More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1879 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2145  DNA topoisomerase III  56.76 
 
 
694 aa  738  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.393649  normal  0.847419 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2400  DNA topoisomerase III  57.67 
 
 
668 aa  766  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1986  DNA topoisomerase III  99.69 
 
 
653 aa  1345  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.36291e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1658  DNA topoisomerase III  54.93 
 
 
679 aa  716  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371283  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1542  DNA topoisomerase III  57.14 
 
 
645 aa  758  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2718  DNA topoisomerase III  82.57 
 
 
641 aa  1118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.94815  hitchhiker  0.00169428 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1625  DNA topoisomerase III  55.24 
 
 
672 aa  743  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2830  DNA topoisomerase III  56.48 
 
 
705 aa  744  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1847  DNA topoisomerase III  100 
 
 
653 aa  1350  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.37821e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2343  DNA topoisomerase III  82.84 
 
 
641 aa  1116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.33374e-06  normal  0.0757376 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2088  DNA topoisomerase III  83 
 
 
642 aa  1117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00112487  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1869  DNA topoisomerase III  100 
 
 
653 aa  1350  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000214138  decreased coverage  6.17518e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1428  DNA topoisomerase III  97.24 
 
 
651 aa  1310  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0037378  normal  0.804884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2976  DNA topoisomerase III  55.25 
 
 
666 aa  731  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.930481 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2018  DNA topoisomerase III  99.85 
 
 
653 aa  1348  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000256516  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03041  DNA topoisomerase III  60.97 
 
 
654 aa  774  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2753  DNA topoisomerase III  56.63 
 
 
705 aa  745  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2461  DNA topoisomerase III  55.88 
 
 
643 aa  707  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.42133  normal  0.125855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1486  DNA topoisomerase III  55.36 
 
 
704 aa  742  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.892881 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1979  DNA topoisomerase III  83 
 
 
641 aa  1117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.98454e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1401  DNA topoisomerase III  56.51 
 
 
653 aa  725  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2736  DNA topoisomerase III  56.63 
 
 
705 aa  744  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1498  DNA topoisomerase III  56.16 
 
 
732 aa  743  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1433  DNA topoisomerase III  55.69 
 
 
706 aa  746  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2299  DNA topoisomerase III  56.6 
 
 
670 aa  724  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1310  DNA topoisomerase III  64.34 
 
 
632 aa  842  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00570993  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1684  DNA topoisomerase III  90.05 
 
 
634 aa  1189  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2435  DNA topoisomerase III  57.27 
 
 
708 aa  740  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.874224  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1630  DNA topoisomerase III  61 
 
 
647 aa  766  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.68302e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0776  DNA topoisomerase III  55.15 
 
 
645 aa  706  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000730539  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3275  DNA topoisomerase III  52.04 
 
 
670 aa  686  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.287374  normal  0.133974 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1409  DNA topoisomerase III  94.6 
 
 
649 aa  1277  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0199719  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2048  DNA topoisomerase III  94.6 
 
 
649 aa  1277  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.177023  normal  0.939846 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1972  DNA topoisomerase III  82.37 
 
 
641 aa  1115  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850932  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01720  hypothetical protein  100 
 
 
653 aa  1350  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00317357  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01732  DNA topoisomerase III  100 
 
 
653 aa  1350  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00246982  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2208  DNA topoisomerase III  81.31 
 
 
641 aa  1097  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.948709  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1877  DNA topoisomerase III  94.29 
 
 
649 aa  1271  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.40839e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2268  DNA topoisomerase III  82.37 
 
 
641 aa  1115  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2483  DNA topoisomerase III  99.39 
 
 
653 aa  1343  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.98229e-06  normal  0.566589 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1966  DNA topoisomerase III  80.03 
 
 
640 aa  1071  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1623  DNA topoisomerase III  56.01 
 
 
705 aa  746  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.730482 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4792  DNA topoisomerase III  51.61 
 
 
649 aa  687  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3061  DNA topoisomerase III  55.29 
 
 
702 aa  745  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1392  DNA topoisomerase III  94.75 
 
 
649 aa  1279  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.213648  normal  0.301409 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002917  DNA topoisomerase III  58.75 
 
 
655 aa  771  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1879  DNA topoisomerase III  100 
 
 
653 aa  1350  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  4.11002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1425  DNA topoisomerase III  94.75 
 
 
649 aa  1279  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.864642  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2155  DNA topoisomerase III  55.66 
 
 
647 aa  719  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  49.77 
 
 
722 aa  565  1e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2146  DNA topoisomerase III  46.11 
 
 
654 aa  551  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.232139  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0283  DNA topoisomerase III  42.01 
 
 
684 aa  478  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.860324  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1738  DNA topoisomerase III  41.7 
 
 
699 aa  473  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0023  DNA topoisomerase III  42.21 
 
 
679 aa  468  1e-130  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  40.4 
 
 
744 aa  459  1e-128  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4319  DNA topoisomerase III  42.21 
 
 
687 aa  457  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.535821  normal  0.574882 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1425  DNA topoisomerase III  40.85 
 
 
683 aa  458  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.771336  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  41.14 
 
 
680 aa  457  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4019  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 
653 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3624  DNA topoisomerase III  40.85 
 
 
652 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203006  normal  0.930533 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1737  DNA topoisomerase III  42.43 
 
 
676 aa  455  1e-126  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1814  DNA topoisomerase III  41.92 
 
 
653 aa  453  1e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230615  normal  0.182925 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6614  DNA topoisomerase III  41.78 
 
 
687 aa  455  1e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668751  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6523  DNA topoisomerase III  41.78 
 
 
687 aa  455  1e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.728561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  41.94 
 
 
655 aa  453  1e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3423  DNA topoisomerase III  40.06 
 
 
654 aa  446  1e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  39.17 
 
 
671 aa  447  1e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  39.82 
 
 
670 aa  446  1e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  39.17 
 
 
670 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2478  DNA topoisomerase III  41.79 
 
 
662 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27190  DNA topoisomerase III  39.66 
 
 
650 aa  439  1e-122  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4716  DNA topoisomerase III  40.92 
 
 
689 aa  439  1e-122  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2246  DNA topoisomerase III  40.89 
 
 
685 aa  439  1e-122  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.205011  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1473  DNA topoisomerase III  40.52 
 
 
673 aa  442  1e-122  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.199053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  41.17 
 
 
671 aa  440  1e-122  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  41.17 
 
 
671 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  40.49 
 
 
670 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  39.48 
 
 
670 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  39.63 
 
 
670 aa  435  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2244  DNA topoisomerase III  41.2 
 
 
656 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275193  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  38.66 
 
 
676 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4425  DNA topoisomerase III  38.2 
 
 
707 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.669794  normal  0.110888 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  40.61 
 
 
671 aa  426  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  38.66 
 
 
676 aa  427  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  39.26 
 
 
666 aa  428  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  37.64 
 
 
730 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4107  DNA topoisomerase III  38.75 
 
 
679 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0727596  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0310  DNA topoisomerase III  38.81 
 
 
679 aa  424  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  9.29429e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3295  DNA topoisomerase III  40.72 
 
 
655 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.17428  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3364  DNA topoisomerase III  40.27 
 
 
647 aa  416  1e-115  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0618  DNA topoisomerase III  38.7 
 
 
669 aa  408  1e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  39.9 
 
 
654 aa  401  1e-110  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0022  DNA topoisomerase III  38.84 
 
 
718 aa  391  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.995092 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0003  DNA topoisomerase 3  39 
 
 
717 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  9.70275e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08201  DNA topoisomerase III  36.48 
 
 
734 aa  389  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  36.93 
 
 
680 aa  388  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0087  DNA topoisomerase III  38.68 
 
 
717 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.451504 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0045  DNA topoisomerase III  35.28 
 
 
730 aa  382  1e-104  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0221365  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  36.21 
 
 
701 aa  380  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0121  DNA topoisomerase 3  36.96 
 
 
733 aa  363  7e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.488261  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>