More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1686 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  98.26 
 
 
516 aa  1044    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  98.45 
 
 
516 aa  1046    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  100 
 
 
516 aa  1062    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  76.31 
 
 
516 aa  791    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  98.64 
 
 
516 aa  1050    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  98.06 
 
 
516 aa  1043    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  98.26 
 
 
516 aa  1043    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  98.64 
 
 
516 aa  1049    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  57.31 
 
 
521 aa  593  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  44.67 
 
 
515 aa  473  1e-132  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  33.97 
 
 
520 aa  256  8e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.78 
 
 
531 aa  236  7e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1255  extracellular solute-binding protein family 5  31.04 
 
 
566 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  31.38 
 
 
509 aa  234  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  31.18 
 
 
544 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 
528 aa  219  7e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  31.08 
 
 
524 aa  214  3.9999999999999995e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  29.62 
 
 
521 aa  213  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.62 
 
 
521 aa  213  7.999999999999999e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  29.62 
 
 
521 aa  213  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 
521 aa  213  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  30.51 
 
 
544 aa  211  3e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.41 
 
 
521 aa  210  4e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 
518 aa  209  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
501 aa  204  2e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.22 
 
 
535 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 
528 aa  199  7e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 
532 aa  198  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 
526 aa  197  3e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
501 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.23 
 
 
541 aa  197  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.39 
 
 
534 aa  196  9e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
527 aa  194  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0422  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 
525 aa  194  3e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  28.39 
 
 
523 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  27.94 
 
 
502 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0407  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 
528 aa  190  5.999999999999999e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00229954  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  28.98 
 
 
525 aa  189  8e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  29.69 
 
 
540 aa  189  9e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  28.19 
 
 
526 aa  189  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 
546 aa  188  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.87 
 
 
512 aa  187  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  28.89 
 
 
547 aa  187  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 
545 aa  186  6e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 
504 aa  187  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 
564 aa  186  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 
504 aa  186  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  28.92 
 
 
547 aa  186  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 
535 aa  186  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.83 
 
 
503 aa  186  9e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 
538 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  27.24 
 
 
535 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 
503 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 
529 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
529 aa  183  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  30.02 
 
 
532 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
535 aa  182  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.89 
 
 
526 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 
539 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.89 
 
 
526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 
529 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.89 
 
 
526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.89 
 
 
526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  30.04 
 
 
531 aa  181  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  26.37 
 
 
535 aa  180  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  26.37 
 
 
535 aa  180  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.37 
 
 
535 aa  180  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.7 
 
 
526 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  31.43 
 
 
522 aa  180  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  31.43 
 
 
522 aa  180  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.35 
 
 
532 aa  179  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
535 aa  178  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1982  extracellular solute-binding protein  29.04 
 
 
508 aa  178  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.204968  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  29.63 
 
 
522 aa  178  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
538 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.36 
 
 
534 aa  178  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  27 
 
 
535 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  26.25 
 
 
538 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
528 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
543 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.86 
 
 
550 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 
535 aa  177  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  26.32 
 
 
535 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26.32 
 
 
535 aa  176  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.32 
 
 
535 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.32 
 
 
535 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  26.32 
 
 
535 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  26.32 
 
 
535 aa  176  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.32 
 
 
535 aa  176  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.32 
 
 
535 aa  176  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5381  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  28.54 
 
 
524 aa  176  7e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.121189  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3308  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 
528 aa  176  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.63 
 
 
538 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  28.85 
 
 
523 aa  176  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3570  extracellular solute-binding protein family 5  29.86 
 
 
506 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
511 aa  176  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.96 
 
 
540 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.93 
 
 
516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.94 
 
 
565 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  29.28 
 
 
531 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>