More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0097 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
306 aa  618  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  98.37 
 
 
306 aa  610  1e-174  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  98.37 
 
 
306 aa  610  1e-174  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.01829e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  98.37 
 
 
306 aa  610  1e-174  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  98.37 
 
 
306 aa  610  1e-174  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.99622e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  98.04 
 
 
306 aa  608  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  97.71 
 
 
306 aa  608  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  98.04 
 
 
306 aa  607  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  98.04 
 
 
306 aa  607  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  90.85 
 
 
306 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  90.2 
 
 
306 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  90.52 
 
 
306 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  3.71528e-06 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  90.2 
 
 
306 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  82.95 
 
 
306 aa  518  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0139  D-alanine--D-alanine ligase  83.66 
 
 
285 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.517972 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  71.9 
 
 
306 aa  459  1e-128  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  70.49 
 
 
306 aa  447  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  70.82 
 
 
306 aa  446  1e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  72.55 
 
 
306 aa  440  1e-122  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  72.55 
 
 
306 aa  440  1e-122  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  72.55 
 
 
306 aa  440  1e-122  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  63.25 
 
 
308 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  59.27 
 
 
310 aa  339  3e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  55.78 
 
 
306 aa  332  5e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  56.77 
 
 
302 aa  328  8e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  54.46 
 
 
301 aa  327  1e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  53 
 
 
306 aa  325  5e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  51.46 
 
 
319 aa  318  6e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  54.67 
 
 
316 aa  317  2e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.36858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  51.32 
 
 
323 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  54.49 
 
 
332 aa  315  7e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.37974e-05  hitchhiker  1.25004e-05 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  50.97 
 
 
332 aa  314  1e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  55.33 
 
 
304 aa  314  1e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  50.97 
 
 
332 aa  314  1e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  53 
 
 
313 aa  313  2e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  51.51 
 
 
324 aa  313  2e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  51.17 
 
 
322 aa  312  5e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  52.17 
 
 
319 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  50.5 
 
 
317 aa  308  6e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  52.84 
 
 
304 aa  308  8e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  51.48 
 
 
334 aa  308  9e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2190  D-alanine--D-alanine ligase  54.52 
 
 
311 aa  306  2e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.10394  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  52.17 
 
 
319 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  52.32 
 
 
313 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  50.84 
 
 
318 aa  305  4e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  50.17 
 
 
318 aa  305  5e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  52.51 
 
 
319 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  52.65 
 
 
313 aa  305  7e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  50.5 
 
 
318 aa  304  1e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3517  D-alanine--D-alanine ligase  52.15 
 
 
318 aa  304  1e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  50.5 
 
 
318 aa  303  2e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1749  D-alanine--D-alanine ligase  52.16 
 
 
366 aa  303  3e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  53.47 
 
 
318 aa  302  5e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  51.51 
 
 
315 aa  302  6e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  50.17 
 
 
313 aa  301  7e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2671  D-alanine--D-alanine ligase  51.66 
 
 
313 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  50.98 
 
 
327 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  52.17 
 
 
319 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0465  D-alanine--D-alanine ligase  50.99 
 
 
313 aa  299  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 
327 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  51.67 
 
 
325 aa  299  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2030  D-alanine--D-alanine ligase  51.16 
 
 
379 aa  299  4e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.24983  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0490  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 
313 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107691  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 
326 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  50.82 
 
 
338 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  52.12 
 
 
325 aa  296  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3647  D-alanine--D-alanine ligase  51.66 
 
 
313 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.498697  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3523  D-alanine--D-alanine ligase  50.99 
 
 
312 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3542  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 
312 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3548  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 
312 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21895  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3234  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 
312 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1329  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 
312 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0470  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 
312 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  50.83 
 
 
320 aa  295  5e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2549  D-alanine--D-alanine ligase  50.66 
 
 
312 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2834  D-alanine--D-alanine ligase  51.79 
 
 
313 aa  295  7e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00118098  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1120  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 
312 aa  294  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  51.52 
 
 
329 aa  294  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  51 
 
 
309 aa  295  1e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0532  D-alanine--D-alanine ligase  51.32 
 
 
313 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000500002  normal  0.541798 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 
314 aa  293  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0561  D-alanine--D-alanine ligase  50.99 
 
 
313 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0620941  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0079  D-alanine--D-alanine ligase  50.99 
 
 
313 aa  292  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.704637  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  52.12 
 
 
320 aa  291  9e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  8.02497e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  52.84 
 
 
309 aa  290  3e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  49.84 
 
 
346 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  51.47 
 
 
320 aa  289  4e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  49.35 
 
 
331 aa  288  7e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  51.7 
 
 
314 aa  286  3e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  50.83 
 
 
331 aa  285  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  50.83 
 
 
331 aa  283  2e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  51.16 
 
 
331 aa  283  2e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  49.17 
 
 
313 aa  279  4e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  49.51 
 
 
337 aa  278  7e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  49.01 
 
 
337 aa  273  2e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  7.36036e-05  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  45.78 
 
 
317 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  4.18412e-12 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  46.38 
 
 
324 aa  268  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  49.03 
 
 
308 aa  265  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  49.03 
 
 
308 aa  265  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  43.79 
 
 
309 aa  256  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>