More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2064 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_2064  integrase family protein  100 
 
 
398 aa  838  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00115414  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2052  integrase family protein  97.48 
 
 
431 aa  807  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00969136  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1786  phage integrase family site specific recombinase  97.23 
 
 
426 aa  805  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3251  Int protein  58.99 
 
 
428 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383765  hitchhiker  5.30695e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  54.71 
 
 
446 aa  466  1e-130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  1.84312e-05 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  54.71 
 
 
446 aa  466  1e-130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  54.45 
 
 
430 aa  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  1.95373e-05 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  51.4 
 
 
412 aa  411  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  46.48 
 
 
428 aa  378  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01322  integrase  42.55 
 
 
411 aa  307  3e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01332  hypothetical protein  42.55 
 
 
411 aa  307  3e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2298  integrase family protein  42.29 
 
 
411 aa  306  5e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  2.53071e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01948  integrase  37.8 
 
 
411 aa  258  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2315  integrase family protein  48.65 
 
 
255 aa  248  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1181  integrase family protein  31.79 
 
 
417 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.588038 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0179  hypothetical protein  28.77 
 
 
401 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0194  hypothetical protein  28.77 
 
 
402 aa  152  8e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1958  integrase family protein  28.89 
 
 
431 aa  141  2e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00797743  normal  0.0944215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2290  putative transposase  93.94 
 
 
68 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.417357  hitchhiker  2.65233e-11 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06819  integrase  34 
 
 
341 aa  131  2e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1356  phage integrase  29.05 
 
 
388 aa  128  2e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000418117  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1951  phage integrase family protein  28.07 
 
 
430 aa  128  2e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  6.46207e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2000  integrase family protein  28.07 
 
 
430 aa  128  2e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  0.758982 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  28.18 
 
 
401 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.25813e-07  decreased coverage  8.56927e-08 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1611  integrase family protein  25.99 
 
 
375 aa  127  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115349  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2314  phage integrase family protein  26.69 
 
 
392 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0243817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2356  phage integrase family protein  26.4 
 
 
392 aa  122  1e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000232607  hitchhiker  0.000274891 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  27.45 
 
 
435 aa  120  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  3.73788e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  26.44 
 
 
397 aa  119  7e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2121  Phage integrase  27.59 
 
 
433 aa  118  1e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  27.06 
 
 
412 aa  118  2e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  4.65357e-06  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2897  phage integrase family protein  25.67 
 
 
386 aa  118  2e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0623  Bbp50  26.64 
 
 
356 aa  114  4e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951969  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1324  Phage integrase  26.3 
 
 
411 aa  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.25151e-05  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1995  integrase family protein  27.55 
 
 
359 aa  110  3e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2851  integrase family protein  25.77 
 
 
391 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  25.35 
 
 
414 aa  107  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  3.81875e-05 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  26.55 
 
 
403 aa  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  2.14757e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2465  putative pore-forming cytotoxin integrase  24.92 
 
 
381 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.135007 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2134  integrase family protein  27.8 
 
 
407 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2022  phage integrase family protein  26.52 
 
 
407 aa  103  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0581728  decreased coverage  3.56379e-08 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  25.26 
 
 
471 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  7.94278e-07  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  25.29 
 
 
403 aa  100  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  26.56 
 
 
363 aa  97.1  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5560  integrase family protein  28.04 
 
 
273 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2141  hypothetical protein  52.78 
 
 
140 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256341  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03202  phage integrase  30.68 
 
 
292 aa  94.4  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  4.02051e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  27.78 
 
 
414 aa  94.7  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.30336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1996  bacteriophage integrase family protein  34.29 
 
 
190 aa  94.4  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0601499  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0479  phage integrase  28.24 
 
 
357 aa  94  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00687154  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1301  integrase family protein  28.92 
 
 
396 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  30.62 
 
 
378 aa  92.4  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  29.03 
 
 
377 aa  91.3  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  28.57 
 
 
251 aa  86.7  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  21.97 
 
 
393 aa  86.3  8e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1112  integrase family protein  23.26 
 
 
338 aa  84  4e-15  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  31.1 
 
 
379 aa  84.3  4e-15  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  26.01 
 
 
400 aa  82.8  1e-14  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1927  phage integrase family protein  24.27 
 
 
424 aa  81.6  2e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  24.92 
 
 
387 aa  80.5  4e-14  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0746  phage integrase family protein  24.46 
 
 
384 aa  79.3  1e-13  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  22.75 
 
 
390 aa  78.6  2e-13  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  21.66 
 
 
435 aa  78.2  2e-13  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  24.44 
 
 
373 aa  77.8  3e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2018  integrase family protein  26.05 
 
 
452 aa  77  5e-13  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1239  integrase family protein  22.38 
 
 
390 aa  76.6  6e-13  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.120865  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0135  bacteriophage-related integrase  22.73 
 
 
385 aa  75.9  1e-12  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.566608  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  25.82 
 
 
377 aa  76.3  1e-12  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  25.19 
 
 
378 aa  75.5  1e-12  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.34 
 
 
353 aa  75.5  1e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  25.94 
 
 
402 aa  74.3  3e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.73566e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  24.69 
 
 
293 aa  74.3  4e-12  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  24 
 
 
391 aa  73.9  4e-12  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  25.41 
 
 
392 aa  73.2  8e-12  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
 
NC_009714  CHAB381_1561  site-specific recombinase phage integrase family protein  23.41 
 
 
418 aa  73.2  9e-12  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.885578  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  22.09 
 
 
413 aa  72.8  1e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  24.35 
 
 
369 aa  72  2e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1299  ATP synthase C chain (Lipid-binding protein)(dicyclohexylcarbodiimide-binding protein)  24.88 
 
 
276 aa  71.2  3e-11  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  26.59 
 
 
393 aa  70.5  5e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1776  Rac prophage; integrase  63.04 
 
 
46 aa  70.5  5e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.97302  normal  0.0851473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1682  Rac prophage; integrase  63.04 
 
 
46 aa  70.5  6e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.125194  normal  0.0274257 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  23.38 
 
 
369 aa  70.1  6e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  1.20563e-05 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  23.78 
 
 
404 aa  70.1  6e-11  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3069  integrase family protein  41.18 
 
 
436 aa  69.7  8e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  26.59 
 
 
442 aa  69.7  9e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  20.49 
 
 
392 aa  69.3  1e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3063  integrase family protein  37.5 
 
 
257 aa  68.9  1e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.94154e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  27.03 
 
 
396 aa  69.3  1e-10  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  23.08 
 
 
369 aa  68.6  2e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  24.9 
 
 
325 aa  68.6  2e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  25.35 
 
 
431 aa  68.2  2e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0706  site-specific recombinase, phage integrase family protein  22.54 
 
 
297 aa  67.8  3e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  23.67 
 
 
371 aa  68.2  3e-10  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0638  lipoprotein  22.54 
 
 
297 aa  67.8  3e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.713246  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  23.78 
 
 
365 aa  67  5e-10  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  21.13 
 
 
369 aa  66.6  7e-10  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  25.19 
 
 
275 aa  66.2  1e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2082  site-specific recombinase, phage integrase family protein  22.13 
 
 
260 aa  65.9  1e-09  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  19.93 
 
 
295 aa  65.5  1e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2077  putative phage integrase  21.52 
 
 
302 aa  65.5  2e-09  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>