298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_5103 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  8.89632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.02716e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2703e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.47348e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.19489e-09  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.59327e-06  hitchhiker  1.30381e-12 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.00865e-08  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  7.4305e-05  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  5.01815e-05  hitchhiker  7.91993e-15 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.57359e-07  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  7.01517e-07  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.93255e-11  hitchhiker  4.58064e-05 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.03689e-10  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  4.31752e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  1.48165e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  4.45566e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.37466e-09  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.57752e-10  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  7.56567e-05  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.94168e-08  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.33621e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.80729e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  2e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.41259e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  97.33 
 
 
76 bp  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  8.11739e-10  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  96.05 
 
 
79 bp  127  4e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  6.42788e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  96.05 
 
 
76 bp  127  4e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  2.64941e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.80722e-08  hitchhiker  8.85703e-05 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  6.48525e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0012  tRNA-Ile  93.42 
 
 
76 bp  111  2e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  4.68854e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  93.59 
 
 
78 bp  109  9e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3660  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0008  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4025  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0094  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.115915  hitchhiker  0.00356557 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00059  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0010  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.3598  normal  0.190518 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0010  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.138282  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5073  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0168696  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0006  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  6.80631e-07  normal  0.388884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0084  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.193841 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0631  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000484892  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3568  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.607966  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3695  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0596681  normal  0.112328 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4702  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00885482  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0075  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192269  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4594  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.559283  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3758  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0024  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0720012  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4207  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0107638  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3589  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.236614  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0074  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3588  tRNA-Thr  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.25198  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.88138e-05  hitchhiker  1.9759e-06 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0010  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.332364  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  5.4481e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  94.92 
 
 
79 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  94.92 
 
 
79 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  94.92 
 
 
79 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.50356e-07 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  94.92 
 
 
79 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.2565e-08  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  5.33032e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  94.92 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  94.92 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  94.44 
 
 
76 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  7.39307e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  8.50923e-08  normal  0.0129533 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>