More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1373 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_29970  NADH dehydrogenase I subunit F  73.3 
 
 
449 aa  635  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1564  NADH dehydrogenase I subunit F  88.96 
 
 
461 aa  827  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3607  NADH dehydrogenase I subunit F  77.49 
 
 
451 aa  686  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3695  NADH dehydrogenase I subunit F  76.64 
 
 
454 aa  694  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.196409  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2768  NADH dehydrogenase I subunit F  88.81 
 
 
449 aa  816  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1812  NADH dehydrogenase I subunit F  88.96 
 
 
461 aa  827  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.848425 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1398  NADH dehydrogenase I subunit F  89.49 
 
 
449 aa  808  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.940574  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1458  NADH dehydrogenase I subunit F  88.96 
 
 
461 aa  827  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  100 
 
 
445 aa  916  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  99.78 
 
 
445 aa  915  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2563  NADH dehydrogenase I subunit F  98.88 
 
 
445 aa  908  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  100 
 
 
445 aa  916  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2552  NADH dehydrogenase I subunit F  98.88 
 
 
445 aa  908  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2670  NADH dehydrogenase I subunit F  98.88 
 
 
445 aa  908  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.793863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2463  NADH dehydrogenase I subunit F  98.88 
 
 
445 aa  908  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.560534  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2508  NADH dehydrogenase I subunit F  98.88 
 
 
445 aa  908  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  99.78 
 
 
445 aa  915  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  99.78 
 
 
445 aa  915  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1869  NADH dehydrogenase I subunit F  76.19 
 
 
458 aa  694  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.123144 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1496  NADH dehydrogenase I subunit F  88.59 
 
 
449 aa  818  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.376582  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3304  NADH dehydrogenase I subunit F  90.87 
 
 
450 aa  834  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0360562  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4123  NADH dehydrogenase I subunit F  76.42 
 
 
453 aa  692  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1742  NADH dehydrogenase I subunit F  76.42 
 
 
453 aa  692  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00767478  normal  0.368262 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  100 
 
 
445 aa  916  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2566  NADH dehydrogenase I subunit F  79.58 
 
 
448 aa  711  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28480  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  79.57 
 
 
449 aa  701  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1017  NADH dehydrogenase I subunit F  78.73 
 
 
461 aa  730  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3369  NADH dehydrogenase I, F subunit  76.82 
 
 
452 aa  702  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  100 
 
 
445 aa  916  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2416  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  77.12 
 
 
448 aa  683  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0718255  normal  0.148536 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2546  NADH dehydrogenase I subunit F  87.7 
 
 
449 aa  791  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.698943  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  95.96 
 
 
445 aa  884  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.208712  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3201  NADH dehydrogenase I subunit F  77.05 
 
 
452 aa  704  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103684  normal  0.0135586 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  99.78 
 
 
445 aa  915  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  99.78 
 
 
445 aa  915  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0377  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  75.74 
 
 
444 aa  692  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.372414  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3128  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  62.38 
 
 
446 aa  544  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0588  NADH dehydrogenase I, F subunit  64.3 
 
 
474 aa  539  1e-152  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0577  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  64.3 
 
 
474 aa  540  1e-152  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1695  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  62.74 
 
 
537 aa  538  1e-151  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.316564  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  58.91 
 
 
429 aa  533  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  61.46 
 
 
427 aa  531  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  56.91 
 
 
454 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3821  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  56.63 
 
 
426 aa  503  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.400637  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  56.97 
 
 
425 aa  493  1e-138  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1116  NADH dehydrogenase (quinone)  53.79 
 
 
434 aa  463  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0714  NADH dehydrogenase (quinone)  54.94 
 
 
428 aa  441  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.934005  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.77 
 
 
438 aa  436  1e-121  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3441  NADH dehydrogenase I, F subunit  53.12 
 
 
423 aa  427  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.54 
 
 
447 aa  427  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0157  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  52.18 
 
 
422 aa  424  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4067  NADH dehydrogenase (quinone)  51.93 
 
 
428 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0902793  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.27 
 
 
443 aa  418  1e-115  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.53 
 
 
439 aa  412  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.28 
 
 
421 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0329  NADH dehydrogenase (quinone)  51.34 
 
 
433 aa  411  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0158  NADH dehydrogenase (quinone)  49.88 
 
 
421 aa  410  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.589974 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.79 
 
 
441 aa  406  1e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0544  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.67 
 
 
448 aa  405  1e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.789941 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.5 
 
 
434 aa  407  1e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.28 
 
 
433 aa  405  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0176  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  49.15 
 
 
421 aa  404  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0208  NADH dehydrogenase I chain F  50.71 
 
 
425 aa  399  1e-110  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  47.64 
 
 
445 aa  399  1e-110  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0914  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.5 
 
 
446 aa  397  1e-109  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.57 
 
 
422 aa  396  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.17 
 
 
706 aa  397  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6677  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.99 
 
 
431 aa  395  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07430  NADH dehydrogenase subunit F  48.18 
 
 
449 aa  392  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0432719 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03210  NADH dehydrogenase subunit F  47.79 
 
 
424 aa  393  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589987  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.75 
 
 
434 aa  392  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  48.83 
 
 
428 aa  390  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1278  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.13 
 
 
444 aa  391  1e-107  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.327335  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0474  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.71 
 
 
448 aa  388  1e-106  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1872  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  48.64 
 
 
438 aa  386  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.901047  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4553  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.17 
 
 
442 aa  384  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.77 
 
 
427 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.77 
 
 
427 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  5.22116e-05 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2711  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.28 
 
 
444 aa  384  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  48.31 
 
 
428 aa  379  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0525  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.82 
 
 
440 aa  380  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1599  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.97 
 
 
438 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160681  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1880  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.18 
 
 
441 aa  376  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1575  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.97 
 
 
438 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4458  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.22 
 
 
443 aa  374  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3391  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.45 
 
 
451 aa  373  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1545  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.25 
 
 
438 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.349481  normal  0.139293 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4486  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.18 
 
 
438 aa  371  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144316  hitchhiker  0.0024852 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  45.27 
 
 
545 aa  369  1e-101  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  4.17436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0104  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  46.65 
 
 
416 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3224  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.3 
 
 
439 aa  369  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4739  NADH dehydrogenase (quinone)  51.08 
 
 
428 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1693  NADH dehydrogenase (quinone)  46.41 
 
 
416 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0681624  normal  0.883791 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1740  NADH dehydrogenase (quinone)  46.65 
 
 
416 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4060  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.72 
 
 
443 aa  369  1e-101  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.306589 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.37 
 
 
449 aa  370  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.7 
 
 
426 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  45.27 
 
 
545 aa  368  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1241  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.69 
 
 
456 aa  366  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0979  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.82 
 
 
439 aa  367  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>