264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3901 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012892  B21_03922  hypothetical protein  100 
 
 
149 aa  305  2e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03962  ribose-5-phosphate isomerase B  100 
 
 
149 aa  305  2e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  100 
 
 
149 aa  305  2e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  100 
 
 
149 aa  305  2e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4556  ribose-5-phosphate isomerase B  98.66 
 
 
149 aa  301  2e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1638  ribose-5-phosphate isomerase B  66.22 
 
 
149 aa  196  1e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  63.7 
 
 
147 aa  187  3e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  2.80792e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2385  ribose 5-phosphate isomerase B  61.11 
 
 
149 aa  183  7e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  9.41182e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  58.62 
 
 
149 aa  178  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  58.62 
 
 
149 aa  178  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  58.99 
 
 
146 aa  170  5e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  57.93 
 
 
149 aa  168  3e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1933  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  53.79 
 
 
149 aa  165  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  6.91154e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  54.17 
 
 
322 aa  162  2e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0809  ribose 5-phosphate isomerase B  52.78 
 
 
148 aa  162  2e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  52.41 
 
 
152 aa  161  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  52.08 
 
 
148 aa  161  3e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  54.86 
 
 
148 aa  160  4e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  49.31 
 
 
145 aa  158  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  53.47 
 
 
149 aa  158  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.05549e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  51.39 
 
 
149 aa  157  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  1.29497e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  57.64 
 
 
149 aa  157  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2392  ribose-5-phosphate isomerase  52.41 
 
 
181 aa  155  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.73759  normal  0.0712618 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  51.39 
 
 
145 aa  155  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3315  ribose-5-phosphate isomerase B  52.41 
 
 
148 aa  155  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.16807  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0559  ribose 5-phosphate isomerase B  52.52 
 
 
150 aa  152  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2148  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  52.41 
 
 
152 aa  151  3e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1864  ribose 5-phosphate isomerase B  51.06 
 
 
149 aa  149  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  48.97 
 
 
370 aa  149  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  44.44 
 
 
162 aa  147  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  49.66 
 
 
149 aa  147  6e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0098  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  48.61 
 
 
148 aa  147  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  49.66 
 
 
149 aa  146  1e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  8.11694e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1664  ribose 5-phosphate isomerase B  46.48 
 
 
143 aa  145  2e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1737  ribose 5-phosphate isomerase B  46.48 
 
 
143 aa  145  2e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1116  ribose-5-phosphate isomerase B  46.85 
 
 
145 aa  144  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.177801  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0682  ribose 5-phosphate isomerase B  45.77 
 
 
145 aa  143  7e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0842  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.2 
 
 
142 aa  143  9e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0170  ribose-5-phosphate isomerase  47.86 
 
 
148 aa  142  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2734  ribose 5-phosphate isomerase B  50 
 
 
147 aa  142  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1922  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  46.26 
 
 
153 aa  142  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1446  ribose 5-phosphate isomerase B  49.65 
 
 
144 aa  141  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.396381  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2837  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  49.66 
 
 
147 aa  142  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  51.8 
 
 
143 aa  142  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0352  ribose 5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
150 aa  141  3e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1017  ribose/galactose isomerase  48.2 
 
 
144 aa  140  7e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0396187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2314  ribose-5-phosphate isomerase  50 
 
 
149 aa  139  1e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2929  ribose 5-phosphate isomerase B  48.97 
 
 
147 aa  139  1e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1880  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  44.76 
 
 
149 aa  139  2e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2745  ribose-5-phosphate isomerase  48.28 
 
 
147 aa  138  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  43.17 
 
 
151 aa  137  5e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0901  ribose/galactose isomerase  47.48 
 
 
150 aa  137  6e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  49.66 
 
 
149 aa  137  7e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1604  ribose-5-phosphate isomerase  44.06 
 
 
148 aa  136  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0025055  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1042  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45.32 
 
 
142 aa  135  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  7.15199e-06  hitchhiker  1.8847e-05 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1322  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.76 
 
 
142 aa  135  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1159  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.37 
 
 
151 aa  135  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.832991 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0972  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.22 
 
 
149 aa  135  2e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5511  ribose-5-phosphate isomerase B  47.26 
 
 
147 aa  135  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  3.0835e-10  unclonable  3.67009e-26 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5000  ribose-5-phosphate isomerase B  47.26 
 
 
147 aa  134  3e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  5.86604e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5560  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
147 aa  134  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  2.46279e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5017  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
147 aa  134  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  6.49757e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5409  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
147 aa  134  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.20464e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5167  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
147 aa  134  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  7.05511e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3745  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  48.2 
 
 
142 aa  134  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0446576  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2077  ribose 5-phosphate isomerase  46.62 
 
 
164 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0813  ribose 5-phosphate isomerase  46.62 
 
 
164 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0454  ribose 5-phosphate isomerase B  46.62 
 
 
164 aa  134  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1104  ribose 5-phosphate isomerase  46.62 
 
 
164 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0359  ribose 5-phosphate isomerase B  46.62 
 
 
164 aa  134  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1815  ribose 5-phosphate isomerase  46.62 
 
 
164 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5116  ribose-5-phosphate isomerase B  47.26 
 
 
147 aa  134  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  6.11048e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5440  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
147 aa  134  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  9.1391e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1307  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.04 
 
 
154 aa  134  5e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.833866  normal  0.257706 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1791  ribose 5-phosphate isomerase B  46.62 
 
 
164 aa  134  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1460  ribose-5-phosphate isomerase  45.45 
 
 
149 aa  134  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5443  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
147 aa  134  6e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  3.04947e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5496  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
147 aa  134  6e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  9.08103e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1747  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.75 
 
 
148 aa  133  7e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0569698  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3837  ribose-5-phosphate isomerase B  47.95 
 
 
147 aa  133  7e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00790258  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1034  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.44 
 
 
146 aa  133  1e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.257274 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1640  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.75 
 
 
152 aa  132  1e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000194465  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1258  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.6 
 
 
144 aa  133  1e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  8.76493e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1026  ribose 5-phosphate isomerase B  52.08 
 
 
148 aa  132  1e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2593  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.14 
 
 
153 aa  132  1e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21560  ribose-5-phosphate isomerase  45.52 
 
 
146 aa  132  2e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.971955  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1332  ribose-5-phosphate isomerase  43.17 
 
 
148 aa  132  2e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0481  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.14 
 
 
150 aa  131  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00576444 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1359  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.6 
 
 
144 aa  131  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0852  ribose 5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
150 aa  131  4e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00452736  normal  0.320057 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0889  ribose 5-phosphate isomerase B  47.14 
 
 
145 aa  130  4e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.53 
 
 
566 aa  130  6e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0952  ribose-5-phosphate isomerase B  44.22 
 
 
151 aa  130  7e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3422  ribose-5-phosphate isomerase B  44.22 
 
 
151 aa  130  7e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208549  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3289  ribose-5-phosphate isomerase B  44.22 
 
 
151 aa  130  7e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3103  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.67 
 
 
151 aa  130  8e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00677478  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2065  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.22 
 
 
149 aa  129  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2239  ribose-5-phosphate isomerase  43.57 
 
 
145 aa  129  1e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5648  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.48 
 
 
160 aa  128  2e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609634  normal  0.681058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4874  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.37 
 
 
143 aa  129  2e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.585109 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>