110 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  28.07 
 
 
110 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.77 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
117 aa  58.5  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.07 
 
 
110 aa  58.2  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.17 
 
 
130 aa  57.8  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
114 aa  57.8  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.48 
 
 
121 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.59 
 
 
119 aa  57.4  0.00000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  57.4  0.00000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 
136 aa  57  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  28.95 
 
 
114 aa  57  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.79 
 
 
128 aa  57  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
114 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>