More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0079 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  67.79 
 
 
522 aa  713  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.211233 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0079  2-isopropylmalate synthase  99.81 
 
 
523 aa  1079  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0077  2-isopropylmalate synthase  99.81 
 
 
523 aa  1079  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  83.78 
 
 
524 aa  915  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3828  2-isopropylmalate synthase  66.09 
 
 
523 aa  705  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.507391  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0397  2-isopropylmalate synthase  66.6 
 
 
522 aa  715  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000563336 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  82.4 
 
 
520 aa  905  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  82.4 
 
 
520 aa  905  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0079  2-isopropylmalate synthase  100 
 
 
523 aa  1081  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.999327 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4550  2-isopropylmalate synthase  65.44 
 
 
523 aa  701  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.518555  normal  0.0133708 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0068  2-isopropylmalate synthase  99.81 
 
 
523 aa  1079  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0125  2-isopropylmalate synthase  93.12 
 
 
523 aa  1018  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16499  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  84.92 
 
 
524 aa  927  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0124  2-isopropylmalate synthase  93.12 
 
 
523 aa  1018  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.041588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0129  2-isopropylmalate synthase  93.12 
 
 
523 aa  1018  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0334  2-isopropylmalate synthase  65.51 
 
 
522 aa  689  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00817  2-isopropylmalate synthase  68.95 
 
 
544 aa  746  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  82.4 
 
 
520 aa  905  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0335  2-isopropylmalate synthase  67.37 
 
 
522 aa  720  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0216  2-isopropylmalate synthase  66.73 
 
 
519 aa  717  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.408005 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0386  2-isopropylmalate synthase  66.6 
 
 
522 aa  715  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3583  2-isopropylmalate synthase  99.81 
 
 
523 aa  1079  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000384081 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3820  2-isopropylmalate synthase  66.21 
 
 
522 aa  704  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0368  2-isopropylmalate synthase  67.98 
 
 
522 aa  715  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3588  2-isopropylmalate synthase  67.98 
 
 
522 aa  715  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3472  2-isopropylmalate synthase  66.21 
 
 
523 aa  708  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0392  2-isopropylmalate synthase  67.26 
 
 
517 aa  705  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3268  2-isopropylmalate synthase  63.5 
 
 
519 aa  686  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.983126  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0622  2-isopropylmalate synthase  91.78 
 
 
523 aa  1014  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0471  2-isopropylmalate synthase  66.6 
 
 
522 aa  714  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2065  2-isopropylmalate synthase  69.2 
 
 
516 aa  743  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0385  2-isopropylmalate synthase  66.8 
 
 
522 aa  715  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03085  2-isopropylmalate synthase  64.02 
 
 
515 aa  674  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001656  2-isopropylmalate synthase  69.34 
 
 
515 aa  747  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  86.69 
 
 
532 aa  930  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00076  2-isopropylmalate synthase  99.62 
 
 
523 aa  1077  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  86.11 
 
 
532 aa  927  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  67.98 
 
 
522 aa  711  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  83.81 
 
 
525 aa  919  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0411  2-isopropylmalate synthase  66.41 
 
 
522 aa  712  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04337e-10 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3524  2-isopropylmalate synthase  99.62 
 
 
523 aa  1077  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0081  2-isopropylmalate synthase  99.62 
 
 
523 aa  1078  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00075  hypothetical protein  99.62 
 
 
523 aa  1077  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0377  2-isopropylmalate synthase  68.36 
 
 
515 aa  739  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0393  2-isopropylmalate synthase  65.83 
 
 
523 aa  694  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  3.40876e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0122  2-isopropylmalate synthase  93.12 
 
 
523 aa  1018  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.624748  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0129  2-isopropylmalate synthase  92.93 
 
 
523 aa  1017  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4208  2-isopropylmalate synthase  63.58 
 
 
526 aa  674  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2096  2-isopropylmalate synthase  59.96 
 
 
511 aa  622  1e-177  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1889  2-isopropylmalate synthase  59.6 
 
 
511 aa  619  1e-176  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0017  2-isopropylmalate synthase  59.6 
 
 
511 aa  620  1e-176  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  52.36 
 
 
532 aa  514  1e-144  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  52.59 
 
 
507 aa  506  1e-142  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  52.67 
 
 
511 aa  505  1e-142  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  51.7 
 
 
505 aa  504  1e-141  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0989  2-isopropylmalate synthase  53.43 
 
 
515 aa  504  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  7.70176e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  52.61 
 
 
516 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3434  2-isopropylmalate synthase  51.91 
 
 
508 aa  497  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2275  2-isopropylmalate synthase  52.1 
 
 
514 aa  496  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  50.91 
 
 
517 aa  494  1e-138  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0611  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 
514 aa  490  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  7.25227e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  51.09 
 
 
511 aa  491  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  50.5 
 
 
525 aa  485  1e-136  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  51.3 
 
 
516 aa  485  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  50.9 
 
 
516 aa  487  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  50.5 
 
 
505 aa  486  1e-136  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  50.67 
 
 
536 aa  484  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  50.7 
 
 
505 aa  484  1e-135  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  50.5 
 
 
505 aa  482  1e-135  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  50.75 
 
 
536 aa  483  1e-135  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  50.67 
 
 
536 aa  484  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  49.6 
 
 
509 aa  480  1e-134  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3071  2-isopropylmalate synthase  50.3 
 
 
513 aa  478  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000941582 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2596  2-isopropylmalate synthase  52.11 
 
 
513 aa  473  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  50.5 
 
 
514 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0690  2-isopropylmalate synthase  50.8 
 
 
516 aa  474  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2225  2-isopropylmalate synthase  52.11 
 
 
513 aa  473  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.324069  normal  0.905076 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0551  2-isopropylmalate synthase  50.19 
 
 
517 aa  474  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.235647  hitchhiker  0.000444348 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0453  2-isopropylmalate synthase  51.7 
 
 
510 aa  471  1e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2253  2-isopropylmalate synthase  50.49 
 
 
541 aa  469  1e-131  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.412449  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0599  2-isopropylmalate synthase  48.59 
 
 
516 aa  471  1e-131  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.541423 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1775  2-isopropylmalate synthase  50.3 
 
 
516 aa  465  1e-130  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1193  2-isopropylmalate synthase  48.92 
 
 
504 aa  466  1e-130  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  48.93 
 
 
509 aa  467  1e-130  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  49 
 
 
513 aa  467  1e-130  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0344  2-isopropylmalate synthase  48.69 
 
 
541 aa  462  1e-129  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.46685 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0355  2-isopropylmalate synthase  49.4 
 
 
509 aa  462  1e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  50.3 
 
 
512 aa  464  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.9461e-08  decreased coverage  5.65514e-12 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  48.79 
 
 
527 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0093  2-isopropylmalate synthase  48.1 
 
 
521 aa  459  1e-128  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  46.71 
 
 
503 aa  461  1e-128  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  49.3 
 
 
512 aa  461  1e-128  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2111  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 
531 aa  460  1e-128  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556699  normal  0.462239 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  47.49 
 
 
519 aa  459  1e-128  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1721  2-isopropylmalate synthase  47.73 
 
 
522 aa  460  1e-128  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.455277 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5587  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 
514 aa  459  1e-128  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.774339 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1279  2-isopropylmalate synthase  49.12 
 
 
515 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0065  2-isopropylmalate synthase  48.72 
 
 
518 aa  457  1e-127  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0518457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2283  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 
514 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.923372 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1286  2-isopropylmalate synthase  49.12 
 
 
515 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>