More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0041 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.8 
 
 
504 aa  1014  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  69.46 
 
 
519 aa  729  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  100 
 
 
504 aa  1016  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  68.6 
 
 
514 aa  733  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  68.2 
 
 
514 aa  722  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  100 
 
 
504 aa  1016  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  99.8 
 
 
504 aa  1014  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.8 
 
 
504 aa  1014  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.63 
 
 
505 aa  991  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.8 
 
 
504 aa  1014  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.63 
 
 
505 aa  991  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  99.8 
 
 
504 aa  1014  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.63 
 
 
505 aa  991  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.63 
 
 
505 aa  991  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.63 
 
 
505 aa  991  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.4 
 
 
504 aa  1009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  42.4 
 
 
507 aa  440  1e-122  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  37.5 
 
 
508 aa  364  2e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  35.47 
 
 
632 aa  278  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  34.01 
 
 
586 aa  271  3e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  33.55 
 
 
650 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  34.98 
 
 
593 aa  268  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  33.69 
 
 
650 aa  267  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  31.65 
 
 
542 aa  261  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  33.26 
 
 
584 aa  256  6e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  29.8 
 
 
532 aa  256  6e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  28.95 
 
 
536 aa  243  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  28.95 
 
 
536 aa  242  9e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  30.93 
 
 
525 aa  243  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  28.95 
 
 
536 aa  242  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  28.75 
 
 
536 aa  240  5e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  30.43 
 
 
527 aa  233  7e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  29.45 
 
 
481 aa  233  7e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  29.45 
 
 
476 aa  233  7e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  29.45 
 
 
481 aa  233  7e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  29.45 
 
 
481 aa  233  7e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  31.76 
 
 
503 aa  229  8e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  30.59 
 
 
540 aa  229  1e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  32.26 
 
 
498 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  26.77 
 
 
548 aa  226  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  26.57 
 
 
548 aa  226  8e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  3.62629e-06 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  26.77 
 
 
548 aa  226  9e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  30.97 
 
 
513 aa  224  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  26.95 
 
 
532 aa  216  6e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  30.06 
 
 
551 aa  213  8e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  29.05 
 
 
540 aa  213  8e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  29.05 
 
 
540 aa  213  8e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  28.96 
 
 
506 aa  211  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  29.81 
 
 
505 aa  211  4e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  29.81 
 
 
505 aa  211  4e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  29.61 
 
 
505 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  29.61 
 
 
505 aa  207  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  29.61 
 
 
505 aa  207  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  29.61 
 
 
505 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  29.68 
 
 
504 aa  206  8e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  29.03 
 
 
504 aa  205  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.83656e-05 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  28.81 
 
 
505 aa  205  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  29.03 
 
 
504 aa  205  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  29.51 
 
 
542 aa  202  9e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  28.78 
 
 
505 aa  202  2e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  28.02 
 
 
490 aa  200  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  28.99 
 
 
526 aa  199  8e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  30.36 
 
 
577 aa  199  1e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  29.19 
 
 
516 aa  197  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  5.02789e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  30.41 
 
 
600 aa  197  4e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  28.57 
 
 
606 aa  195  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  30.02 
 
 
494 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  29.96 
 
 
514 aa  192  1e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  29.17 
 
 
545 aa  192  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  29.19 
 
 
538 aa  190  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  31.75 
 
 
525 aa  189  8e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  29.36 
 
 
523 aa  189  9e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  30.27 
 
 
508 aa  189  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  24.89 
 
 
548 aa  189  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  30.37 
 
 
546 aa  189  1e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  30.22 
 
 
548 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  2.12445e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  30.22 
 
 
548 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  28.72 
 
 
659 aa  188  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  28.73 
 
 
520 aa  187  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  28.73 
 
 
520 aa  187  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  28.72 
 
 
659 aa  187  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  30.3 
 
 
531 aa  187  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  27.08 
 
 
681 aa  187  4e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  28.82 
 
 
542 aa  187  5e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  30.55 
 
 
558 aa  187  5e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  28.02 
 
 
663 aa  187  5e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  29.14 
 
 
584 aa  186  6e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  8.57259e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  28.04 
 
 
532 aa  184  2e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  27.16 
 
 
681 aa  185  2e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  28.84 
 
 
523 aa  185  2e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  29.55 
 
 
541 aa  184  2e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  27.89 
 
 
516 aa  185  2e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.51893e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  29.46 
 
 
611 aa  185  2e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  28.1 
 
 
516 aa  185  2e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  1.5754e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  27.93 
 
 
657 aa  185  2e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  30.64 
 
 
525 aa  185  2e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  28.16 
 
 
516 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  27.89 
 
 
516 aa  184  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  27.89 
 
 
516 aa  184  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  1.0169e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  28.16 
 
 
516 aa  184  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>