More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0039 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_3561  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  99.26 
 
 
405 aa  841  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4036  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  82.43 
 
 
420 aa  711  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0076  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  95.06 
 
 
423 aa  797  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.525177  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3617  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  99.26 
 
 
405 aa  841  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0704222 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0039  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  100 
 
 
405 aa  846  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0078  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  95.06 
 
 
423 aa  797  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.137768  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0079  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  95.06 
 
 
406 aa  796  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0080  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  95.06 
 
 
423 aa  797  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.699526  normal  0.669328 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0076  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  95.06 
 
 
423 aa  797  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3227  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  84.25 
 
 
408 aa  721  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0040  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  99.01 
 
 
405 aa  839  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0042  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  99.51 
 
 
405 aa  843  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0042  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  99.26 
 
 
405 aa  841  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2674  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  83.63 
 
 
408 aa  705  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0571  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  51.89 
 
 
403 aa  436  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0105509  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1833  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  42.07 
 
 
403 aa  343  2e-93  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1026  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.06 
 
 
410 aa  332  6e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1018  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.13 
 
 
404 aa  285  1e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4597  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.9 
 
 
404 aa  285  1e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0307  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.79 
 
 
406 aa  283  3e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2883  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.08 
 
 
413 aa  280  5e-74  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4607  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.37 
 
 
406 aa  278  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2886  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.63 
 
 
414 aa  245  1e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  29.68 
 
 
418 aa  175  1e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3654  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.65 
 
 
427 aa  176  1e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  29.65 
 
 
405 aa  172  7e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.27 
 
 
401 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.42 
 
 
421 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.52 
 
 
401 aa  170  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  30.1 
 
 
401 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.54 
 
 
413 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.27 
 
 
401 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.27 
 
 
401 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  29.46 
 
 
413 aa  168  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.02 
 
 
401 aa  165  1e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  29.59 
 
 
401 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  29.59 
 
 
401 aa  164  4e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  29.59 
 
 
401 aa  164  4e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  29.59 
 
 
401 aa  164  4e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  29.59 
 
 
401 aa  164  4e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  29.59 
 
 
401 aa  164  4e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  29.59 
 
 
401 aa  164  4e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  27.09 
 
 
411 aa  163  5e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  31.25 
 
 
415 aa  162  7e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  28.68 
 
 
397 aa  162  8e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.47 
 
 
406 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.54 
 
 
433 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.78 
 
 
401 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.03 
 
 
401 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.43 
 
 
397 aa  159  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.93 
 
 
396 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.93 
 
 
396 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.93 
 
 
396 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  27.98 
 
 
412 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.96 
 
 
406 aa  157  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  28.57 
 
 
416 aa  157  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  28.57 
 
 
420 aa  157  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  29.07 
 
 
412 aa  157  5e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.41 
 
 
405 aa  156  5e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.71 
 
 
406 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.2 
 
 
396 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  26.98 
 
 
397 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.46 
 
 
396 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.72 
 
 
396 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  29.62 
 
 
386 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.74 
 
 
391 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  29.27 
 
 
409 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.25 
 
 
399 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.43 
 
 
396 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.2 
 
 
408 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  29.5 
 
 
399 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  29.82 
 
 
416 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.11 
 
 
396 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.02 
 
 
396 aa  149  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.43 
 
 
399 aa  148  1e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  29.28 
 
 
404 aa  149  1e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  8.62475e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.63 
 
 
398 aa  148  1e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28 
 
 
418 aa  148  2e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  27.51 
 
 
396 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.29 
 
 
400 aa  147  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.5 
 
 
399 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4084  putative L-carnitine dehydratase/bile acid- inducible protein F  30.2 
 
 
396 aa  146  8e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.96 
 
 
413 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  26.32 
 
 
398 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  27.07 
 
 
402 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.43 
 
 
397 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6214  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.27 
 
 
418 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29 
 
 
399 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2800  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.5 
 
 
421 aa  144  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  29.25 
 
 
399 aa  144  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  27.48 
 
 
397 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4083  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.12 
 
 
398 aa  142  8e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.437874  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.15 
 
 
409 aa  142  8e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.35 
 
 
399 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.35 
 
 
399 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  28.91 
 
 
399 aa  142  1e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  25.94 
 
 
398 aa  142  1e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.91 
 
 
399 aa  142  1e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  28.91 
 
 
399 aa  142  1e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  28.4 
 
 
400 aa  142  1e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>