More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_4215 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  100 
 
 		 309 aa  618  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  98.71 
 
 		 309 aa  610  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  99.35 
 
 		 309 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  99.35 
 
 		 309 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  99.35 
 
 		 314 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  98.71 
 
 		 309 aa  610  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  99.03 
 
 		 309 aa  611  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  99.35 
 
 		 309 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  99.03 
 
 		 314 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  88.64 
 
 		 309 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  88.31 
 
 		 309 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  88.31 
 
 		 309 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  88.31 
 
 		 309 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  88.31 
 
 		 309 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  83.82 
 
 		 314 aa  479  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  70.92 
 
 		 308 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  73.36 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  71.43 
 
 		 308 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  71.43 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  71.43 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  71.1 
 
 		 310 aa  418  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  72.37 
 
 		 308 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  72.7 
 
 		 318 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  58.61 
 
 		 307 aa  347  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  59.41 
 
 		 305 aa  342  4e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  59.93 
 
 		 305 aa  341  8e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  60.2 
 
 		 306 aa  335  5e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  56.81 
 
 		 308 aa  332  5e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  55.31 
 
 		 317 aa  328  6e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  55.52 
 
 		 305 aa  301  8.000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  49.33 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  48.99 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  47.65 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  47.65 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  47.65 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  47.32 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  47.32 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  47.32 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  46.98 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  48.48 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  44.63 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  48.15 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  45.61 
 
 		 302 aa  247  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  44.97 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  43.67 
 
 		 310 aa  245  6e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  43 
 
 		 310 aa  245  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  46.13 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  45.82 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  48.66 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  40.79 
 
 		 308 aa  235  7e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  41.55 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  42.57 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  40.6 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  40.6 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  44.82 
 
 		 315 aa  230  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  43.52 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  41.78 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  44.67 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  47.46 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  44.19 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  44 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  44.3 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  46.62 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  44.85 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  45.18 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  44.26 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  47.04 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  45.27 
 
 		 306 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  41.86 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  41.12 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  45.21 
 
 		 311 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  44.82 
 
 		 309 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  43.56 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  40.8 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  47.16 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  44.88 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  44.88 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  37.28 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  45.51 
 
 		 321 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  42.45 
 
 		 319 aa  216  4e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  44.44 
 
 		 295 aa  215  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  40.26 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  39.27 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  43.38 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  42.16 
 
 		 424 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  43 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  41.96 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  39.51 
 
 		 398 aa  205  9e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  41.08 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  40.78 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  43.52 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  35.41 
 
 		 308 aa  203  4e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  41.89 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  39.73 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  41.55 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  39.38 
 
 		 403 aa  202  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  40.88 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  44.26 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  47.14 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  47.14 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>