163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_4262 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  100 
 
 		 108 aa  221  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  99.07 
 
 		 108 aa  221  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  99.07 
 
 		 119 aa  219  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  99.07 
 
 		 119 aa  219  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  99.07 
 
 		 119 aa  219  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  99.07 
 
 		 119 aa  219  7e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  99.07 
 
 		 119 aa  219  7e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  99.07 
 
 		 119 aa  219  7e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000396678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  98.15 
 
 		 119 aa  218  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  97.22 
 
 		 119 aa  216  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000599062  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  97.22 
 
 		 119 aa  216  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  97.22 
 
 		 119 aa  216  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  97.22 
 
 		 119 aa  216  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  97.22 
 
 		 119 aa  216  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  93.52 
 
 		 108 aa  209  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  89.81 
 
 		 119 aa  202  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  198  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  87.96 
 
 		 108 aa  197  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000157593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  87.04 
 
 		 119 aa  196  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  84.76 
 
 		 119 aa  188  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  58.33 
 
 		 119 aa  138  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000166605  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  52.88 
 
 		 115 aa  127  5.0000000000000004e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  54.21 
 
 		 120 aa  124  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000277263  unclonable  0.00000245558 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  52.34 
 
 		 118 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  54.21 
 
 		 117 aa  122  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  52.34 
 
 		 119 aa  121  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000059586  unclonable  0.00000000749508 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  54.21 
 
 		 107 aa  120  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000192203  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  54.21 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  51.4 
 
 		 120 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000742435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  51.4 
 
 		 118 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000556747  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  51.4 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000936038  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  49.53 
 
 		 118 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  50.47 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  49.53 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000139461  unclonable  0.0000000000208872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  49.53 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000319179  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  49.53 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000450646  unclonable  0.0000000000397397 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  50.47 
 
 		 118 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000140717  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  48.6 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000794478  unclonable  0.00000000000188803 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  48.6 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000348711  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  48.6 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000190839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  48.6 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000021378  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  48.6 
 
 		 118 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  52.34 
 
 		 118 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  51 
 
 		 120 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  50.96 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  45.37 
 
 		 128 aa  98.6  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  47.52 
 
 		 128 aa  97.8  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  44.55 
 
 		 128 aa  97.1  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  45.19 
 
 		 134 aa  95.1  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  46.15 
 
 		 133 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  46.67 
 
 		 130 aa  94.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  45.19 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  45.19 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  45.54 
 
 		 135 aa  93.6  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  46.15 
 
 		 135 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  45.19 
 
 		 135 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  45.19 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  45.19 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  41 
 
 		 114 aa  85.9  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  41 
 
 		 114 aa  85.5  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  43.81 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  38 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  40.82 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  43.43 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  38.61 
 
 		 116 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  38.14 
 
 		 120 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  38.54 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  38.54 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4180  ribonuclease P protein component  83.78 
 
 		 37 aa  67  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000040396  normal  0.023392 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  40.28 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  34.29 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  38.46 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  35 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  35.35 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  50.94 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  32.67 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164935  unclonable  0.0000011472 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  31.68 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  0.0000473513 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2225  ribonuclease P  39 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2315  ribonuclease P  39.39 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  32.58 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  45.07 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04102  ribonuclease P  46.81 
 
 		 55 aa  54.7  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000363404  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4508  ribonuclease P protein component  53.57 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  29.7 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102633  hitchhiker  0.0000000753131 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  40.54 
 
 		 116 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  29.17 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2333  ribonuclease P protein component  47.69 
 
 		 120 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  39.19 
 
 		 116 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  36.46 
 
 		 123 aa  50.4  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  39.19 
 
 		 116 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  39.51 
 
 		 116 aa  49.7  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  39.51 
 
 		 116 aa  49.7  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  34.04 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  33.96 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1969  ribonuclease P protein component  38.89 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03486  ribonuclease P protein component  40.3 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  34.34 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  43.64 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  30.11 
 
 		 116 aa  48.1  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  33.66 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>