176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_2252 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  100 
 
 
131 aa  260  5e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  52.8 
 
 
135 aa  132  2e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  52.8 
 
 
135 aa  132  2e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  51.61 
 
 
135 aa  132  2e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 
135 aa  132  2e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  47.89 
 
 
229 aa  78.2  3e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  51.43 
 
 
233 aa  77  7e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  49.28 
 
 
229 aa  77  8e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.19805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  49.28 
 
 
229 aa  77  9e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.8003e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  51.43 
 
 
233 aa  76.3  1e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  51.43 
 
 
233 aa  76.3  1e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  43.04 
 
 
240 aa  70.5  8e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  50 
 
 
240 aa  70.1  1e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  47.76 
 
 
263 aa  68.6  3e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  46.27 
 
 
216 aa  67  8e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  6.07321e-13 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  46.15 
 
 
216 aa  66.6  1e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  46.15 
 
 
216 aa  66.6  1e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  51.43 
 
 
243 aa  65.1  3e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.46435e-05 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  49.25 
 
 
209 aa  64.7  4e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  45.07 
 
 
273 aa  58.9  2e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 
152 aa  58.5  3e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  52.31 
 
 
236 aa  58.5  3e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.24176e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2265  XRE family transcriptional regulator  29.84 
 
 
145 aa  57  9e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.80415e-06  unclonable  2.17866e-06 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  34.41 
 
 
117 aa  57  9e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2730  putative DNA-binding protein  33.01 
 
 
117 aa  56.6  1e-07  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  1.0572e-06  hitchhiker  2.67972e-05 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  42.86 
 
 
214 aa  55.5  2e-07  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  31.69 
 
 
152 aa  55.5  3e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  33.56 
 
 
144 aa  54.3  6e-07  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  40.32 
 
 
235 aa  53.9  6e-07  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  45.16 
 
 
225 aa  53.9  7e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
104 aa  52.4  2e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  36.79 
 
 
128 aa  52  3e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  6.72654e-05  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  33.73 
 
 
109 aa  51.2  4e-06  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
145 aa  51.2  5e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  43.55 
 
 
71 aa  50.4  7e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  2.89495e-06 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  38.24 
 
 
210 aa  50.1  9e-06  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 
119 aa  50.1  9e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 
380 aa  50.1  1e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 
133 aa  49.7  1e-05  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  36.99 
 
 
213 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 
116 aa  49.3  2e-05  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  31.3 
 
 
374 aa  48.5  3e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  35.09 
 
 
400 aa  48.5  3e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 
115 aa  48.5  3e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.42648e-12  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 
115 aa  48.5  3e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.52617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  40.32 
 
 
219 aa  48.5  3e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 
120 aa  48.1  4e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 
120 aa  48.1  4e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 
120 aa  48.1  4e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1829  HTH-type transcriptional regulator DicA  55 
 
 
44 aa  47.8  5e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.16538e-06  hitchhiker  1.47323e-13 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3170  HTH-type transcriptional regulator DicA  55 
 
 
44 aa  47.8  5e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  4.04203e-06  hitchhiker  7.70919e-18 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0337  DNA-binding protein  32.71 
 
 
135 aa  47.8  5e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 
123 aa  47.8  5e-05  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  34.18 
 
 
118 aa  47.4  6e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
189 aa  47.4  6e-05  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  2.56618e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  28.16 
 
 
123 aa  47.4  6e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
163 aa  47.8  6e-05  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  7.70328e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 
133 aa  47.4  6e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  32.17 
 
 
374 aa  47.4  6e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1163  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
129 aa  47  8e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 
367 aa  46.6  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  32.73 
 
 
367 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
149 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  45.16 
 
 
216 aa  47  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 
367 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 
474 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  32.86 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  38.16 
 
 
377 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
204 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 
359 aa  45.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 
137 aa  45.4  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  32.79 
 
 
347 aa  45.8  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  3.66307e-07  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  35.94 
 
 
212 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 
196 aa  45.4  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  40.82 
 
 
459 aa  45.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
115 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.47 
 
 
119 aa  45.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  42.62 
 
 
227 aa  45.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 
127 aa  45.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5021  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 
147 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.621734  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  28.57 
 
 
251 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  28.43 
 
 
130 aa  45.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  41.54 
 
 
218 aa  44.7  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  28.45 
 
 
152 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 
145 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  31.94 
 
 
262 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0552  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 
71 aa  44.7  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.162215  hitchhiker  8.52105e-05 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 
171 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 
312 aa  44.3  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 
132 aa  44.3  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  30.43 
 
 
374 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0400  putative HTH-type transcriptional regulator  29.23 
 
 
127 aa  44.3  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.06586  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 
262 aa  44.3  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 
113 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 
327 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 
120 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  2.34075e-06 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  34.21 
 
 
197 aa  43.9  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
229 aa  43.9  0.0008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  7.91351e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
132 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
132 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>