More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0096 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0084  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  99.8 
 
 
491 aa  1002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0093  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  100 
 
 
491 aa  1006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00127987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0411  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.74 
 
 
489 aa  648  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.95093  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0762  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  87.35 
 
 
492 aa  836  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0384116  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2917  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.12 
 
 
507 aa  818  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.813315  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0518  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  65.07 
 
 
490 aa  664  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3517  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.12 
 
 
500 aa  818  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3566  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  99.8 
 
 
491 aa  1003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.760488  hitchhiker  0.00715106 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0099  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  100 
 
 
491 aa  1006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721089  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0356  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.18 
 
 
479 aa  649  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.207602  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2643  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.57 
 
 
487 aa  684  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0138  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  95.1 
 
 
491 aa  878  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.452128 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0146  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  95.1 
 
 
491 aa  878  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00608267  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0096  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  100 
 
 
491 aa  1006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0263957  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0145  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  94.9 
 
 
491 aa  875  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.757976 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0141  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  94.9 
 
 
491 aa  875  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.981811  hitchhiker  7.6686e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3569  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.18 
 
 
488 aa  639  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  5.67341e-08 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0141  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  95.1 
 
 
491 aa  878  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0846069  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00903  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  70.62 
 
 
485 aa  721  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3386  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.12 
 
 
500 aa  818  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.643221  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0649  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.54 
 
 
486 aa  788  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40129  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3509  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  99.8 
 
 
491 aa  1003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402101  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004489  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  70.21 
 
 
485 aa  721  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276736  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0097  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  100 
 
 
491 aa  1006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0154515  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3779  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  85.8 
 
 
486 aa  804  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.60194  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3742  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.97 
 
 
488 aa  637  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0113506  hitchhiker  3.37645e-07 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3591  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.21 
 
 
486 aa  811  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3452  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.08 
 
 
484 aa  647  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000273756 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0611  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.9 
 
 
486 aa  811  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.161484  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00092  UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase  100 
 
 
491 aa  1006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.587237  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1978  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  72.92 
 
 
486 aa  690  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0586657  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00091  hypothetical protein  100 
 
 
491 aa  1006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.517362  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0387  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.97 
 
 
488 aa  637  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110933  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0637  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  93.06 
 
 
491 aa  855  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00852309  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0359  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.44 
 
 
476 aa  648  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4218  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.34 
 
 
488 aa  633  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4532  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.14 
 
 
489 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.323357  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0402  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.97 
 
 
488 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.366897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0414  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.97 
 
 
488 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104727 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0403  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.97 
 
 
488 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0491685  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0488  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
488 aa  626  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0428  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.97 
 
 
488 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.19875  hitchhiker  9.35532e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3803  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.55 
 
 
485 aa  624  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.595794  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1338  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.68 
 
 
482 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0752628 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3810  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.09 
 
 
489 aa  624  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.144086  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4672  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  62.31 
 
 
486 aa  620  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0155778  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0945  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.34 
 
 
482 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4386  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.26 
 
 
482 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0804649  normal  0.186953 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4511  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.34 
 
 
482 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0355  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.14 
 
 
484 aa  621  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000792879 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13260  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.81 
 
 
488 aa  617  1e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.701175  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4464  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  64.32 
 
 
503 aa  617  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.504699  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4101  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.24 
 
 
486 aa  606  1e-172  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.506698  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4407  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  61.69 
 
 
486 aa  606  1e-172  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1148  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  65.26 
 
 
487 aa  606  1e-172  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3518  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  63.42 
 
 
484 aa  603  1e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0923  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  62.47 
 
 
480 aa  597  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4983  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.59 
 
 
480 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57330  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.59 
 
 
480 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0849  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.34 
 
 
474 aa  584  1e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03257  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  62.32 
 
 
481 aa  572  1e-162  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2451  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.81 
 
 
481 aa  564  1e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2613  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  58.62 
 
 
473 aa  557  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00649562  unclonable  5.96507e-12 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0525  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.41 
 
 
476 aa  532  1e-150  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0132374  hitchhiker  6.36277e-05 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1750  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.96 
 
 
479 aa  528  1e-149  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2189  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.3 
 
 
488 aa  530  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.916077  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2031  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.74 
 
 
479 aa  525  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345646  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2428  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  56.49 
 
 
472 aa  516  1e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0120  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55.99 
 
 
463 aa  513  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0146201 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2667  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.76 
 
 
469 aa  505  1e-142  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0770  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.66 
 
 
475 aa  507  1e-142  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.565626  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2537  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.55 
 
 
469 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2860  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  59.01 
 
 
476 aa  502  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0184261  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0451  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  54.11 
 
 
491 aa  502  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.367175  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0487  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.25 
 
 
467 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0267427  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3469  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.47 
 
 
467 aa  501  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0154582  hitchhiker  0.00481744 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2672  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55.46 
 
 
464 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3426  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.56 
 
 
471 aa  497  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.294637  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.7 
 
 
477 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.91 
 
 
477 aa  498  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1119  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.81 
 
 
465 aa  498  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2268  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.51 
 
 
475 aa  497  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2978  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.05 
 
 
475 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.680474  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0584  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  53.7 
 
 
461 aa  494  1e-138  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.44121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0078  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.81 
 
 
465 aa  492  1e-138  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0560  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.81 
 
 
465 aa  492  1e-138  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.141354  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2192  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.76 
 
 
479 aa  492  1e-138  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604206  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3646  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.81 
 
 
465 aa  492  1e-138  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2843  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.49 
 
 
483 aa  489  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3088  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.4 
 
 
483 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.47524  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0531  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.59 
 
 
465 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0298409  normal  0.578451 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0471  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.94 
 
 
465 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2090  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.49 
 
 
486 aa  487  1e-136  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.787988  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3233  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.94 
 
 
465 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1330  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.94 
 
 
465 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3524  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.94 
 
 
465 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3549  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.94 
 
 
465 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2723  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.19 
 
 
483 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2493  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.21 
 
 
522 aa  487  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3543  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.94 
 
 
465 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>