More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_4382 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  53.64 
 
 
942 aa  979  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4827  DNA polymerase I  55.82 
 
 
917 aa  959  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00421235  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  50.79 
 
 
947 aa  882  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  64.69 
 
 
921 aa  1201  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  45.74 
 
 
932 aa  774  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  45.09 
 
 
892 aa  758  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  4.31166e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  64.95 
 
 
918 aa  1197  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  77.41 
 
 
934 aa  1435  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  3.12634e-06  hitchhiker  1.5928e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  64.59 
 
 
933 aa  1196  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  8.22051e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  100 
 
 
928 aa  1902  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.70331e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  99.89 
 
 
928 aa  1898  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.78192e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  64.73 
 
 
930 aa  1227  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  53.99 
 
 
902 aa  978  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  53.88 
 
 
902 aa  979  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  77.81 
 
 
932 aa  1482  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.03572e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1062  DNA polymerase I  52.41 
 
 
934 aa  927  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3655  DNA polymerase I  55.78 
 
 
917 aa  956  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.498636  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0448  DNA polymerase I  52.8 
 
 
923 aa  922  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  42.27 
 
 
1016 aa  699  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  64.48 
 
 
945 aa  1200  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  9.34143e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  62.11 
 
 
915 aa  1121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  99.57 
 
 
928 aa  1895  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.18244e-05  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  42.9 
 
 
893 aa  650  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  77.81 
 
 
932 aa  1482  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  44.6 
 
 
973 aa  759  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  61.89 
 
 
915 aa  1113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  43.27 
 
 
1047 aa  727  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  43.91 
 
 
1000 aa  729  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  46.89 
 
 
979 aa  799  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  77.81 
 
 
932 aa  1482  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  42.62 
 
 
949 aa  723  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  61.21 
 
 
931 aa  1107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  64.48 
 
 
922 aa  1199  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  89.14 
 
 
930 aa  1692  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  1.62392e-05  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  45.7 
 
 
937 aa  768  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  54.96 
 
 
943 aa  1006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  66.42 
 
 
930 aa  1220  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  55.65 
 
 
926 aa  975  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  55.72 
 
 
923 aa  979  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  55.83 
 
 
923 aa  982  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  64.8 
 
 
921 aa  1201  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  9.15793e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  45.59 
 
 
937 aa  763  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  64.81 
 
 
934 aa  1245  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.8353e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  45.85 
 
 
892 aa  791  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  46.07 
 
 
976 aa  796  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  64.91 
 
 
935 aa  1204  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  7.90678e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  61.79 
 
 
917 aa  1125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  60.58 
 
 
916 aa  1154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  44.58 
 
 
1022 aa  777  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3415  DNA polymerase I  39.61 
 
 
965 aa  635  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00208167  normal  0.0804526 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  62.54 
 
 
915 aa  1119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  45.33 
 
 
941 aa  742  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  45.77 
 
 
978 aa  795  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  43.01 
 
 
893 aa  652  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  41.93 
 
 
1020 aa  682  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  43.37 
 
 
915 aa  692  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  55.65 
 
 
926 aa  975  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3769  DNA polymerase I  56.11 
 
 
917 aa  956  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.662383  hitchhiker  0.00614094 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  42.42 
 
 
956 aa  718  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  75.4 
 
 
931 aa  1438  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  54.78 
 
 
937 aa  981  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4423  DNA polymerase I  44.16 
 
 
1016 aa  749  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1542  DNA polymerase I  52.22 
 
 
940 aa  902  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00630  DNA polymerase I  63.46 
 
 
908 aa  1139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  52.36 
 
 
922 aa  912  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  45.06 
 
 
992 aa  775  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  59.78 
 
 
903 aa  1110  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  42.36 
 
 
1024 aa  702  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  52.59 
 
 
899 aa  888  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  41.81 
 
 
1013 aa  695  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4290  DNA polymerase I  64.8 
 
 
921 aa  1201  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.5151e-06  hitchhiker  5.6057e-08 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  100 
 
 
928 aa  1902  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  75.43 
 
 
928 aa  1452  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0044  DNA polymerase I  56.54 
 
 
911 aa  986  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.812891  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0765  DNA polymerase I  40.91 
 
 
930 aa  640  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  43.44 
 
 
924 aa  712  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001917  DNA polymerase I  65.98 
 
 
928 aa  1239  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.49897e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  53.45 
 
 
940 aa  947  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  76.53 
 
 
929 aa  1470  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  43.05 
 
 
932 aa  692  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0712  DNA polymerase I  42.66 
 
 
939 aa  691  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  43.68 
 
 
939 aa  709  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  41.5 
 
 
963 aa  688  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  45.49 
 
 
892 aa  784  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.33536e-24 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  76.64 
 
 
929 aa  1475  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  55.4 
 
 
939 aa  999  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  44.26 
 
 
999 aa  751  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2846  DNA polymerase I  42.46 
 
 
943 aa  720  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411951  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0540  DNA polymerase I  41.52 
 
 
936 aa  663  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.560108  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  42.15 
 
 
936 aa  662  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  48.32 
 
 
888 aa  822  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0473  DNA polymerase I  41.67 
 
 
943 aa  657  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  43.17 
 
 
1047 aa  714  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03934  DNA polymerase I  52.8 
 
 
933 aa  960  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540261  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  54.78 
 
 
937 aa  981  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6788  DNA polymerase I  52.85 
 
 
913 aa  917  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0147599  hitchhiker  1.70009e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  100 
 
 
928 aa  1902  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  9.47993e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  40.14 
 
 
945 aa  636  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  54.49 
 
 
915 aa  961  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  42.87 
 
 
1043 aa  707  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.560241 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>