More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2013 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01598  electron transport complex protein RnfB  100 
 
 
192 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000941545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1571  electron transport complex protein RnfB  99.48 
 
 
192 aa  391  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.144341  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2001  electron transport complex protein RnfB  100 
 
 
192 aa  392  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  4.98524e-05  normal  0.338717 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2340  electron transport complex protein RnfB  99.48 
 
 
192 aa  391  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.297329  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01588  hypothetical protein  100 
 
 
192 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00124747  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1836  electron transport complex protein RnfB  99.48 
 
 
192 aa  391  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.912519  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1704  electron transport complex protein RnfB  100 
 
 
192 aa  392  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0578538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2013  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  100 
 
 
192 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.44398e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1817  electron transport complex protein RnfB  98.44 
 
 
192 aa  388  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0338518  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1628  electron transport complex protein RnfB  89.06 
 
 
192 aa  355  2e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0262939  normal  0.320495 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1884  electron transport complex protein RnfB  89.06 
 
 
192 aa  355  2e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1568  electron transport complex protein RnfB  89.06 
 
 
192 aa  355  3e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0321479 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1716  electron transport complex protein RnfB  88.54 
 
 
192 aa  354  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.270473  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1556  electron transport complex protein RnfB  88.54 
 
 
192 aa  354  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0733084  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  81.77 
 
 
192 aa  310  6e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2007  electron transport complex protein RnfB  72.19 
 
 
207 aa  290  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1895  electron transport complex protein RnfB  72.19 
 
 
207 aa  290  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2253  electron transport complex protein RnfB  72.19 
 
 
188 aa  289  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0146582  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2324  electron transport complex protein RnfB  72.92 
 
 
192 aa  286  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2024  electron transport complex protein RnfB  72.4 
 
 
192 aa  285  4e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2240  electron transport complex protein RnfB  74.48 
 
 
190 aa  279  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  4.43884e-07 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2155  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  67.54 
 
 
196 aa  257  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1917  electron transport complex protein RnfB  66.67 
 
 
191 aa  254  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  60.21 
 
 
194 aa  236  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02730  electron transport complex protein RnfB  58.51 
 
 
193 aa  234  6e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000653403  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.79 
 
 
184 aa  233  9e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2966  electron transport complex protein RnfB  60.33 
 
 
188 aa  233  1e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0244352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2173  electron transport complex protein RnfB  58.12 
 
 
193 aa  232  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0287954  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2065  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 
193 aa  231  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  6.37231e-08  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2509  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 
193 aa  231  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2274  electron transport complex protein RnfB  58.06 
 
 
204 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.78609e-08  normal  0.512145 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2064  electron transport complex protein RnfB  58.06 
 
 
204 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.22941e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2111  electron transport complex protein RnfB  58.06 
 
 
204 aa  231  6e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0389991  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1910  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 
193 aa  231  7e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  1.53045e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2169  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 
193 aa  231  7e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000157134  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1849  electron transport complex protein RnfB  56.99 
 
 
199 aa  230  7e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.01519e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2354  electron transport complex protein RnfB  56.52 
 
 
189 aa  228  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.720002  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2260  electron transport complex protein RnfB  56.99 
 
 
199 aa  226  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.68907e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4546  electron transport complex protein RnfB  56.99 
 
 
199 aa  226  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2557  electron transport complex protein RnfB  54.84 
 
 
189 aa  223  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.229137  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002948  electron transport complex protein RnfB  65.06 
 
 
198 aa  222  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00169587  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  64.46 
 
 
195 aa  221  6e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1544  electron transport complex protein RnfB  59.89 
 
 
198 aa  221  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831464 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02965  electron transport complex protein RnfB  63.47 
 
 
197 aa  220  9e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1831  electron transport complex protein RnfB  59.02 
 
 
189 aa  217  9e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101638  normal  0.0584321 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2067  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60.12 
 
 
189 aa  213  2e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0305749  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2198  electron transport complex protein RnfB  53.76 
 
 
189 aa  213  2e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.401389  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1864  electron transport complex protein RnfB  58.06 
 
 
205 aa  213  2e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.164914  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2043  electron transport complex protein RnfB  59.52 
 
 
189 aa  212  2e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0243874  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18930  electron transport complex protein RnfB  60.34 
 
 
188 aa  213  2e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000143693  normal  0.123767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1403  electron transport complex protein RnfB  59.66 
 
 
191 aa  211  5e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.466807  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19260  electron transport complex protein RnfB  62.78 
 
 
187 aa  211  6e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.772376  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1791  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.82 
 
 
194 aa  209  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445554  hitchhiker  0.00820964 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  58.19 
 
 
188 aa  208  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1639  electron transport complex protein RnfB  57.95 
 
 
188 aa  208  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  58.48 
 
 
178 aa  207  6e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2627  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.75 
 
 
186 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  59.17 
 
 
209 aa  206  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0937  electron transport complex protein RnfB  59.12 
 
 
192 aa  204  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.556541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  56.18 
 
 
183 aa  204  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1060  electron transport complex protein RnfB  57.31 
 
 
196 aa  203  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2400  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfB  57.59 
 
 
206 aa  193  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.942423 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.1 
 
 
192 aa  191  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1162  electron transport complex protein RnfB  51.69 
 
 
180 aa  191  7e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1035  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  51.14 
 
 
190 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0689  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.39 
 
 
181 aa  182  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0763573  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0720  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  55.49 
 
 
681 aa  174  6e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340491  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.48 
 
 
186 aa  169  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2823  electron transport complex, B subunit  44.83 
 
 
182 aa  161  7e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2705  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.21 
 
 
259 aa  159  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2121  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.78 
 
 
335 aa  158  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.412453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4509  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.3 
 
 
404 aa  153  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000389854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4148  iron-sulfur cluster-binding protein  57.89 
 
 
291 aa  152  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.81 
 
 
291 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1015  ferredoxin  51.8 
 
 
279 aa  150  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0219422  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3310  ferredoxin  51.08 
 
 
279 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2794  hypothetical protein  47.13 
 
 
204 aa  148  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2928  ferredoxin  54.89 
 
 
137 aa  148  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0307  electron transport complex protein  50.36 
 
 
213 aa  148  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1884  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  50.36 
 
 
213 aa  148  5e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0850  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  52.78 
 
 
216 aa  148  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.223684  normal  0.0952897 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0994  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  52.78 
 
 
216 aa  148  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0262542  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1236  ferredoxin  52.11 
 
 
279 aa  147  1e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.41049 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1930  ferredoxin  51.41 
 
 
316 aa  147  1e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2940  hypothetical protein  47.13 
 
 
204 aa  146  1e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1714  ferredoxin  52.11 
 
 
342 aa  147  1e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2326  ferredoxin  52.11 
 
 
342 aa  147  1e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1337  ferredoxin  51.41 
 
 
316 aa  147  1e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1184  ferredoxin  51.41 
 
 
290 aa  146  2e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0842  ferredoxin  51.41 
 
 
290 aa  146  2e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.736914  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1023  ferredoxin  51.41 
 
 
290 aa  146  2e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0951  ferredoxin  48.75 
 
 
320 aa  146  2e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143394  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0306  ferredoxin  51.41 
 
 
290 aa  146  2e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2349  ferredoxin  52.11 
 
 
306 aa  146  2e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108055 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1176  ferredoxin  51.41 
 
 
290 aa  145  4e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2096  ferredoxin  54.35 
 
 
291 aa  144  7e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.12693 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0937  ferredoxin  51.72 
 
 
276 aa  144  8e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0971  ferredoxin  51.41 
 
 
282 aa  143  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.552455  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1047  ferredoxin  49.3 
 
 
248 aa  142  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5668  ferredoxin  50.7 
 
 
334 aa  142  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>