More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3220 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  100 
 
 		 174 aa  356  9e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  99.43 
 
 		 174 aa  353  5.999999999999999e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 181 aa  270  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 181 aa  270  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  74.4 
 
 		 181 aa  270  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  73.81 
 
 		 181 aa  269  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  73.81 
 
 		 181 aa  268  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  66.67 
 
 		 174 aa  238  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  55.29 
 
 		 173 aa  198  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  55.36 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  56.1 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  56.71 
 
 		 174 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  52.98 
 
 		 173 aa  192  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 173 aa  191  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 173 aa  191  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  53.89 
 
 		 175 aa  187  7e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  52.8 
 
 		 172 aa  179  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  49.69 
 
 		 170 aa  174  7e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  41.57 
 
 		 188 aa  155  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  46.67 
 
 		 177 aa  153  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  47.24 
 
 		 202 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  43.37 
 
 		 180 aa  136  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  44.59 
 
 		 186 aa  124  6e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  44.59 
 
 		 186 aa  124  9e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  40.48 
 
 		 176 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  38.55 
 
 		 175 aa  115  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.69 
 
 		 180 aa  114  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.79 
 
 		 177 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  41.25 
 
 		 190 aa  112  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  40.59 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.82 
 
 		 174 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  37.35 
 
 		 201 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.12 
 
 		 539 aa  107  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  36.42 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  35.63 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  36.14 
 
 		 229 aa  105  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  38.32 
 
 		 172 aa  104  7e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  36.09 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  39.35 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  36.09 
 
 		 165 aa  101  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  34.48 
 
 		 195 aa  101  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  38.55 
 
 		 169 aa  101  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  36.84 
 
 		 179 aa  101  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  39.16 
 
 		 167 aa  100  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  36.09 
 
 		 165 aa  101  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 454 aa  100  8e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  40 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  35.33 
 
 		 170 aa  99  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  36.75 
 
 		 171 aa  99  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.12 
 
 		 166 aa  99  3e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  34.91 
 
 		 165 aa  98.6  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  36.42 
 
 		 184 aa  98.6  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  34.91 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  34.91 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  35.33 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  38.15 
 
 		 175 aa  98.2  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  37.66 
 
 		 183 aa  97.8  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  34.32 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  38.71 
 
 		 183 aa  96.7  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  38.71 
 
 		 190 aa  96.7  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  36.31 
 
 		 172 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  40 
 
 		 184 aa  96.3  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  35.19 
 
 		 180 aa  96.7  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  40 
 
 		 229 aa  96.3  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  35.15 
 
 		 190 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.19 
 
 		 172 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.05 
 
 		 181 aa  95.5  4e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  37.5 
 
 		 172 aa  95.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  33.96 
 
 		 171 aa  94.4  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  34.66 
 
 		 184 aa  94  9e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  35.58 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  37.34 
 
 		 156 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  34.18 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  35.71 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  33.73 
 
 		 179 aa  92.8  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  34.52 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  35.62 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  34.18 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  35.19 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  39.35 
 
 		 184 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  39.19 
 
 		 179 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.08 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  39.74 
 
 		 184 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  38.71 
 
 		 192 aa  92  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0280  Shikimate kinase  38.96 
 
 		 180 aa  92  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.129636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  38.06 
 
 		 209 aa  92  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  39.33 
 
 		 196 aa  92  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  38.06 
 
 		 177 aa  91.7  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  38.06 
 
 		 177 aa  91.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  38.06 
 
 		 177 aa  91.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  38.06 
 
 		 177 aa  91.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  35.81 
 
 		 462 aa  91.7  5e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>