More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0085 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00081  DNA-binding transcriptional dual regulator  100 
 
 
334 aa  687  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0085  DNA-binding transcriptional regulator FruR  100 
 
 
334 aa  687  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0073  DNA-binding transcriptional regulator FruR  100 
 
 
334 aa  687  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  98.8 
 
 
334 aa  681  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.15013  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  98.8 
 
 
334 aa  681  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  9.45493e-06 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0135  DNA-binding transcriptional regulator FruR  98.8 
 
 
334 aa  681  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0127  DNA-binding transcriptional regulator FruR  98.8 
 
 
334 aa  681  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0134  DNA-binding transcriptional regulator FruR  98.8 
 
 
334 aa  681  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.118856 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00080  hypothetical protein  100 
 
 
334 aa  687  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0088  DNA-binding transcriptional regulator FruR  100 
 
 
334 aa  687  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.936017 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3577  DNA-binding transcriptional regulator FruR  100 
 
 
334 aa  687  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3520  transcriptional regulator, LacI family  99.7 
 
 
334 aa  686  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0082  DNA-binding transcriptional regulator FruR  100 
 
 
334 aa  687  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0626  DNA-binding transcriptional regulator FruR  97.9 
 
 
334 aa  673  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.800956  normal  0.256043 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0086  DNA-binding transcriptional regulator FruR  100 
 
 
334 aa  687  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3399  DNA-binding transcriptional regulator FruR  89.82 
 
 
336 aa  630  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2929  DNA-binding transcriptional regulator FruR  89.52 
 
 
336 aa  628  1e-179  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3529  DNA-binding transcriptional regulator FruR  89.82 
 
 
336 aa  630  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  89.49 
 
 
334 aa  621  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0598  DNA-binding transcriptional regulator FruR  88.89 
 
 
334 aa  622  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0636  DNA-binding transcriptional regulator FruR  88.29 
 
 
334 aa  615  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3603  DNA-binding transcriptional regulator FruR  85.89 
 
 
334 aa  600  1e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  85.63 
 
 
334 aa  598  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000221  fructose repressor FruR LacI family  44.51 
 
 
326 aa  298  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05957  DNA-binding transcriptional regulator FruR  44.21 
 
 
331 aa  291  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.88 
 
 
331 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18230  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.81 
 
 
329 aa  275  9e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0329354  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0452  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.26 
 
 
326 aa  271  8e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1582  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.2 
 
 
329 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0089  DNA-binding transcriptional regulator FruR  41.16 
 
 
325 aa  266  3e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0826  DNA-binding transcriptional regulator FruR  48.82 
 
 
331 aa  265  9e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.751385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  48.48 
 
 
331 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217297  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0815  DNA-binding transcriptional regulator FruR  48.15 
 
 
354 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4401  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.81 
 
 
331 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3550  DNA-binding transcriptional regulator FruR  45.85 
 
 
327 aa  259  3e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0953  fructose repressor FruR, putative  42.86 
 
 
331 aa  253  5e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0785  DNA-binding transcriptional regulator FruR  42.68 
 
 
330 aa  251  9e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0820  DNA-binding transcriptional regulator FruR  42.25 
 
 
331 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.193508 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2649  DNA-binding transcriptional regulator FruR  44.54 
 
 
337 aa  249  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.30336  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12180  DNA-binding transcriptional regulator FruR  42.73 
 
 
330 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382176  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4207  LacI family transcription regulator  32.91 
 
 
347 aa  167  3e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3596  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 
339 aa  164  2e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0347  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 
339 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.427458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0391  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 
339 aa  162  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.133972  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2023  LacI family transcription regulator  30.12 
 
 
338 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072894 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3759  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 
339 aa  159  6e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.899629  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2909  sucrose operon repressor  30.22 
 
 
335 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  7.545e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3916  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 
334 aa  140  2e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 
345 aa  137  3e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  28.71 
 
 
336 aa  135  1e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02609  hypothetical protein  27.93 
 
 
332 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.39 
 
 
340 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.85 
 
 
336 aa  123  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  27.12 
 
 
334 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02648  L-fuculose phosphate aldolase  27.85 
 
 
314 aa  121  2e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4466  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 
333 aa  121  2e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 
332 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.08 
 
 
340 aa  120  5e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  28.62 
 
 
342 aa  119  5e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  27.76 
 
 
340 aa  120  5e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  27.13 
 
 
328 aa  119  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0874  transcriptional regulator, LacI family  31.6 
 
 
339 aa  118  1e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.415502  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  26.88 
 
 
346 aa  118  1e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  28.08 
 
 
340 aa  117  2e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  29.53 
 
 
348 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  6.57853e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0343  LacI family transcription regulator  26.13 
 
 
338 aa  115  8e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0241073  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  28.75 
 
 
391 aa  115  1e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  26.58 
 
 
331 aa  115  1e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 
338 aa  114  2e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  26.67 
 
 
342 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  27.59 
 
 
330 aa  113  4e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  27.59 
 
 
330 aa  113  4e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  27.59 
 
 
330 aa  113  4e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  27.59 
 
 
330 aa  112  8e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.92 
 
 
335 aa  112  8e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  27.27 
 
 
330 aa  112  8e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  27.63 
 
 
333 aa  112  1e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  27.09 
 
 
338 aa  112  1e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  26.25 
 
 
332 aa  111  2e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  26.25 
 
 
332 aa  111  2e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  26.05 
 
 
343 aa  111  2e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  26.33 
 
 
339 aa  110  2e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  27.63 
 
 
333 aa  111  2e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.04303e-09 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  25.94 
 
 
335 aa  110  2e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  27.63 
 
 
333 aa  111  2e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.19214e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  27.63 
 
 
333 aa  111  2e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  27.63 
 
 
333 aa  111  2e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  27.63 
 
 
334 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  25.32 
 
 
343 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  26.25 
 
 
332 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  26.25 
 
 
332 aa  110  4e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  30.63 
 
 
330 aa  110  4e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  25.39 
 
 
344 aa  110  4e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  26.25 
 
 
332 aa  110  4e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1892  transcriptional regulator, LacI family  25.47 
 
 
345 aa  110  4e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  25.95 
 
 
333 aa  110  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  27.27 
 
 
330 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  27.27 
 
 
330 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  23.48 
 
 
353 aa  109  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  24.52 
 
 
353 aa  109  7e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>