149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0072 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00070  thiamin transporter subunit  98.47 
 
 
327 aa  661  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3589  thiamine transporter substrate binding subunit  98.17 
 
 
327 aa  660  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  3.86995e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0060  thiamine transporter substrate binding subunit  98.1 
 
 
327 aa  635  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00069  hypothetical protein  98.47 
 
 
327 aa  661  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0073  thiamine transporter substrate binding subunit  98.17 
 
 
327 aa  659  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0072  thiamine transporter substrate binding subunit  100 
 
 
327 aa  671  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0072  thiamine transporter substrate binding subunit  98.17 
 
 
327 aa  660  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3531  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  98.47 
 
 
327 aa  661  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0070  thiamine transporter substrate binding subunit  98.1 
 
 
327 aa  637  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0615  thiamine transporter substrate binding subunit  90.21 
 
 
327 aa  599  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0114  thiamine transporter substrate binding subunit  91.59 
 
 
327 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51564  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0119  thiamine transporter substrate binding subunit  91.59 
 
 
327 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0115  thiamine transporter substrate binding subunit  91.59 
 
 
327 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0112  thiamine transporter substrate binding subunit  91.59 
 
 
327 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0119  thiamine transporter substrate binding subunit  90.61 
 
 
327 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0737  thiamine transporter substrate binding subunit  79.75 
 
 
328 aa  536  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0623  thiamine transporter substrate binding subunit  77.71 
 
 
327 aa  523  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0584  thiamine transporter substrate binding subunit  77.07 
 
 
327 aa  515  1e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3619  thiamine transporter substrate binding subunit  73.09 
 
 
338 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3808  thiamine transporter substrate binding subunit  72.17 
 
 
338 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3542  thiamine transporter substrate binding subunit  72.36 
 
 
358 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2943  thiamine transporter substrate binding subunit  70.61 
 
 
348 aa  493  1e-138  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.683707 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0349  thiamine transporter substrate binding subunit  67.87 
 
 
338 aa  448  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.741345  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2119  thiamine transporter substrate binding subunit  65.62 
 
 
330 aa  445  1e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00788  thiamine transporter substrate binding subunit  62.01 
 
 
330 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0385  thiamine transporter substrate binding subunit  62.2 
 
 
332 aa  436  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001686  thiamin ABC transporter substrate-binding component  61.51 
 
 
330 aa  429  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3259  thiamine transporter substrate binding subunit  58.41 
 
 
332 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288476  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4266  thiamine transporter substrate binding subunit  57.79 
 
 
333 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1142  thiamine transporter substrate binding subunit  57.37 
 
 
334 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.493947  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3107  thiamine transporter substrate binding subunit  57.05 
 
 
342 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1757  thiamine transporter substrate binding subunit  57.37 
 
 
334 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0106404  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3472  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  55.28 
 
 
337 aa  374  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1695  thiamine transporter substrate binding subunit  56.73 
 
 
334 aa  372  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.724988  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1200  ABC transporter periplasmic-binding protein  47.75 
 
 
334 aa  335  9e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00816728  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1391  thiamine transporter substrate binding subunit  53.55 
 
 
342 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.994265  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0058  thiamine transporter substrate binding subunit  53.55 
 
 
327 aa  332  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0330  thiamine transporter substrate binding subunit  51.86 
 
 
335 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.306061 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2798  thiamine transporter substrate binding subunit  54.52 
 
 
327 aa  328  7e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2818  thiamine transporter substrate binding subunit  53.55 
 
 
326 aa  327  2e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0458711  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1013  thiamine ABC transporter, periplasmic-binding protein  47.1 
 
 
338 aa  287  2e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0137605  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0143  thiamine ABC transporter, thiamine-binding protein  37.05 
 
 
336 aa  206  5e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  35.14 
 
 
325 aa  200  3e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  33.74 
 
 
325 aa  189  5e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  5.68515e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0008  ABC transporter periplasmic-binding protein  32.08 
 
 
325 aa  176  6e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  4.06397e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0885  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  32.52 
 
 
361 aa  142  7e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.420494 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0455  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.31 
 
 
360 aa  128  1e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.617088  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04160  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.72 
 
 
367 aa  128  2e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.207921  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0261  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.92 
 
 
386 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000633057  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3809  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.75 
 
 
366 aa  119  8e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2697  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.88 
 
 
431 aa  117  4e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0433  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.33 
 
 
359 aa  115  8e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.127437  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0314  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.73 
 
 
363 aa  114  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  4.95948e-06  hitchhiker  0.00896596 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1933  ABC transporter periplasmic-binding protein  31.53 
 
 
343 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.567061  normal  0.262856 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0746  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.45 
 
 
344 aa  111  1e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04580  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.31 
 
 
392 aa  112  1e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3056  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.88 
 
 
353 aa  111  2e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.450675  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3246  ABC transporter periplasmic-binding protein  29.25 
 
 
340 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.791239  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31210  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.51 
 
 
357 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.194613  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3336  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.57 
 
 
351 aa  106  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.419962  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0218  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.92 
 
 
367 aa  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195863  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0388  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.71 
 
 
388 aa  104  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1933  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.5 
 
 
388 aa  99.8  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2516  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.13 
 
 
370 aa  99.4  7e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1940  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.21 
 
 
383 aa  99  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19460  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.57 
 
 
355 aa  98.6  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283469  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0178  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.22 
 
 
386 aa  97.8  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0460  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  26.44 
 
 
387 aa  98.2  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0214  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.67 
 
 
337 aa  82  1e-14  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2140  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.33 
 
 
338 aa  80.5  4e-14  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1089  ABC transporter periplasmic-binding protein  23 
 
 
338 aa  79.7  6e-14  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.167186  normal  0.0159055 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1958  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.33 
 
 
338 aa  77.8  3e-13  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0213047  hitchhiker  1.86869e-16 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4661  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.65 
 
 
362 aa  57  4e-07  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal  0.137959 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5189  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  24.33 
 
 
362 aa  55.8  1e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4968  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  23.92 
 
 
363 aa  53.1  6e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.537601  normal  0.0916324 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5300  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.92 
 
 
363 aa  53.1  7e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.218142  normal  0.0163118 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3067  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.92 
 
 
363 aa  53.1  7e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.127261  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2553  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
372 aa  52  1e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  4.3545e-07  normal  0.0689271 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2758  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 
347 aa  51.6  2e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0348  thiamine ABC transporter periplasmic binding protein  23.83 
 
 
362 aa  51.6  2e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0499853  normal  0.792791 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2631  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
347 aa  50.8  3e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0115  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  23.81 
 
 
335 aa  50.8  3e-05  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3423  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  22.41 
 
 
363 aa  50.8  3e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.074131  normal  0.0682779 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2006  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
345 aa  50.4  4e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.569092  normal  0.043558 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0118  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 
339 aa  50.4  4e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  23.14 
 
 
344 aa  50.1  5e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
337 aa  49.3  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  22.56 
 
 
334 aa  48.5  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62000  ferric iron-binding periplasmic protein HitA  26.35 
 
 
335 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617589  normal  0.0992069 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13311  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  32.48 
 
 
340 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.327656  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5394  ferric iron-binding periplasmic protein HitA  25.99 
 
 
335 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 
350 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2002  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  33.01 
 
 
332 aa  47.8  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 
350 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6136  ABC transporter substrate binding protein (iron)  25.52 
 
 
329 aa  47.4  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.327012  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 
336 aa  47  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1350  iron(III) ABC transporter, permease protein, periplasmic iron(III)-binding protein  23.51 
 
 
339 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.379147  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0976  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 
336 aa  47  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2710  iron(III)-binding periplasmic protein  23.51 
 
 
339 aa  47  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.452654  normal  0.0367844 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5065  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  27.33 
 
 
365 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0972381  normal  0.728899 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>