More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0063 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_0063  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  100 
 
 
231 aa  484  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0680364  normal  0.805869 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3538  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  98.7 
 
 
231 aa  480  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3596  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  98.7 
 
 
231 aa  480  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  unclonable  1.29105e-08 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0065  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  98.7 
 
 
231 aa  480  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0066  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  97.84 
 
 
231 aa  478  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0063  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  97.84 
 
 
231 aa  476  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0142427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00062  hypothetical protein  97.4 
 
 
231 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0053  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  97.84 
 
 
231 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00063  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  97.4 
 
 
231 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0112  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  96.1 
 
 
231 aa  469  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.375848 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0112  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  96.1 
 
 
231 aa  469  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0105  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  95.67 
 
 
231 aa  468  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0108  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  95.24 
 
 
254 aa  468  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.229114 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0107  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  96.1 
 
 
231 aa  469  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0608  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  91.77 
 
 
231 aa  453  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.234202 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2362  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  77.92 
 
 
231 aa  387  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0354866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2637  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  77.49 
 
 
231 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00388617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4062  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  76.19 
 
 
231 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.612579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4000  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  76.19 
 
 
231 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747356  normal  0.850049 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3875  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  76.19 
 
 
231 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3891  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  76.19 
 
 
231 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0127  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  75.76 
 
 
231 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3787  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  75.76 
 
 
231 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0131  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  75.76 
 
 
231 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3955  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  75.76 
 
 
231 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0559727  normal  0.918987 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03435  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  75.32 
 
 
231 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03386  hypothetical protein  75.32 
 
 
231 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2644  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  74.03 
 
 
231 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00476234  hitchhiker  7.30144e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2021  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  74.89 
 
 
231 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.919407  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2239  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  74.89 
 
 
231 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.391403  normal  0.0542739 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1910  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  74.46 
 
 
231 aa  367  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106894  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3906  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  74.89 
 
 
231 aa  370  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.936688 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4080  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  74.89 
 
 
231 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1739  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  73.16 
 
 
231 aa  364  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1706  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  71.86 
 
 
231 aa  364  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0268969  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0923  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  73.16 
 
 
231 aa  362  2e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.809116 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3262  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  73.16 
 
 
231 aa  362  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3395  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  73.16 
 
 
231 aa  362  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.277672  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0773  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  70.56 
 
 
231 aa  354  6e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3939  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  71.3 
 
 
233 aa  349  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.850936 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3698  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  70 
 
 
233 aa  328  3e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3895  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  70 
 
 
233 aa  328  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2736  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  67.97 
 
 
228 aa  319  2e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3928  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  64.14 
 
 
240 aa  310  1e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  1.24129e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3467  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  63.64 
 
 
229 aa  307  8e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.443237  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1319  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  62.77 
 
 
231 aa  307  9e-83  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0985  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  64.5 
 
 
230 aa  307  1e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0291  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  63.2 
 
 
230 aa  299  3e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0945287  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5714  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  60.43 
 
 
228 aa  298  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.792036  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4442  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  60.43 
 
 
228 aa  298  6e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4806  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  59.57 
 
 
228 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.365152  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04065  L-ribulose 5-phosphate 4-epimerase  60 
 
 
228 aa  295  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04027  hypothetical protein  60 
 
 
228 aa  295  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4669  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  60 
 
 
228 aa  295  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4728  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  60 
 
 
228 aa  295  5e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.900627  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3795  class II aldolase/adducin family protein  60 
 
 
228 aa  295  6e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.114454  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4759  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  60 
 
 
228 aa  294  9e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3815  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  59.57 
 
 
228 aa  294  9e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0563678 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4656  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  59.13 
 
 
228 aa  293  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0147  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  61.47 
 
 
232 aa  284  8e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0125  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  61.47 
 
 
233 aa  284  1e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0648  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  61.21 
 
 
232 aa  284  1e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0855  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  59.91 
 
 
234 aa  281  5e-75  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.121806  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0116  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  59.74 
 
 
230 aa  281  6e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00979239  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2898  class II aldolase/adducin family protein  61.47 
 
 
236 aa  281  7e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.38221  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4666  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  57.83 
 
 
228 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.15123  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4749  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  57.83 
 
 
228 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1810  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  55.22 
 
 
238 aa  280  2e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00111407  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4785  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  57.83 
 
 
228 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0470  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  57.39 
 
 
233 aa  278  4e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1381  class II aldolase/adducin family protein  59.48 
 
 
232 aa  277  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0497618  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3202  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  57.58 
 
 
244 aa  273  1e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0330  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  56.9 
 
 
233 aa  272  3e-72  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0481  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  55.41 
 
 
242 aa  253  1e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1236  class II aldolase/adducin family protein  54.11 
 
 
233 aa  251  8e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0903016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2396  class II aldolase/adducin family protein  50.66 
 
 
234 aa  248  7e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1992  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  53.85 
 
 
242 aa  248  7e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00598433  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0325  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  51.52 
 
 
232 aa  243  3e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2067  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  51.32 
 
 
231 aa  241  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.21715e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2065  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  51.32 
 
 
231 aa  241  8e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000152307  hitchhiker  2.44495e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1996  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  51.32 
 
 
231 aa  241  8e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000658884  unclonable  1.98726e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2139  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  51.32 
 
 
235 aa  240  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.132093  normal  0.896628 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1978  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  51.32 
 
 
231 aa  240  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  7.86518e-06  normal  0.0917284 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0773  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  50.88 
 
 
230 aa  239  3e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000354298  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3995  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  48.91 
 
 
233 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0420304  normal  0.534245 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2730  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  48.92 
 
 
232 aa  230  1e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.29753  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1120  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  47.62 
 
 
233 aa  230  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2227  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  41.67 
 
 
214 aa  149  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1734  class II aldolase/adducin family protein  38.33 
 
 
229 aa  148  7e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0005508  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0035  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  34.65 
 
 
214 aa  132  4e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1149  class II aldolase/adducin family protein  38.22 
 
 
215 aa  132  4e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.942033  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1862  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  41.97 
 
 
217 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0381  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  38.01 
 
 
238 aa  131  9e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3663  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  41.13 
 
 
213 aa  130  1e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2754  class II aldolase/adducin family protein  40.36 
 
 
237 aa  131  1e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172174  decreased coverage  2.52698e-06 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1019  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  40.89 
 
 
230 aa  130  2e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0402  class II aldolase/adducin family protein  39.38 
 
 
223 aa  129  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0223  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  37.29 
 
 
226 aa  129  4e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0497  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  39.71 
 
 
242 aa  129  5e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.591725 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29510  L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase  38.03 
 
 
243 aa  126  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>