More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_4155 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  100 
 
 
206 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  100 
 
 
206 aa  407  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  100 
 
 
206 aa  407  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  100 
 
 
206 aa  407  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  100 
 
 
206 aa  407  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  100 
 
 
206 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  100 
 
 
206 aa  407  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  99.51 
 
 
206 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  99.03 
 
 
206 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  87.86 
 
 
206 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  89.81 
 
 
206 aa  357  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  89.32 
 
 
206 aa  356  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  88.83 
 
 
206 aa  355  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  88.83 
 
 
206 aa  354  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  88.35 
 
 
206 aa  352  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  74.76 
 
 
206 aa  327  8e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4152  homoserine/homoserine lactone efflux protein  77.67 
 
 
206 aa  310  6.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  76.21 
 
 
206 aa  305  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0042632  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0557  homoserine/homoserine lactone efflux protein  75.12 
 
 
206 aa  302  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3996  homoserine/homoserine lactone efflux protein  75.12 
 
 
206 aa  302  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  74.63 
 
 
206 aa  301  6.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  74.27 
 
 
206 aa  297  9e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476612  normal  0.152884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3962  homoserine/homoserine lactone efflux protein  77.67 
 
 
206 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.149154  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  52.15 
 
 
205 aa  224  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  51.2 
 
 
204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  50 
 
 
205 aa  217  8.999999999999998e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3290  lysine exporter protein LysE/YggA  43.2 
 
 
206 aa  173  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76234  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  43 
 
 
207 aa  170  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0303  lysine exporter protein LysE/YggA  43.78 
 
 
205 aa  169  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.85144e-16  normal  0.0852573 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69310  LysE family efflux protein  41.98 
 
 
209 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5994  hypothetical protein  41.98 
 
 
209 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  42.79 
 
 
209 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5476  lysine exporter protein LysE/YggA  40.67 
 
 
210 aa  165  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06368  putative threonine efflux protein  43.07 
 
 
207 aa  161  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0593  lysine exporter protein LysE/YggA  39.9 
 
 
210 aa  160  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2802  lysine exporter protein LysE/YggA  41.67 
 
 
212 aa  160  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0266  lysine exporter protein LysE/YggA  38.46 
 
 
210 aa  157  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2660  lysine exporter protein LysE/YggA  41.67 
 
 
217 aa  155  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0329872  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0140  homoserine/homoserine lactone efflux protein  40.2 
 
 
210 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2512  LysE family efflux protein  39.61 
 
 
209 aa  149  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77155  normal  0.629376 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  42.03 
 
 
213 aa  148  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  41.55 
 
 
213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0050  lysine exporter protein LysE/YggA  40.2 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  42.16 
 
 
207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.957378  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3615  lysine exporter protein LysE/YggA  40.89 
 
 
208 aa  145  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0587499  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0918  lysine exporter protein LysE/YggA  41.35 
 
 
209 aa  145  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0219  lysine exporter protein LysE/YggA  37.8 
 
 
210 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.581325  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2041  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.68 
 
 
207 aa  144  9e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.287966  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0198  amino acid transporter LysE  37.32 
 
 
210 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0222  lysine exporter protein LysE/YggA  38.94 
 
 
210 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3633  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.22 
 
 
207 aa  141  6e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  38.35 
 
 
208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0291  lysine exporter protein LysE/YggA  41.58 
 
 
224 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0287  lysine exporter protein LysE/YggA  42.72 
 
 
214 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167258  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.02 
 
 
208 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3544  lysine exporter protein LysE/YggA  40.59 
 
 
212 aa  135  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0116705  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2867  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.59 
 
 
212 aa  135  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0236  lysine exporter protein LysE/YggA  41.04 
 
 
214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  37.67 
 
 
212 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1667  lysine exporter protein LysE/YggA  37.69 
 
 
209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.931902  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  35.55 
 
 
211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  35.07 
 
 
211 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3915  lysine exporter protein LysE/YggA  40.1 
 
 
212 aa  125  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.652927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2356  lysine exporter protein LysE/YggA  38.05 
 
 
203 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139066  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3565  amino acid transporter LysE  38.05 
 
 
203 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  34.6 
 
 
211 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2209  lysine exporter protein LysE/YggA  38.05 
 
 
203 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4165  amino acid transporter LysE  35.35 
 
 
203 aa  122  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.84 
 
 
208 aa  122  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  34.74 
 
 
212 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.17 
 
 
207 aa  121  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  35.68 
 
 
213 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  33.93 
 
 
222 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  33.93 
 
 
222 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  34.12 
 
 
211 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  32.18 
 
 
204 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  34.6 
 
 
211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  34.6 
 
 
211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  34.55 
 
 
218 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2136  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.44 
 
 
212 aa  118  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  33.48 
 
 
222 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  36.15 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.12 
 
 
211 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2480  lysine exporter protein LysE/YggA  35.61 
 
 
203 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.64 
 
 
208 aa  115  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  35.86 
 
 
211 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0123  lysine exporter protein LysE/YggA  33.17 
 
 
207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1323  lysine exporter protein LysE/YggA  32.7 
 
 
211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.848324 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  32.68 
 
 
207 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0122  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.68 
 
 
207 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  32.57 
 
 
218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0815  lysine exporter protein LysE/YggA  35.64 
 
 
204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.92 
 
 
204 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  28.92 
 
 
209 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  32.02 
 
 
203 aa  111  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0891  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.5 
 
 
209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4236  lysine exporter protein LysE/YggA  32.2 
 
 
207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  31.71 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  30.73 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.161757 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0113  lysine exporter protein LysE/YggA  31.22 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.894147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>