More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_3114 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.49414e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.56513e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.98481e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  8.30878e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
305 aa  627  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.08594e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  96.38 
 
 
304 aa  602  1e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  92.79 
 
 
308 aa  585  1e-166  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  91.8 
 
 
308 aa  580  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  91.12 
 
 
307 aa  576  1e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  91.15 
 
 
307 aa  577  1e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  89.51 
 
 
305 aa  570  1e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.01969e-06  unclonable  2.45083e-08 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  87.87 
 
 
305 aa  561  1e-159  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  8.6091e-06  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  87.87 
 
 
305 aa  561  1e-159  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.72283e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  87.87 
 
 
305 aa  561  1e-159  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  73.06 
 
 
302 aa  458  1e-128  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  71.14 
 
 
306 aa  454  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.6906e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.81 
 
 
306 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.62 
 
 
306 aa  456  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.71121e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.53 
 
 
303 aa  444  1e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.53 
 
 
303 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.53 
 
 
303 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  9.16948e-05  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.53 
 
 
303 aa  444  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  5.18904e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.85 
 
 
303 aa  441  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.85 
 
 
303 aa  439  1e-122  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.19 
 
 
303 aa  439  1e-122  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.85 
 
 
303 aa  439  1e-122  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  2.05749e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.85 
 
 
303 aa  439  1e-122  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.51 
 
 
303 aa  439  1e-122  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.85 
 
 
303 aa  439  1e-122  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.28 
 
 
303 aa  437  1e-122  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  69.83 
 
 
303 aa  436  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.24 
 
 
303 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.67837e-05  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.24 
 
 
303 aa  434  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  2.22387e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.46 
 
 
310 aa  425  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  69.2 
 
 
303 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.45 
 
 
303 aa  407  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  63.64 
 
 
300 aa  387  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.48 
 
 
301 aa  301  7e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.26497e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.34 
 
 
306 aa  271  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.15 
 
 
314 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 
300 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
318 aa  244  1e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
305 aa  244  1e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
307 aa  242  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 
315 aa  240  3e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.26254e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 
295 aa  239  3e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
311 aa  238  9e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 
317 aa  235  8e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
308 aa  234  2e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
305 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  42.9 
 
 
308 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 
299 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 
311 aa  225  7e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
311 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 
308 aa  223  5e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
309 aa  222  5e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
308 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 
314 aa  221  2e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  43.43 
 
 
304 aa  220  2e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 
308 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 
323 aa  218  8e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.75 
 
 
309 aa  218  9e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
317 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
305 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
305 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
305 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
305 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.28 
 
 
322 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.12 
 
 
334 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 
321 aa  215  6e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
305 aa  214  1e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.81 
 
 
320 aa  214  1e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  214  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  214  2e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  214  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 
308 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.75 
 
 
348 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
305 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 
328 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
295 aa  209  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.86 
 
 
322 aa  208  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
301 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 
323 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
327 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
305 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 
328 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
296 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
301 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>