30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2036 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01576  conserved inner membrane protein associated with alginate biosynthesis  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.612551  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1814  hypothetical protein  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0297907  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1682  hypothetical protein  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.415334  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1792  hypothetical protein  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0167056  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2023  GlpM family protein  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2316  hypothetical protein  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01566  hypothetical protein  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2036  GlpM family protein  100 
 
 
111 aa  216  8e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000115017  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1593  hypothetical protein  99.1 
 
 
111 aa  214  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0586032  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1576  GlpM family protein  81.08 
 
 
111 aa  186  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.156929 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1698  GlpM protein  81.08 
 
 
111 aa  186  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0695256  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1644  GlpM family protein  81.08 
 
 
111 aa  186  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.345737  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1585  GlpM family protein  81.08 
 
 
111 aa  186  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16158  normal  0.77266 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1845  GlpM family protein  78.38 
 
 
111 aa  177  6e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2468  GlpM family protein  68.47 
 
 
113 aa  157  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.691843  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4143  GlpM family protein  67.29 
 
 
113 aa  150  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4424  GlpM family protein  65.42 
 
 
113 aa  147  7e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2358  GlpM family protein  58.56 
 
 
113 aa  135  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2050  GlpM protein  58.56 
 
 
114 aa  136  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00204107  hitchhiker  0.00420022 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2255  GlpM protein  58.56 
 
 
113 aa  135  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000704437  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1065  GlpM family protein  59.46 
 
 
111 aa  133  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4541  GlpM  57.66 
 
 
112 aa  132  1e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.300436  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1106  GlpM family protein  59.46 
 
 
111 aa  132  1e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.659945  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4347  GlpM family protein  59.46 
 
 
111 aa  131  2e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2378  GlpM family protein  62.62 
 
 
114 aa  129  1e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.478096  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0576  glpM protein  48.18 
 
 
116 aa  110  7e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1558  membrane protein GlpM  54.05 
 
 
112 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17920  membrane protein GlpM  54.72 
 
 
109 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06572  hypothetical protein  57.69 
 
 
89 aa  98.6  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0965  hypothetical protein  40.78 
 
 
124 aa  83.2  1e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.112689  unclonable  2.87605e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>