More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A3358 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
314 aa  639    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
314 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  99.68 
 
 
314 aa  637    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
314 aa  639    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  100 
 
 
314 aa  639    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  99.68 
 
 
314 aa  637    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
314 aa  639    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  99.68 
 
 
314 aa  638    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
314 aa  639    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  94.27 
 
 
314 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  94.59 
 
 
314 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  94.59 
 
 
314 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  93.63 
 
 
314 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  93.63 
 
 
314 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  89.78 
 
 
314 aa  582  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  81.73 
 
 
314 aa  523  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  77 
 
 
314 aa  502  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  77 
 
 
314 aa  499  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  76.43 
 
 
318 aa  490  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  75.4 
 
 
318 aa  490  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  72.03 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  72.03 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  72.03 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 
312 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  67.31 
 
 
315 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  64.52 
 
 
318 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  63.23 
 
 
315 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  63.23 
 
 
317 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  67.1 
 
 
314 aa  410  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  64.19 
 
 
317 aa  407  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 
317 aa  404  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  64.84 
 
 
317 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  64.52 
 
 
317 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  64.84 
 
 
318 aa  402  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  63.92 
 
 
321 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  62.58 
 
 
317 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  61.74 
 
 
318 aa  388  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  63.23 
 
 
317 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  63.49 
 
 
315 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  62.3 
 
 
321 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  62.3 
 
 
321 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  61.98 
 
 
321 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  61.98 
 
 
321 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  61.36 
 
 
310 aa  368  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  56.23 
 
 
317 aa  353  1e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  56.05 
 
 
308 aa  354  1e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  53.7 
 
 
307 aa  329  4e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  51.8 
 
 
317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
309 aa  319  3.9999999999999996e-86  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 
305 aa  316  3e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 
306 aa  316  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 
309 aa  316  3e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  52.72 
 
 
307 aa  314  9.999999999999999e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  49.18 
 
 
302 aa  311  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 
305 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
305 aa  309  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 
308 aa  309  5e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  55.81 
 
 
323 aa  308  5.9999999999999995e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 
305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 
304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 
305 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 
305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 
304 aa  305  6e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
308 aa  300  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  48.22 
 
 
305 aa  294  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  49.07 
 
 
318 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  48.53 
 
 
304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  48.06 
 
 
308 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  46.71 
 
 
313 aa  271  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  45.81 
 
 
307 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 
328 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  45.9 
 
 
299 aa  263  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  46.2 
 
 
310 aa  259  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
311 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
311 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  45.43 
 
 
311 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 
309 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
311 aa  255  6e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
321 aa  255  6e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  47.77 
 
 
314 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
321 aa  255  6e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 
310 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 
310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 
310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 
302 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 
302 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 
302 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 
303 aa  250  2e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 
303 aa  250  2e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  43.91 
 
 
298 aa  250  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 
302 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 
322 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 
315 aa  248  9e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 
293 aa  248  1e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 
293 aa  248  1e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
310 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  47.74 
 
 
314 aa  247  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
310 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 
347 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  44.76 
 
 
338 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>