62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1184 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_1184  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02377  hydrogenase 4, membrane subunit  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2619  hydrogenase 4 membrane subunit  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2767  hydrogenase 4 membrane subunit  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1191  hydrogenase 4 membrane subunit  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2857  hydrogenase 4 membrane subunit  99.54 
 
 		 216 aa  427  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3707  hydrogenase 4 membrane subunit  99.54 
 
 		 216 aa  427  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02339  hypothetical protein  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2632  hydrogenase 4 membrane subunit  98.61 
 
 		 216 aa  424  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2711  hydrogenase 4 membrane subunit  63.89 
 
 		 216 aa  268  5.9999999999999995e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1282  hydrogenase 4 membrane subunit  63.43 
 
 		 216 aa  264  5.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.077695  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4572  hydrogenase 4 membrane subunit  56.22 
 
 		 217 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2189  hydrogenase 4 membrane subunit  46.76 
 
 		 216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00970  hydrogenase 4 membrane subunit  47.77 
 
 		 217 aa  195  4.0000000000000005e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1039  hydrogenase 4 membrane subunit  37.74 
 
 		 220 aa  134  8e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000344071  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1912  hydrogenase 4 membrane subunit  37.68 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.199181  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1864  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  37.85 
 
 		 215 aa  124  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.31142  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0129  hydrogenase 4 membrane subunit  33.66 
 
 		 211 aa  112  3e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0545856  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0186  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  35.71 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0319  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  23.74 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.500767  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0177  hypothetical protein  27.91 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1689  hydrogenase, membrane subunit 2-like protein  27.52 
 
 		 220 aa  68.2  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.674662  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0327  hypothetical protein  27.44 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.704563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2462  hydrogenase 4 membrane component (E)  26.82 
 
 		 222 aa  62  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.495145 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0109  hydrogenase 4 membrane component  25.46 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1140  hydrogenase subunit  28 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1615  putative hydrogenase, membrane subunit  25.46 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1530  putative hydrogenase, membrane subunit  25.46 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1263  hypothetical protein  26.05 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.14188  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3215  hypothetical protein  33.33 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3432  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.326498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2458  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.32 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.124831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0168  putative hydrogenase-4 component E  30.99 
 
 		 226 aa  58.2  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2476  hypothetical protein  29.58 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.815072 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6067  hypothetical protein  22.17 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0736972  hitchhiker  0.000527865 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0373  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.67 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0256597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0741  NAD-dependent dehydrogenase subunit  28.03 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3290  hydrogenase 4 membrane component  24.77 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.540565  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3798  NAD-dependent dehydrogenase subunit  29.63 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.173142  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3715  NAD-dependent dehydrogenase subunit  29.63 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0518094  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3190  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.65 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.211977  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1071  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.65 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  9.47177e-35 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4286  hypothetical protein  32.17 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00379585  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0701  hydrogenase 4 membrane component (E)  26.94 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.202504  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4669  hydrogenase 4 subunit E  23.96 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.253819  normal  0.171348 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0793  hypothetical protein  34.83 
 
 		 214 aa  52.8  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0338  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.62 
 
 		 213 aa  52.4  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0918  hydrogenase 4 membrane component  28.74 
 
 		 219 aa  52.4  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.911214 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3783  NAD-dependent dehydrogenase subunit  35.9 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0555648  normal  0.797729 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3657  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0452808  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0890  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  31.68 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.973916  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2599  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.68 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2620  NAD-dependent dehydrogenase subunit  28.67 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.195312  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2556  NAD-dependent dehydrogenase subunit  25.93 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3853  hypothetical protein  28.92 
 
 		 220 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.395736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1305  hydrogenase 4 membrane component (E)  26.32 
 
 		 222 aa  50.8  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1262  hypothetical protein  26.17 
 
 		 220 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0296387 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1398  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  35.48 
 
 		 229 aa  48.5  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0730  hydrogenase subunit  25.83 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0129986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10086  hydrogenase hycP  28.95 
 
 		 220 aa  44.7  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000096186  normal  0.18173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0931  hypothetical protein  29.22 
 
 		 220 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.229661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2987  hypothetical protein  31.67 
 
 		 220 aa  42.4  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0295877  hitchhiker  0.00167925 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>