More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2437 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2067  glutamyl-tRNA reductase  79.67 
 
 
420 aa  654  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.85694e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1546  glutamyl-tRNA reductase  94.26 
 
 
418 aa  787  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0564626  normal  0.139086 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1362  glutamyl-tRNA reductase  94.5 
 
 
418 aa  788  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  9.71063e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1914  glutamyl-tRNA reductase  94.5 
 
 
418 aa  788  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  4.22832e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1972  glutamyl-tRNA reductase  94.5 
 
 
418 aa  788  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000439602  normal  0.904808 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1908  glutamyl-tRNA reductase  94.5 
 
 
418 aa  788  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00010664  normal  0.872325 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1374  glutamyl-tRNA reductase  99.52 
 
 
418 aa  845  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  8.47987e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1932  glutamyl-tRNA reductase  98.8 
 
 
418 aa  838  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  4.31786e-09  normal  0.0964629 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2416  glutamyl-tRNA reductase  99.76 
 
 
418 aa  848  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000119078  hitchhiker  3.45051e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2180  glutamyl-tRNA reductase  79.43 
 
 
438 aa  640  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00403267  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2461  glutamyl-tRNA reductase  79.67 
 
 
420 aa  654  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  9.33086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1989  glutamyl-tRNA reductase  79.67 
 
 
420 aa  668  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00499789  decreased coverage  0.00167683 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1358  glutamyl-tRNA reductase  99.52 
 
 
418 aa  845  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.45666e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1315  glutamyl-tRNA reductase  99.76 
 
 
418 aa  848  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.01079e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2338  glutamyl-tRNA reductase  93.54 
 
 
434 aa  782  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1691  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 
418 aa  848  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.77643e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2115  glutamyl-tRNA reductase  81.1 
 
 
418 aa  680  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.435842  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2408  glutamyl-tRNA reductase  80.62 
 
 
418 aa  674  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2437  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 
418 aa  848  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.04893e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01185  glutamyl-tRNA reductase  99.76 
 
 
418 aa  848  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112965  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2071  glutamyl-tRNA reductase  78.9 
 
 
418 aa  664  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0132375  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01195  hypothetical protein  99.76 
 
 
418 aa  848  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0924296  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1855  glutamyl-tRNA reductase  79.62 
 
 
418 aa  652  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.163682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  61.24 
 
 
418 aa  525  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.79715e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  60.29 
 
 
419 aa  524  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.05006e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  60.05 
 
 
418 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  58.37 
 
 
418 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2567  glutamyl-tRNA reductase  57.66 
 
 
416 aa  470  1e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  1.52956e-06  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  55.4 
 
 
419 aa  465  1e-130  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0800  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
416 aa  463  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.39394e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3834  glutamyl-tRNA reductase  56.7 
 
 
416 aa  459  1e-128  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3738  glutamyl-tRNA reductase  57.04 
 
 
416 aa  461  1e-128  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.45074e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3615  glutamyl-tRNA reductase  57.04 
 
 
416 aa  461  1e-128  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.29913e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3170  glutamyl-tRNA reductase  57.52 
 
 
416 aa  459  1e-128  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  4.28438e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0796  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
416 aa  459  1e-128  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.67609e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3547  glutamyl-tRNA reductase  57.04 
 
 
416 aa  461  1e-128  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  8.84413e-09  decreased coverage  1.46435e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0722  glutamyl-tRNA reductase  56.46 
 
 
416 aa  458  1e-128  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.131936  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2913  glutamyl-tRNA reductase  56.22 
 
 
416 aa  460  1e-128  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.8664e-06  normal  0.480262 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0768  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
416 aa  458  1e-128  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  9.52775e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0695  glutamyl-tRNA reductase  57.04 
 
 
416 aa  461  1e-128  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.50429e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3554  glutamyl-tRNA reductase  52.98 
 
 
422 aa  457  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0359238  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0919  glutamyl-tRNA reductase  56.46 
 
 
416 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  5.05435e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  52.87 
 
 
423 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3127  glutamyl-tRNA reductase  55.37 
 
 
416 aa  455  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.25636e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3460  glutamyl-tRNA reductase  55.02 
 
 
426 aa  452  1e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000782916  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3686  glutamyl-tRNA reductase  55.26 
 
 
416 aa  453  1e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  normal  0.509552 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3600  glutamyl-tRNA reductase  52.76 
 
 
422 aa  432  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.779704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  52.97 
 
 
425 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  50.96 
 
 
422 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0341  glutamyl-tRNA reductase  53.81 
 
 
432 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4749  glutamyl-tRNA reductase  51.55 
 
 
428 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168503  normal  0.0710553 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0279  glutamyl-tRNA reductase  51.2 
 
 
446 aa  418  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0732  glutamyl-tRNA reductase  52.72 
 
 
425 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0760  glutamyl-tRNA reductase  52.48 
 
 
425 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0583229  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  50.48 
 
 
422 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0773  glutamyl-tRNA reductase  52.23 
 
 
425 aa  416  1e-115  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 
429 aa  417  1e-115  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0523  Glutamyl-tRNA reductase  54.55 
 
 
439 aa  415  1e-115  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  52.11 
 
 
425 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1528  glutamyl-tRNA reductase  53 
 
 
424 aa  414  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0948  glutamyl-tRNA reductase  51.86 
 
 
425 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  49.15 
 
 
420 aa  411  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  50.12 
 
 
426 aa  411  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1043  glutamyl-tRNA reductase  49.16 
 
 
421 aa  407  1e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0810  glutamyl-tRNA reductase  48.58 
 
 
459 aa  405  1e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0390  glutamyl-tRNA reductase  49.63 
 
 
434 aa  404  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0690188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  49.75 
 
 
420 aa  401  1e-110  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3252  glutamyl-tRNA reductase  49.16 
 
 
425 aa  397  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  7.25008e-05  normal  0.10707 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41480  glutamyl-tRNA reductase  51.36 
 
 
408 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340284  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0993  glutamyl-tRNA reductase  45.93 
 
 
449 aa  387  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3689  glutamyl-tRNA reductase  45.84 
 
 
416 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0118  glutamyl-tRNA reductase  45.27 
 
 
413 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.26977e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2065  glutamyl-tRNA reductase  45.27 
 
 
431 aa  366  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0513326  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1423  glutamyl-tRNA reductase  43.65 
 
 
418 aa  361  1e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40052  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2720  glutamyl-tRNA reductase  45.32 
 
 
429 aa  361  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2929  glutamyl-tRNA reductase  44.74 
 
 
432 aa  359  5e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0415  glutamyl-tRNA reductase  46.29 
 
 
432 aa  359  5e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.818412  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3589  glutamyl-tRNA reductase  45.93 
 
 
434 aa  358  7e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.472177  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0441  glutamyl-tRNA reductase  46.29 
 
 
432 aa  358  7e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3613  glutamyl-tRNA reductase  45.68 
 
 
434 aa  358  1e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268717  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1942  glutamyl-tRNA reductase  45.68 
 
 
434 aa  358  1e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0971  glutamyl-tRNA reductase  45.68 
 
 
434 aa  358  1e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0563906  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3600  glutamyl-tRNA reductase  45.68 
 
 
432 aa  358  1e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0675  glutamyl-tRNA reductase  45.68 
 
 
434 aa  358  1e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0505  glutamyl-tRNA reductase  45.68 
 
 
432 aa  358  1e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04547  glutamyl-tRNA reductase  47.04 
 
 
432 aa  357  3e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3521  glutamyl-tRNA reductase  44.6 
 
 
428 aa  356  5e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.216045  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2887  glutamyl-tRNA reductase  45.79 
 
 
432 aa  354  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.171093 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0437  glutamyl-tRNA reductase  44.6 
 
 
428 aa  354  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760471  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2593  glutamyl-tRNA reductase  45.3 
 
 
432 aa  353  3e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0511  glutamyl-tRNA reductase  45.05 
 
 
432 aa  352  7e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212735  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0483  glutamyl-tRNA reductase  45.05 
 
 
432 aa  352  7e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.675645 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2122  glutamyl-tRNA reductase  46.8 
 
 
432 aa  352  8e-96  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0115057  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3598  glutamyl-tRNA reductase  45.05 
 
 
432 aa  352  9e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2642  glutamyl-tRNA reductase  43.28 
 
 
420 aa  350  2e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2211  glutamyl-tRNA reductase  46.55 
 
 
432 aa  348  7e-95  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.271306  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3043  glutamyl-tRNA reductase  44.74 
 
 
434 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2473  glutamyl-tRNA reductase  46.08 
 
 
414 aa  347  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2492  glutamyl-tRNA reductase  43.3 
 
 
416 aa  346  5e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.59007  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3200  glutamyl-tRNA reductase  44.74 
 
 
450 aa  346  5e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>