More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0078 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  93.94 
 
 
363 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  99.17 
 
 
363 aa  741  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  86.23 
 
 
363 aa  651  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.29 
 
 
363 aa  659  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  99.17 
 
 
363 aa  741  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.32 
 
 
363 aa  637  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.53 
 
 
363 aa  640  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  93.66 
 
 
363 aa  706  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  86.23 
 
 
363 aa  651  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  99.17 
 
 
363 aa  741  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  93.94 
 
 
363 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  99.17 
 
 
363 aa  743  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
363 aa  748  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  98.9 
 
 
363 aa  740  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  93.94 
 
 
363 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  93.66 
 
 
363 aa  706  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  99.17 
 
 
363 aa  741  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  99.17 
 
 
363 aa  741  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  99.17 
 
 
363 aa  741  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  94.21 
 
 
363 aa  706  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 
363 aa  650  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3406  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.95 
 
 
363 aa  649  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3608  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 
363 aa  628  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  76.54 
 
 
363 aa  574  1e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.98 
 
 
363 aa  570  1e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.14 
 
 
363 aa  567  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.7 
 
 
363 aa  555  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.43 
 
 
358 aa  550  1e-155  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.6 
 
 
364 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.87 
 
 
364 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.60123e-10 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.87 
 
 
364 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.7 
 
 
364 aa  521  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.6 
 
 
364 aa  522  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.7 
 
 
364 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.87 
 
 
364 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.42 
 
 
364 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.15 
 
 
364 aa  520  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.15 
 
 
364 aa  520  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.7 
 
 
364 aa  512  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.77 
 
 
364 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.49 
 
 
364 aa  514  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.04 
 
 
364 aa  508  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.21943e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.7 
 
 
364 aa  508  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.68 
 
 
364 aa  502  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  65 
 
 
365 aa  475  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4209  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.46 
 
 
362 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.26 
 
 
365 aa  469  1e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.97715e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3269  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.9 
 
 
366 aa  469  1e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0785  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.88 
 
 
369 aa  460  1e-128  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.537709  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.89 
 
 
362 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 
362 aa  455  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 
362 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 
362 aa  455  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 
362 aa  457  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.06723e-05  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.17 
 
 
362 aa  452  1e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 
363 aa  447  1e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.28786e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.87 
 
 
355 aa  416  1e-115  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.53808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.56 
 
 
358 aa  413  1e-114  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.86 
 
 
354 aa  411  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.86 
 
 
354 aa  411  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0016  3-isopropylmalate dehydrogenase  59 
 
 
358 aa  410  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1888  3-isopropylmalate dehydrogenase  59 
 
 
358 aa  409  1e-113  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.02 
 
 
357 aa  407  1e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.1 
 
 
362 aa  406  1e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.42 
 
 
359 aa  407  1e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
356 aa  406  1e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.62 
 
 
355 aa  401  1e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.31 
 
 
358 aa  398  1e-110  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.26 
 
 
360 aa  395  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.46 
 
 
360 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.46 
 
 
360 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.97 
 
 
358 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.18 
 
 
360 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.18 
 
 
360 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.06 
 
 
357 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.01 
 
 
371 aa  388  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.39 
 
 
358 aa  388  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.06 
 
 
358 aa  389  1e-107  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.96 
 
 
357 aa  389  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.18 
 
 
360 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.89 
 
 
363 aa  388  1e-107  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.3 
 
 
360 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.78 
 
 
360 aa  385  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.69 
 
 
357 aa  388  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  4.26941e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.25 
 
 
356 aa  387  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.18 
 
 
360 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3663  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.98 
 
 
347 aa  387  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.185216  normal  0.76534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.46 
 
 
360 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 
371 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.04 
 
 
356 aa  383  1e-105  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.68 
 
 
379 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
360 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.97 
 
 
352 aa  378  1e-104  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.5 
 
 
360 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.98 
 
 
356 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.65 
 
 
362 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.87 
 
 
357 aa  376  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.52 
 
 
354 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.71 
 
 
363 aa  375  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.13 
 
 
357 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.643187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>