77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_5040 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  3.31013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.8764e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  178  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.07057e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.78932e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0041  tRNA-Ser  97.78 
 
 
90 bp  163  9e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1149  tRNA-Ser  97.78 
 
 
92 bp  163  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.01348e-07  hitchhiker  2.14207e-14 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2818  tRNA-Ser  97.78 
 
 
92 bp  163  9e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  9.85587e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0969  tRNA-Ser  97.78 
 
 
92 bp  163  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.52025e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0066  tRNA-Ser  97.78 
 
 
90 bp  163  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75993  normal  0.681656 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0057  tRNA-Ser  97.78 
 
 
90 bp  163  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0043  tRNA-Ser  95.56 
 
 
90 bp  147  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  99.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  88.89 
 
 
92 bp  99.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0052  tRNA-OTHER  88.57 
 
 
96 bp  75.8  2e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00081511  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  95.45 
 
 
90 bp  71.9  2e-11  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  2e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  2e-09  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  85.71 
 
 
91 bp  54  6e-06  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  85.48 
 
 
90 bp  52  2e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  82.22 
 
 
90 bp  52  2e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  2.26123e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  82.22 
 
 
90 bp  52  2e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 
93 bp  50.1  9e-05  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 
93 bp  50.1  9e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 
93 bp  50.1  9e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  93.94 
 
 
88 bp  50.1  9e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  91.89 
 
 
92 bp  50.1  9e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  96.55 
 
 
86 bp  50.1  9e-05  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  96.55 
 
 
93 bp  50.1  9e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0010  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  9e-05  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  96.55 
 
 
91 bp  50.1  9e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  96.55 
 
 
85 bp  50.1  9e-05  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  9e-05  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  9e-05  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.950757  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 
88 bp  50.1  9e-05  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  9e-05  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  93.75 
 
 
88 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  85 
 
 
87 bp  48.1  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  93.75 
 
 
93 bp  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  93.75 
 
 
91 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  91.43 
 
 
97 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  3.28562e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0012  tRNA-Ser  96.3 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0013  tRNA-Ser  96.3 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  81.11 
 
 
90 bp  44.1  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0044  tRNA-Ser  96.15 
 
 
89 bp  44.1  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.990986  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 
96 bp  44.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  1.3912e-14  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  96.15 
 
 
91 bp  44.1  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  83.87 
 
 
90 bp  44.1  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 
88 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0045  tRNA-Ser  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0142063  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  83.87 
 
 
90 bp  44.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 
95 bp  44.1  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.98819e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  96.15 
 
 
96 bp  44.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  1.17466e-07  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>