More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3203 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.33 
 
 		 374 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.87 
 
 		 375 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.7 
 
 		 375 aa  642    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.87 
 
 		 375 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  91.13 
 
 		 381 aa  717    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.87 
 
 		 374 aa  662    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  91.67 
 
 		 381 aa  718    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  91.94 
 
 		 387 aa  718    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.33 
 
 		 374 aa  659    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  80.38 
 
 		 382 aa  651    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.33 
 
 		 374 aa  660    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.57 
 
 		 378 aa  646    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.57 
 
 		 374 aa  703    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.87 
 
 		 375 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.57 
 
 		 374 aa  659    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.57 
 
 		 374 aa  707    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.43 
 
 		 377 aa  650    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.97 
 
 		 377 aa  655    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.43 
 
 		 377 aa  649    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.8 
 
 		 379 aa  656    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.33 
 
 		 374 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  92.74 
 
 		 387 aa  721    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.57 
 
 		 374 aa  703    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.57 
 
 		 374 aa  703    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.04 
 
 		 374 aa  656    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.33 
 
 		 374 aa  660    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.14 
 
 		 376 aa  637    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.87 
 
 		 374 aa  664    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.87 
 
 		 374 aa  664    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.89 
 
 		 374 aa  656    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.87 
 
 		 375 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.6 
 
 		 375 aa  762    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.87 
 
 		 374 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  95.73 
 
 		 375 aa  748    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 375 aa  778    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.01 
 
 		 374 aa  617  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.81 
 
 		 370 aa  596  1e-169  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0597  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.9 
 
 		 370 aa  581  1.0000000000000001e-165  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.05 
 
 		 381 aa  578  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.65 
 
 		 385 aa  575  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.77 
 
 		 374 aa  572  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.31 
 
 		 377 aa  567  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.05 
 
 		 371 aa  565  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 371 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 377 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1413  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.16 
 
 		 371 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.786795  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.16 
 
 		 377 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.24 
 
 		 370 aa  560  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.05 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 377 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.32 
 
 		 372 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.71 
 
 		 377 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.71 
 
 		 377 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.35 
 
 		 373 aa  554  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 372 aa  549  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  67.74 
 
 		 371 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.94 
 
 		 382 aa  544  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.49 
 
 		 383 aa  537  1e-151  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.97 
 
 		 383 aa  533  1e-150  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.31 
 
 		 385 aa  532  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.06 
 
 		 370 aa  528  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.4 
 
 		 383 aa  530  1e-149  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.13 
 
 		 371 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.93 
 
 		 367 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.57 
 
 		 391 aa  513  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.42 
 
 		 370 aa  512  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.67 
 
 		 370 aa  508  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.13 
 
 		 376 aa  510  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 		 397 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 		 397 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 		 397 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.31 
 
 		 394 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 		 397 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 		 397 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 		 397 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.31 
 
 		 472 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.2 
 
 		 369 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.52 
 
 		 376 aa  501  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.44 
 
 		 374 aa  503  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00525  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.54 
 
 		 381 aa  498  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1615  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.54 
 
 		 376 aa  499  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.214462  normal  0.361776 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0637  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.24 
 
 		 395 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3810  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.17 
 
 		 395 aa  495  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2664  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.71 
 
 		 399 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.241217 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0612  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.97 
 
 		 395 aa  494  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0690  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.17 
 
 		 395 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265074  normal  0.561084 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0238  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.17 
 
 		 447 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0722  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.17 
 
 		 395 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2525  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.52 
 
 		 400 aa  490  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.11 
 
 		 367 aa  487  1e-136  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.09 
 
 		 371 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.09 
 
 		 371 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.647195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>