19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2084 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_2084  antitermination protein  100 
 
 
250 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.8866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2077  antitermination protein  99.6 
 
 
250 aa  522  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.38064  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1766  antitermination protein  98.8 
 
 
250 aa  518  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  4.46188e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4452  antitermination protein  92.8 
 
 
250 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  6.74008e-07  unclonable  1.21493e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2278  antitermination protein  88.8 
 
 
250 aa  469  1e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0140366  hitchhiker  2.03809e-18 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1846  antitermination protein Q  40 
 
 
273 aa  181  8e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  7.32258e-06  hitchhiker  1.66006e-09 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3153  antitermination protein Q  40 
 
 
273 aa  181  8e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  8.26081e-06  hitchhiker  3.02422e-11 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1442  antitermination protein Q  39.93 
 
 
273 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1261  antitermination protein Q  40 
 
 
273 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00132968  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0683  gp23  38.22 
 
 
267 aa  165  7e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  1.1637e-05  decreased coverage  5.57011e-08 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1132  antitermination protein Q  34.32 
 
 
265 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36856  normal  0.93895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1062  antitermination protein Q  34.32 
 
 
265 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.125216  hitchhiker  3.57923e-06 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1094  antitermination protein Q  33.95 
 
 
265 aa  134  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176875 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3883  antitermination protein Q  33.73 
 
 
207 aa  126  4e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0302  antitermination protein Q  33.98 
 
 
207 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10027  late gene regulator  32.94 
 
 
207 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00412931  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00725  hypothetical protein  32.94 
 
 
207 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00315899  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3126  antitermination protein  38.67 
 
 
151 aa  52  8e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1776  chaperone protein DnaJ  30 
 
 
383 aa  42  0.009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>