More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0061 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0536  ATP-dependent helicase HepA  57.63 
 
 
968 aa  1171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00420482  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3131  ATP-dependent helicase HepA  59.18 
 
 
967 aa  1188  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0568  ATP-dependent helicase HepA  54.42 
 
 
970 aa  1113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00434325  normal  0.886581 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0352  ATP-dependent helicase HepA  63.88 
 
 
969 aa  1300  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0101  ATP-dependent helicase HepA  93.29 
 
 
968 aa  1877  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3615  ATP-dependent helicase HepA  43.43 
 
 
953 aa  773  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0106  ATP-dependent helicase HepA  93.29 
 
 
968 aa  1877  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00405197  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03699  ATP-dependent helicase HepA  46.96 
 
 
947 aa  876  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0108  ATP-dependent helicase HepA  93.29 
 
 
968 aa  1877  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0103  ATP-dependent helicase HepA  93.11 
 
 
944 aa  1829  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0102  ATP-dependent helicase HepA  93.08 
 
 
968 aa  1874  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0648061  normal  0.111163 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3733  ATP-dependent helicase HepA  58.04 
 
 
968 aa  1193  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0574  ATP-dependent helicase HepA  58.56 
 
 
968 aa  1194  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3790  ATP-dependent helicase HepA  58.04 
 
 
968 aa  1194  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0469  ATP-dependent helicase HepA  44.7 
 
 
980 aa  761  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30280  ATP-dependent helicase HepA  52.64 
 
 
949 aa  954  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.561885  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2286  ATP-dependent helicase HepA  39.94 
 
 
1028 aa  671  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.642335  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0064  ATP-dependent helicase HepA  99.78 
 
 
919 aa  1887  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.694047  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3830  ATP-dependent helicase HepA  46.99 
 
 
943 aa  906  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1516  ATP-dependent helicase HepA  55.88 
 
 
966 aa  1078  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0575  ATP-dependent helicase HepA  58.14 
 
 
968 aa  1189  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3455  ATP-dependent helicase HepA  58.35 
 
 
968 aa  1191  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3508  ATP-dependent helicase HepA  57.84 
 
 
968 aa  1182  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.285717  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21230  ATP-dependent helicase HepA  52.7 
 
 
950 aa  958  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0535  ATP-dependent helicase HepA  58.04 
 
 
968 aa  1192  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0457  ATP-dependent helicase HepA  56.91 
 
 
968 aa  1167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.65643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1812  ATP-dependent helicase HepA  53.01 
 
 
948 aa  959  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.502146  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4272  ATP-dependent helicase HepA  52.48 
 
 
948 aa  949  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3419  ATP-dependent helicase HepA  79.86 
 
 
968 aa  1655  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2948  ATP-dependent helicase HepA  79.75 
 
 
968 aa  1655  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.476978 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3916  ATP-dependent helicase HepA  58.04 
 
 
968 aa  1193  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03676  ATP-dependent helicase HepA  62.75 
 
 
969 aa  1283  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0063  ATP-dependent helicase HepA  99.79 
 
 
968 aa  1987  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.44173e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0061  ATP-dependent helicase HepA  99.79 
 
 
968 aa  1989  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000176621  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0625  ATP-dependent helicase HepA  56.7 
 
 
968 aa  1162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0730  ATP-dependent helicase HepA  80.58 
 
 
968 aa  1666  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  5.70719e-05  normal  0.719856 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0112  ATP-dependent helicase HepA  41.72 
 
 
960 aa  655  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  1.40392e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3547  ATP-dependent helicase HepA  79.86 
 
 
968 aa  1655  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.212031  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3598  ATP-dependent helicase HepA  99.9 
 
 
968 aa  1989  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.517032  unclonable  4.67864e-08 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0051  ATP-dependent helicase HepA  99.79 
 
 
968 aa  1987  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.08065e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4527  helicase domain-containing protein  39.76 
 
 
982 aa  659  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5609  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4324  ATP-dependent helicase HepA  56.54 
 
 
968 aa  1146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0606  ATP-dependent helicase HepA  89.98 
 
 
968 aa  1818  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00996895  normal  0.766513 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3302  ATP-dependent helicase HepA  57.63 
 
 
968 aa  1178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1162  ATP-dependent helicase HepA  52.18 
 
 
948 aa  955  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504978  normal  0.026685 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1485  ATP-dependent helicase HepA  52.48 
 
 
947 aa  951  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.810829  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2088  ATP-dependent helicase HepA  62.44 
 
 
969 aa  1289  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.25404e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0061  ATP-dependent helicase HepA  100 
 
 
968 aa  1991  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00130615  normal  0.800173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1179  ATP-dependent helicase HepA  52.18 
 
 
948 aa  949  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.572965 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3704  ATP-dependent helicase HepA  56.49 
 
 
968 aa  1155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2247  ATP-dependent helicase HepA  42.91 
 
 
958 aa  817  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3629  ATP-dependent helicase HepA  76.24 
 
 
967 aa  1562  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3820  ATP-dependent helicase HepA  76.03 
 
 
967 aa  1558  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1986  ATP-dependent helicase HepA  40.35 
 
 
982 aa  675  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.819734 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4519  ATP-dependent helicase HepA  49.69 
 
 
975 aa  984  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0575  ATP-dependent helicase HepA  58.14 
 
 
968 aa  1185  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1255  ATP-dependent helicase HepA  52.45 
 
 
948 aa  957  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3842  ATP-dependent helicase HepA  51.98 
 
 
948 aa  953  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4104  ATP-dependent helicase hepA , putative  51.87 
 
 
948 aa  949  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002392  RNA polymerase associated protein RapA  63.26 
 
 
969 aa  1310  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  6.09656e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2218  ATP-dependent helicase HepA  42.91 
 
 
958 aa  816  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2531  ATP-dependent helicase HepA  47.78 
 
 
949 aa  823  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0569  ATP-dependent helicase HepA  76.65 
 
 
967 aa  1566  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00060  hypothetical protein  99.9 
 
 
968 aa  1989  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.326785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1145  ATP-dependent helicase HepA  52.39 
 
 
948 aa  953  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.286627 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0608  ATP-dependent helicase HepA  75.62 
 
 
967 aa  1557  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.171676  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3540  SNF2-related protein  99.9 
 
 
968 aa  1989  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410418  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00061  ATP-dependent helicase HepA  99.9 
 
 
968 aa  1989  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2892  ATP-dependent helicase HepA  38.94 
 
 
942 aa  632  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1680  ATP-dependent helicase HepA  35.55 
 
 
874 aa  545  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0454688  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0602  SNF2-related protein  28.77 
 
 
892 aa  197  8e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0567  RNA polymerase associated protein rapA  30.92 
 
 
898 aa  195  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0594  helicase domain protein  31.1 
 
 
898 aa  193  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2916  SNF2-related protein  27.59 
 
 
560 aa  169  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4083  non-specific serine/threonine protein kinase  26.72 
 
 
560 aa  166  1e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4340  putative helicase  26.72 
 
 
560 aa  165  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.486196  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0900  putative helicase  26.72 
 
 
560 aa  165  4e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4306  helicase, putative  26.38 
 
 
560 aa  163  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3982  SNF2 family helicase  26.38 
 
 
560 aa  161  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4359  putative helicase  26.38 
 
 
560 aa  162  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4132  helicase  26.38 
 
 
560 aa  161  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3972  SNF2 family helicase  26.38 
 
 
560 aa  161  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4450  helicase  26.38 
 
 
560 aa  161  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982586  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4248  putative helicase  26.38 
 
 
560 aa  161  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2362  SNF2-related protein  27.13 
 
 
555 aa  159  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0259  helicase domain-containing protein  27.74 
 
 
578 aa  157  8e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0387  helicase domain protein  28.28 
 
 
584 aa  157  8e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.358987  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0213  SNF2-related protein  27.13 
 
 
554 aa  154  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2756  helicase domain protein  27.62 
 
 
584 aa  149  2e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1176  helicase domain-containing protein  30.64 
 
 
941 aa  145  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3559  helicase domain-containing protein  30.64 
 
 
941 aa  145  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0610  type III restriction protein res subunit  33.78 
 
 
905 aa  142  4e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1303  helicase domain-containing protein  27.27 
 
 
669 aa  139  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3286  helicase domain protein  35.08 
 
 
988 aa  130  1e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0811  helicase-like protein  27.57 
 
 
1201 aa  129  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0827  helicase domain-containing protein  27.57 
 
 
1201 aa  129  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3743  helicase domain protein  26.96 
 
 
973 aa  126  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08850  helicase domain protein  23.73 
 
 
467 aa  124  1e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.30967e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3680  SNF2-related:helicase, C-terminal  27.18 
 
 
1045 aa  122  4e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0745  helicase domain protein  41.97 
 
 
1094 aa  121  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>