68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0064 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00064  L-arabinose isomerase  100 
 
 
500 aa  1047  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0108  L-arabinose isomerase  95.8 
 
 
500 aa  1011  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1887  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.45012  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0066  L-arabinose isomerase  100 
 
 
500 aa  1047  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0064  L-arabinose isomerase  100 
 
 
500 aa  1047  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0849875  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2243  L-arabinose isomerase  73.4 
 
 
501 aa  795  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  3.90243e-08 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0106  L-arabinose isomerase  95.2 
 
 
500 aa  1009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2259  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  806  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2001  L-arabinose isomerase  73.6 
 
 
500 aa  808  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3595  L-arabinose isomerase  100 
 
 
500 aa  1047  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  unclonable  1.76548e-08 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0109  L-arabinose isomerase  95.8 
 
 
500 aa  1011  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309204 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0064  L-arabinose isomerase  100 
 
 
500 aa  1047  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203815  normal  0.780498 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0113  L-arabinose isomerase  96 
 
 
500 aa  1014  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.198158 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0067  L-arabinose isomerase  99.6 
 
 
500 aa  1042  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0609  L-arabinose isomerase  92.6 
 
 
500 aa  980  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal  0.159934 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3537  L-arabinose isomerase  99.6 
 
 
500 aa  1043  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2027  L-arabinose isomerase  73.99 
 
 
501 aa  797  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.929629  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2151  L-arabinose isomerase  71.77 
 
 
503 aa  776  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2734  L-arabinose isomerase  60.65 
 
 
496 aa  641  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0113  L-arabinose isomerase  95.6 
 
 
500 aa  1010  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00063  hypothetical protein  100 
 
 
500 aa  1047  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1914  L-arabinose isomerase  70.97 
 
 
502 aa  772  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2327  L-arabinose isomerase  73.39 
 
 
501 aa  791  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.305098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0054  L-arabinose isomerase  99.8 
 
 
500 aa  1043  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1238  L-arabinose isomerase  56.65 
 
 
496 aa  614  1e-174  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.112661 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3203  L-arabinose isomerase  56.65 
 
 
497 aa  610  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2397  L-arabinose isomerase  55.85 
 
 
496 aa  607  1e-172  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0326  L-arabinose isomerase  56.45 
 
 
500 aa  600  1e-170  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3996  L-arabinose isomerase  56.18 
 
 
501 aa  599  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0451143  normal  0.502282 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3664  L-arabinose isomerase  57.26 
 
 
501 aa  597  1e-169  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1382  L-arabinose isomerase  57.83 
 
 
504 aa  589  1e-167  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  0.788134 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0672  L-arabinose isomerase  55.02 
 
 
496 aa  585  1e-166  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0648  L-arabinose isomerase  55.22 
 
 
496 aa  586  1e-166  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0388449  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2897  L-arabinose isomerase  54.99 
 
 
494 aa  578  1e-164  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.629446  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1121  L-arabinose isomerase  53.43 
 
 
502 aa  562  1e-159  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2731  L-arabinose isomerase  54.84 
 
 
496 aa  562  1e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.746734  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0382  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 
502 aa  553  1e-156  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1995  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 
500 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00575721  unclonable  2.6783e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1979  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 
500 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.73872e-05  normal  0.0652997 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2066  L-arabinose isomerase  51 
 
 
505 aa  545  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000180583  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2066  L-arabinose isomerase  51.59 
 
 
500 aa  546  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.05701e-05  hitchhiker  2.0018e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2140  L-arabinose isomerase  50.8 
 
 
500 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.47731  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6217  L-arabinose isomerase  53.99 
 
 
493 aa  544  1e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1863  L-arabinose isomerase  51.33 
 
 
502 aa  539  1e-152  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3272  L-arabinose isomerase  51.72 
 
 
515 aa  536  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0251873 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06960  L-arabinose isomerase  50.91 
 
 
502 aa  535  1e-151  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0774  L-arabinose isomerase  52.1 
 
 
500 aa  535  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.031491  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0498  L-arabinose isomerase  50.3 
 
 
502 aa  533  1e-150  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.730829  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1154  L-arabinose isomerase  52.6 
 
 
495 aa  534  1e-150  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.77803  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2753  L-arabinose isomerase  50.71 
 
 
502 aa  534  1e-150  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0767064  decreased coverage  3.77093e-06 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4713  L-arabinose isomerase  52.97 
 
 
497 aa  526  1e-148  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0244  L-arabinose isomerase  52.54 
 
 
501 aa  521  1e-146  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0873  L-arabinose isomerase  50.62 
 
 
501 aa  516  1e-145  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29550  L-arabinose isomerase  50.91 
 
 
502 aa  512  1e-144  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0381  L-arabinose isomerase  49.9 
 
 
506 aa  514  1e-144  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0403  L-arabinose isomerase  51.62 
 
 
503 aa  502  1e-141  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0224  L-arabinose isomerase  50.3 
 
 
511 aa  504  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0852  L-arabinose isomerase  47.35 
 
 
474 aa  462  1e-129  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0011775  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1018  L-arabinose isomerase  45.05 
 
 
505 aa  457  1e-127  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0482  L-arabinose isomerase  44.92 
 
 
473 aa  438  1e-121  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0751  L-arabinose isomerase  31.02 
 
 
478 aa  162  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.148644  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2888  L-arabinose isomerase  28.72 
 
 
452 aa  142  1e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434523  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1033  L-arabinose isomerase  28.26 
 
 
465 aa  132  1e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  4.9306e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3616  L-arabinose isomerase  23.08 
 
 
476 aa  55.5  2e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.779197  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4382  L-fucose isomerase-like protein  21.51 
 
 
498 aa  55.1  3e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00643603  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0430  putative L-arabinose isomerase protein  23.13 
 
 
475 aa  48.5  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3096  putative L-arabinose isomerase protein  20.73 
 
 
541 aa  44.7  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.695467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3280  putative L-arabinose isomerase protein  20.76 
 
 
478 aa  43.5  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.226314  normal  0.533045 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>