More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2415 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012892  B21_01220  hypothetical protein  100 
 
 
314 aa  643  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.237609  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01210  hypothetical protein  100 
 
 
314 aa  643  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.287845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2415  Patatin  100 
 
 
314 aa  643  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000138692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1719  hypothetical protein  99.68 
 
 
314 aa  642  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00963629  normal  0.824632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1907  hypothetical protein  99.68 
 
 
314 aa  642  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.163252  normal  0.264575 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2393  hypothetical protein  100 
 
 
314 aa  643  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  1.91972e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1383  hypothetical protein  99.67 
 
 
301 aa  614  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.117761  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1342  hypothetical protein  100 
 
 
301 aa  617  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00416031  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1399  hypothetical protein  99.67 
 
 
301 aa  615  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1881  hypothetical protein  83.72 
 
 
301 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.256375  normal  0.486913 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1944  hypothetical protein  83.72 
 
 
301 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1887  hypothetical protein  83.72 
 
 
301 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261271  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1391  hypothetical protein  83.72 
 
 
301 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.4061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1574  hypothetical protein  83.72 
 
 
301 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2309  hypothetical protein  81.73 
 
 
300 aa  497  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2711  hypothetical protein  71.85 
 
 
301 aa  454  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.415635  hitchhiker  0.000234517 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  68.11 
 
 
300 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  63.49 
 
 
304 aa  404  1e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2279  hypothetical protein  63.55 
 
 
303 aa  400  1e-110  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1978  hypothetical protein  62.67 
 
 
301 aa  397  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1418  patatin  49.17 
 
 
333 aa  281  7e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.84629  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2444  patatin  47.84 
 
 
312 aa  279  3e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1274  hypothetical protein  48.49 
 
 
311 aa  273  2e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136358 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1683  patatin  48.65 
 
 
315 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.234772  normal  0.666571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1646  patatin  48.65 
 
 
315 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1661  patatin  48.65 
 
 
315 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2697  Patatin  48.65 
 
 
315 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00646422  hitchhiker  6.97088e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2623  patatin  49.03 
 
 
328 aa  264  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0385483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3052  patatin  49.66 
 
 
311 aa  259  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.443611  normal  0.0107165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2513  patatin  49.3 
 
 
315 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191978 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2443  patatin  49.47 
 
 
315 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  3.56769e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2605  patatin  48.07 
 
 
315 aa  256  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1538  patatin  49.65 
 
 
320 aa  256  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.546797  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2451  patatin  47.25 
 
 
343 aa  254  1e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  2.95185e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2836  hypothetical protein  48.23 
 
 
315 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  39.4 
 
 
341 aa  246  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  43.54 
 
 
300 aa  246  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1014  hypothetical protein  41.95 
 
 
292 aa  241  8e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0981  hypothetical protein  42.09 
 
 
292 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1595  patatin  46.45 
 
 
310 aa  239  3e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.613745  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  44.55 
 
 
323 aa  236  4e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  40.18 
 
 
327 aa  236  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  43.1 
 
 
310 aa  233  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  40.51 
 
 
322 aa  226  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1673  Patatin  40.58 
 
 
316 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.797589  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2082  patatin  40.58 
 
 
316 aa  223  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5212  hypothetical protein  41.78 
 
 
343 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3119  Patatin  42.62 
 
 
324 aa  221  1e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3078  Patatin  40.4 
 
 
305 aa  221  1e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0963  hypothetical protein  41.64 
 
 
335 aa  219  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12534  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1650  patatin  39.33 
 
 
347 aa  218  8e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0830  Patatin  40.47 
 
 
299 aa  217  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00263851  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0681  patatin-like phospholipase family protein  40.47 
 
 
299 aa  217  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  39.2 
 
 
354 aa  216  6e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  36.52 
 
 
368 aa  215  6e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3270  patatin  38.8 
 
 
390 aa  213  3e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1324  patatin  39.02 
 
 
348 aa  211  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2155  patatin  37.79 
 
 
345 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0598189 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  37.61 
 
 
335 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0353  Patatin  37.87 
 
 
321 aa  204  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.016762 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3892  Patatin  36.54 
 
 
343 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1469  patatin  38.71 
 
 
323 aa  203  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.434308  normal  0.0917321 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  37.37 
 
 
315 aa  202  8e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  37.37 
 
 
314 aa  201  2e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  37.37 
 
 
315 aa  201  2e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2928  putative patatin-like phospholipase  41.4 
 
 
317 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793052  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  40 
 
 
323 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2051  Patatin  37.29 
 
 
320 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3230  patatin  36.79 
 
 
352 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.000670188  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2263  patatin  37.22 
 
 
352 aa  196  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.622551  normal  0.202768 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1851  Patatin  37.29 
 
 
320 aa  196  5e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202121  normal  0.0299677 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2220  Patatin  36.28 
 
 
351 aa  196  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0960823 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1553  Patatin  40.45 
 
 
317 aa  195  8e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3127  patatin  38.24 
 
 
344 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  38.64 
 
 
323 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1793  patatin  39.76 
 
 
343 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.810977 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2538  Patatin  36.59 
 
 
352 aa  192  8e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.54485 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  36.91 
 
 
315 aa  190  3e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4637  patatin  38.64 
 
 
327 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0400128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  36.3 
 
 
326 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1647  patatin  39.71 
 
 
373 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2188  putative phospholipase  32.53 
 
 
293 aa  186  5e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43300  hypothetical protein  36.31 
 
 
345 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.882188  normal  0.835077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3633  hypothetical protein  36.89 
 
 
345 aa  184  2e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1047  patatin  38.23 
 
 
321 aa  183  4e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2469  patatin  34.73 
 
 
347 aa  182  8e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.504238  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1593  Patatin  36.18 
 
 
340 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1481  Patatin  34.33 
 
 
339 aa  179  5e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.018305  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0190  Patatin  34.92 
 
 
314 aa  179  6e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2456  patatin  34.56 
 
 
336 aa  179  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0488  patatin  33.66 
 
 
313 aa  178  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268881  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2826  patatin-like phospholipase family protein  33.1 
 
 
295 aa  175  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1570  patatin  32.05 
 
 
360 aa  174  1e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4027  patatin  32.54 
 
 
345 aa  174  2e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.353324  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1747  patatin  32.05 
 
 
346 aa  173  3e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  4.00605e-05 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2204  hypothetical protein  38.51 
 
 
316 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.772676  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1907  patatin  32.05 
 
 
346 aa  172  6e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331125  hitchhiker  7.58802e-06 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2305  patatin  32.05 
 
 
348 aa  172  7e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00029553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2126  patatin  34.45 
 
 
304 aa  172  7e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.375829  hitchhiker  0.00774444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3464  patatin  32.05 
 
 
346 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>