266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0691 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A0784  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000606436  normal  0.448527 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0831  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0796  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000227497  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0762  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000162709  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0691  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152915  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4653  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.43114e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0723  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000925  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0459  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000131572  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0737  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000058826  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00013  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000122077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5018  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000585411  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000661955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000338486  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.249207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0062  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0075  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000116589  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000358312  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  93.9 
 
 
82 bp  123  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  93.9 
 
 
82 bp  123  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  93.9 
 
 
82 bp  123  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  93.9 
 
 
82 bp  123  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1765  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000020879  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu03  tRNA-Leu  91.86 
 
 
88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0175696  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0093  tRNA-Leu  92.94 
 
 
86 bp  113  7.000000000000001e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  96.92 
 
 
82 bp  113  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  95.45 
 
 
82 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  95.45 
 
 
82 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  95.45 
 
 
85 bp  107  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  95.45 
 
 
82 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  95.45 
 
 
82 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  95.45 
 
 
85 bp  107  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  95.45 
 
 
82 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1774  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1776  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000114198  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1770  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135684  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  91.14 
 
 
85 bp  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  92.86 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  98.08 
 
 
85 bp  95.6  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  92.42 
 
 
85 bp  91.7  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  92.42 
 
 
85 bp  91.7  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  96.23 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505134  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000179854  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000103773  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109808  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  89.19 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  89.19 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  89.19 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  89.19 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0017  tRNA-Leu  95.92 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.137168  normal  0.352813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>