More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2298 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  99.76 
 
 
411 aa  858  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  99.76 
 
 
411 aa  858  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  100 
 
 
411 aa  860  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  2.53071e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  69.69 
 
 
255 aa  393  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  43.55 
 
 
446 aa  344  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  1.84312e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  43.07 
 
 
428 aa  343  3e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  5.30695e-05 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  43.31 
 
 
446 aa  342  6e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  43.17 
 
 
430 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  1.95373e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  43.24 
 
 
426 aa  337  2e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  42.75 
 
 
431 aa  334  2e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  41.06 
 
 
412 aa  317  3e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  39.18 
 
 
428 aa  308  8e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  42.29 
 
 
398 aa  306  6e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  41.46 
 
 
411 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  32.67 
 
 
417 aa  201  2e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  34.24 
 
 
402 aa  189  9e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  33.99 
 
 
401 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1356  phage integrase  31.83 
 
 
388 aa  179  7e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000418117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  30.77 
 
 
431 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1951  phage integrase family protein  30.02 
 
 
430 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  6.46207e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2000  integrase family protein  30.02 
 
 
430 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  70.11 
 
 
140 aa  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06819  integrase  31.79 
 
 
341 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  24.82 
 
 
401 aa  131  2e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.25813e-07  decreased coverage  8.56927e-08 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  28.01 
 
 
411 aa  129  1e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.25151e-05  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  24.82 
 
 
397 aa  127  5e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  27.23 
 
 
407 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  3.56379e-08 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  25.77 
 
 
392 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  29.25 
 
 
375 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  24.81 
 
 
392 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  26.44 
 
 
356 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  27.7 
 
 
396 aa  120  4e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  26.29 
 
 
407 aa  119  1e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  26.56 
 
 
403 aa  119  1e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  2.14757e-05 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  24.51 
 
 
414 aa  118  2e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  3.81875e-05 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  25.38 
 
 
391 aa  117  4e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1239  integrase family protein  28.69 
 
 
390 aa  116  8e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.120865  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  25.3 
 
 
435 aa  115  2e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  3.73788e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  25.68 
 
 
386 aa  114  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  27.64 
 
 
412 aa  112  1e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  4.65357e-06  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  25.95 
 
 
403 aa  111  2e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  24.13 
 
 
471 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  7.94278e-07  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2465  putative pore-forming cytotoxin integrase  29.34 
 
 
381 aa  107  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.135007 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  25.38 
 
 
433 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  26.61 
 
 
414 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.30336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1682  Rac prophage; integrase  95.65 
 
 
46 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.125194  normal  0.0274257 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  28.28 
 
 
338 aa  100  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1776  Rac prophage; integrase  93.48 
 
 
46 aa  99.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.97302  normal  0.0851473 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  26.88 
 
 
393 aa  95.5  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  28.62 
 
 
377 aa  93.6  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  28.34 
 
 
292 aa  90.9  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  4.02051e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  22.61 
 
 
363 aa  90.5  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  26.04 
 
 
392 aa  90.1  7e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
 
NC_007650  BTH_II1996  bacteriophage integrase family protein  34.46 
 
 
190 aa  89.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0601499  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  25.32 
 
 
359 aa  87.8  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1927  phage integrase family protein  26.28 
 
 
424 aa  87.4  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5560  integrase family protein  30.77 
 
 
273 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  26.14 
 
 
293 aa  87.4  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  23.78 
 
 
380 aa  87  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1299  ATP synthase C chain (Lipid-binding protein)(dicyclohexylcarbodiimide-binding protein)  28.64 
 
 
276 aa  86.3  1e-15  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0479  phage integrase  27.86 
 
 
357 aa  84.3  4e-15  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00687154  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  30.88 
 
 
378 aa  84.3  4e-15  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3077  integrase family protein  27.73 
 
 
242 aa  83.6  6e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.486947  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  24.47 
 
 
384 aa  81.6  2e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0966  integrase family protein  29.44 
 
 
346 aa  79.3  1e-13  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  27.55 
 
 
377 aa  78.2  2e-13  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  25.7 
 
 
305 aa  77  5e-13  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.08 
 
 
390 aa  75.9  1e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  26.1 
 
 
383 aa  75.9  1e-12  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  24.6 
 
 
325 aa  75.5  1e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  24.1 
 
 
378 aa  75.5  2e-12  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3323  integrase family protein  27.97 
 
 
373 aa  73.9  4e-12  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  25 
 
 
391 aa  73.9  5e-12  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  24.54 
 
 
365 aa  73.2  9e-12  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  20.62 
 
 
384 aa  73.2  9e-12  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  26.52 
 
 
385 aa  71.2  3e-11  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  1.19227e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  22.98 
 
 
383 aa  71.6  3e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.32895e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  27.17 
 
 
371 aa  70.9  4e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  22.94 
 
 
381 aa  70.9  4e-11  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.65595e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3069  integrase family protein  27.47 
 
 
436 aa  70.9  4e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  26.45 
 
 
400 aa  70.5  5e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  22.56 
 
 
373 aa  70.5  5e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  26.27 
 
 
357 aa  70.5  5e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0135  bacteriophage-related integrase  23.2 
 
 
385 aa  70.1  7e-11  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.566608  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2018  integrase family protein  23.92 
 
 
452 aa  70.1  8e-11  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  25.54 
 
 
370 aa  69.3  1e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  24.58 
 
 
369 aa  68.6  2e-10  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  25.51 
 
 
381 aa  68.9  2e-10  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2011  integrase family protein  23.53 
 
 
442 aa  68.6  2e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.460145 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  22.39 
 
 
376 aa  68.9  2e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  22.39 
 
 
376 aa  68.9  2e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  26.53 
 
 
381 aa  68.2  2e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3068  phage integrase family protein  23.31 
 
 
407 aa  67.8  3e-10  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0706  site-specific recombinase, phage integrase family protein  21.67 
 
 
297 aa  67.8  3e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0638  lipoprotein  21.67 
 
 
297 aa  67.8  3e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.713246  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  25.38 
 
 
387 aa  67.4  4e-10  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  24.23 
 
 
404 aa  67.4  5e-10  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.72 
 
 
275 aa  67  6e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  38.81 
 
 
257 aa  67  6e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.94154e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  22.71 
 
 
376 aa  66.6  7e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.92232e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>