More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0074 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  100 
 
 
552 aa  1139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  97.46 
 
 
551 aa  1112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  86.23 
 
 
552 aa  986  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  86.23 
 
 
552 aa  985  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  86.23 
 
 
552 aa  985  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  63.04 
 
 
553 aa  723  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  63.04 
 
 
553 aa  722  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  66.91 
 
 
555 aa  768  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  98.55 
 
 
551 aa  1120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  97.82 
 
 
551 aa  1113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  98.55 
 
 
552 aa  1121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  63.52 
 
 
553 aa  736  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  98.55 
 
 
551 aa  1121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  78.77 
 
 
551 aa  926  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  98 
 
 
551 aa  1116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  4.89241e-06 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  64.31 
 
 
553 aa  748  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  62.43 
 
 
552 aa  733  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  62.61 
 
 
552 aa  729  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  63.04 
 
 
553 aa  723  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  86.59 
 
 
552 aa  989  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  98.55 
 
 
551 aa  1120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  86.41 
 
 
552 aa  988  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.66 
 
 
596 aa  401  1e-110  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.66 
 
 
596 aa  401  1e-110  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.32 
 
 
596 aa  400  1e-110  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.15 
 
 
596 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  39.32 
 
 
596 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  34.22 
 
 
565 aa  323  4e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  34.04 
 
 
569 aa  317  3e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  33.39 
 
 
568 aa  313  4e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 
569 aa  296  5e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  26.35 
 
 
585 aa  201  2e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  27.07 
 
 
637 aa  200  5e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  27.59 
 
 
566 aa  197  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
566 aa  197  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  27.59 
 
 
566 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  27.41 
 
 
566 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  27.26 
 
 
575 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  3.65076e-06 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  27.21 
 
 
559 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.13765e-11 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
566 aa  182  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  27.36 
 
 
566 aa  182  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 
563 aa  182  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  27.2 
 
 
566 aa  181  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  27.2 
 
 
566 aa  181  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
566 aa  181  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.2 
 
 
566 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
566 aa  179  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  27.2 
 
 
566 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  27.03 
 
 
566 aa  178  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 
566 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  25.17 
 
 
589 aa  176  1e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.09 
 
 
567 aa  173  7e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 
567 aa  173  8e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  26.09 
 
 
567 aa  172  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  24.03 
 
 
536 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.5 
 
 
586 aa  140  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.78 
 
 
579 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.21 
 
 
579 aa  139  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.19 
 
 
579 aa  138  3e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.5 
 
 
579 aa  136  8e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  31.36 
 
 
345 aa  134  4e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  26.89 
 
 
579 aa  134  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  26.89 
 
 
579 aa  134  5e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.93 
 
 
579 aa  133  9e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  26.64 
 
 
555 aa  124  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
495 aa  122  2e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 
578 aa  113  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  24.51 
 
 
578 aa  113  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  21.62 
 
 
578 aa  112  2e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  21.45 
 
 
578 aa  111  4e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  21.45 
 
 
578 aa  111  4e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
578 aa  110  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
578 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  23.68 
 
 
578 aa  102  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  20.54 
 
 
578 aa  102  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  4.17004e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  19.82 
 
 
571 aa  96.3  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  19.43 
 
 
554 aa  89  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  24.25 
 
 
569 aa  89.4  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.46 
 
 
516 aa  80.9  5e-14  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
505 aa  78.2  4e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  29.7 
 
 
514 aa  74.3  6e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  29.78 
 
 
516 aa  73.9  6e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  22.92 
 
 
551 aa  73.9  7e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  30.23 
 
 
527 aa  73.2  1e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 
523 aa  72.4  2e-11  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.49 
 
 
538 aa  72.4  2e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0218  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 
537 aa  71.2  4e-11  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.219975  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 
489 aa  70.5  7e-11  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 
526 aa  69.3  2e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 
544 aa  68.9  2e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  31.94 
 
 
526 aa  69.3  2e-10  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
515 aa  68.6  3e-10  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.57 
 
 
504 aa  68.6  3e-10  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
538 aa  68.2  3e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 
502 aa  68.2  4e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1303  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 
504 aa  68.2  4e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.173146  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.29 
 
 
505 aa  67.8  5e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  31.21 
 
 
532 aa  67.8  5e-10  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  1.84044e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
526 aa  67.4  6e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 
524 aa  67.4  6e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>