125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2073 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 135 aa  275  1e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  100 
 
 		 135 aa  275  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  56.82 
 
 		 135 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  56.82 
 
 		 135 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  51.61 
 
 		 131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  58.73 
 
 		 216 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  52.7 
 
 		 263 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  47.89 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  47.89 
 
 		 233 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  47.89 
 
 		 233 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  54.69 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  54.69 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  45.07 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  46.97 
 
 		 229 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  46.97 
 
 		 229 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  44.93 
 
 		 240 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  43.24 
 
 		 240 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  50.79 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  41.1 
 
 		 243 aa  60.5  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  30.28 
 
 		 152 aa  60.1  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  36.59 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1829  HTH-type transcriptional regulator DicA  60.98 
 
 		 44 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000216538  hitchhiker  0.000000000000147323 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3170  HTH-type transcriptional regulator DicA  60.98 
 
 		 44 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000404203  hitchhiker  7.709190000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1163  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  33.73 
 
 		 235 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  35.37 
 
 		 209 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 115 aa  51.6  0.000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 115 aa  51.6  0.000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  34.92 
 
 		 214 aa  50.8  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 145 aa  50.1  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  37.66 
 
 		 273 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 189 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  34.25 
 
 		 205 aa  49.3  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  28.45 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  28.45 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0746  transcriptional regulator, XRE family  46.51 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.376996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  32.71 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 204 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4028  prophage LambdaBa02, repressor protein  28.45 
 
 		 122 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210086  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 196 aa  47.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 171 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  36.51 
 
 		 71 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  0.00000289495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  34.92 
 
 		 130 aa  47.8  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 380 aa  47  0.00009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 107 aa  46.2  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  30.56 
 
 		 248 aa  46.6  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4546  transcriptional regulator, XRE family  28.85 
 
 		 140 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000650042  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  37.88 
 
 		 218 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  36.92 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 128 aa  45.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  37.5 
 
 		 216 aa  46.2  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  29.29 
 
 		 117 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 137 aa  45.4  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  43.64 
 
 		 244 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  38.33 
 
 		 202 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2730  putative DNA-binding protein  29.29 
 
 		 117 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000010572  hitchhiker  0.0000267972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 		 459 aa  43.9  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 247 aa  43.9  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 145 aa  43.9  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 126 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 296 aa  43.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  26.53 
 
 		 174 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1861  DNA-binding protein  37.31 
 
 		 403 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1807  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 403 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  34.43 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  35.21 
 
 		 241 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  32.35 
 
 		 256 aa  42.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 118 aa  41.6  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 229 aa  42  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 152 aa  41.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 513 aa  41.6  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 130 aa  41.6  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 129 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  27.54 
 
 		 206 aa  41.6  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02998  transcriptional regulator PbsX family  33.8 
 
 		 125 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>