More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0441 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 
323 aa  653    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 
323 aa  653    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  95.36 
 
 
323 aa  630  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  95.36 
 
 
323 aa  630  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  95.36 
 
 
323 aa  630  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  95.36 
 
 
323 aa  630  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  95.36 
 
 
323 aa  630  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  87.93 
 
 
323 aa  590  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2903  preprotein translocase subunit SecF  87 
 
 
323 aa  567  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3094  preprotein translocase subunit SecF  87.62 
 
 
323 aa  565  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.278166  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  82.35 
 
 
322 aa  550  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3120  preprotein translocase subunit SecF  81.11 
 
 
322 aa  518  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0405125  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3381  preprotein translocase subunit SecF  81.11 
 
 
322 aa  518  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0144101  normal  0.396634 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3261  preprotein translocase subunit SecF  81.11 
 
 
322 aa  518  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.578435  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3288  preprotein translocase subunit SecF  74.92 
 
 
322 aa  479  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1022  preprotein translocase subunit SecF  75.08 
 
 
324 aa  477  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0600  protein-export membrane protein SecF  57.7 
 
 
306 aa  371  1e-102  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  53.07 
 
 
315 aa  352  5.9999999999999994e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  56.63 
 
 
315 aa  350  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  54.52 
 
 
315 aa  350  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  53.97 
 
 
316 aa  337  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  52.06 
 
 
315 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  51.42 
 
 
315 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2211  preprotein translocase subunit SecF  53.55 
 
 
314 aa  326  3e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.220964 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  47.12 
 
 
315 aa  323  3e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  50.81 
 
 
313 aa  322  8e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  51.59 
 
 
313 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  47.62 
 
 
315 aa  314  9.999999999999999e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  51.62 
 
 
315 aa  310  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  49.68 
 
 
315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  49.21 
 
 
315 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  50.97 
 
 
315 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1312  preprotein translocase subunit SecF  50.98 
 
 
313 aa  305  7e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.187294  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  49.68 
 
 
315 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  49.68 
 
 
315 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  49.36 
 
 
315 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  49.36 
 
 
315 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  49.36 
 
 
315 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  49.36 
 
 
315 aa  301  9e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  49.36 
 
 
315 aa  301  9e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  47.95 
 
 
312 aa  295  9e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2889  preprotein translocase subunit SecF  51.93 
 
 
315 aa  294  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000629469 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1759  preprotein translocase subunit SecF  51.42 
 
 
315 aa  292  7e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.020465  normal  0.0122623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  46.95 
 
 
313 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1330  SecF protein  45.42 
 
 
338 aa  281  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0105179  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  44.82 
 
 
337 aa  275  9e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  44.82 
 
 
316 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  46.84 
 
 
312 aa  271  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  44.77 
 
 
303 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  45.57 
 
 
302 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  44.77 
 
 
303 aa  268  7e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  45.9 
 
 
302 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  45.42 
 
 
302 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  43.59 
 
 
305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  43.59 
 
 
305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4618  preprotein translocase subunit SecF  45.6 
 
 
304 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178717  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  43.96 
 
 
304 aa  261  2e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  43.96 
 
 
304 aa  260  2e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  42.9 
 
 
315 aa  256  4e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3993  preprotein translocase subunit SecF  41.04 
 
 
316 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.117459  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4342  preprotein translocase subunit SecF  44.77 
 
 
302 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.0000000544827 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  47.57 
 
 
314 aa  252  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  43.24 
 
 
304 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2528  preprotein translocase subunit SecF  40.39 
 
 
316 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0702  preprotein translocase subunit SecF  40.39 
 
 
316 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.686375  normal  0.807805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2811  preprotein translocase subunit SecF  39.12 
 
 
323 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  39.67 
 
 
310 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  40.67 
 
 
314 aa  246  4e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1293  preprotein translocase subunit SecF  42.24 
 
 
306 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14650  preprotein translocase subunit SecF  42.24 
 
 
306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  38.44 
 
 
316 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2947  preprotein translocase subunit SecF  39.38 
 
 
324 aa  245  8e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  38.44 
 
 
316 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  38.44 
 
 
316 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  39.34 
 
 
311 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40450  preprotein translocase subunit SecF  44.26 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  38.11 
 
 
316 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  38.76 
 
 
316 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  38.76 
 
 
316 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  38.76 
 
 
316 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3807  preprotein translocase subunit SecF  38.44 
 
 
316 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2384  preprotein translocase subunit SecF  38.11 
 
 
313 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2570  preprotein translocase subunit SecF  38.11 
 
 
313 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  38.74 
 
 
317 aa  240  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1162  preprotein translocase subunit SecF  38.11 
 
 
313 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0300  preprotein translocase subunit SecF  38.11 
 
 
313 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2960  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 
323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1509  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 
324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.444089 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2550  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 
323 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.341971  normal  0.338499 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  39.07 
 
 
317 aa  239  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0609  preprotein translocase subunit SecF  38.44 
 
 
316 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  41.91 
 
 
302 aa  238  8e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0634  preprotein translocase subunit SecF  38.11 
 
 
316 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>