More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1182 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  100 
 
 
555 aa  1151    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  70.42 
 
 
569 aa  858    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  70.42 
 
 
569 aa  858    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  100 
 
 
555 aa  1151    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  96.32 
 
 
571 aa  1129    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  70.25 
 
 
576 aa  858    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  71.83 
 
 
569 aa  868    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  70.25 
 
 
569 aa  857    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  71.02 
 
 
567 aa  861    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  74.56 
 
 
575 aa  911    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  96.32 
 
 
571 aa  1127    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  61.95 
 
 
576 aa  736    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  71.83 
 
 
569 aa  868    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  71.83 
 
 
569 aa  868    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  71.83 
 
 
569 aa  868    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  100 
 
 
555 aa  1151    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  96.85 
 
 
571 aa  1135    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  70.42 
 
 
576 aa  858    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  96.67 
 
 
571 aa  1135    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  71.83 
 
 
569 aa  868    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  62.43 
 
 
574 aa  759    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  70.25 
 
 
569 aa  853    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  100 
 
 
555 aa  1151    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  74.91 
 
 
575 aa  907    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  70.42 
 
 
569 aa  858    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  67.78 
 
 
571 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  70.42 
 
 
569 aa  858    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  99.82 
 
 
555 aa  1149    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  70.42 
 
 
569 aa  858    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  70.42 
 
 
569 aa  858    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  48.35 
 
 
579 aa  579  1e-164  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  48.71 
 
 
582 aa  572  1.0000000000000001e-162  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  49.65 
 
 
578 aa  571  1e-161  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  48.85 
 
 
578 aa  559  1e-158  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  47.83 
 
 
567 aa  558  1e-158  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  38.29 
 
 
561 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  36.98 
 
 
557 aa  379  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  36.98 
 
 
557 aa  379  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0795  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.23 
 
 
525 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4284  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.14 
 
 
551 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2464  NADH dehydrogenase (quinone)  32.44 
 
 
531 aa  273  7e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.511351  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  40.68 
 
 
402 aa  265  2e-69  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1687  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.39 
 
 
530 aa  261  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.22 
 
 
537 aa  259  8e-68  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.7 
 
 
409 aa  251  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  35.73 
 
 
406 aa  250  4e-65  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.86 
 
 
409 aa  249  7e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  37.08 
 
 
414 aa  247  3e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  33.76 
 
 
419 aa  238  2e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.39 
 
 
359 aa  236  1.0000000000000001e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1123  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  33.4 
 
 
526 aa  233  9e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.165135  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.31 
 
 
359 aa  229  8e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.42 
 
 
409 aa  229  1e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  34.27 
 
 
359 aa  229  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.08 
 
 
360 aa  227  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0699  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.73 
 
 
524 aa  225  1e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.758996  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.77 
 
 
359 aa  224  3e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.67 
 
 
358 aa  224  4e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.67 
 
 
358 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  35.29 
 
 
361 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.29 
 
 
361 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  32.02 
 
 
359 aa  221  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.11 
 
 
359 aa  220  5e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  33.33 
 
 
359 aa  219  8.999999999999998e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  34.27 
 
 
359 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.45 
 
 
359 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.67 
 
 
358 aa  216  8e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.27 
 
 
366 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  32.8 
 
 
377 aa  213  9e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  35.57 
 
 
359 aa  211  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  33.61 
 
 
358 aa  212  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0325  putative formate hydrogenlyase subunit  31.63 
 
 
515 aa  210  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  32.59 
 
 
358 aa  209  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  33.43 
 
 
360 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  30.75 
 
 
524 aa  208  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289137 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1317  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  33.11 
 
 
526 aa  208  2e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  32.87 
 
 
362 aa  207  4e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  35.29 
 
 
359 aa  207  6e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  34.73 
 
 
359 aa  205  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1303  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.57 
 
 
478 aa  205  2e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1571  hydrogenase, group 4, HycE subunit, putative  32.65 
 
 
526 aa  204  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0265592  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1138  hydrogenase subunit  31.4 
 
 
527 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0311036  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  32.69 
 
 
362 aa  201  3e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  33.43 
 
 
358 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  33.61 
 
 
362 aa  199  7.999999999999999e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0206  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  31.49 
 
 
794 aa  199  9e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000609108  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  31.1 
 
 
501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.679833  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1449  hydrogenase, HycE subunit  34.01 
 
 
526 aa  197  3e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0376579  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  31.09 
 
 
359 aa  196  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1942  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  28.72 
 
 
787 aa  194  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0933  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  31.69 
 
 
502 aa  193  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0175  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit  30.8 
 
 
522 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2478  NADH dehydrogenase (quinone)  31.03 
 
 
492 aa  191  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.487557 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4707  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.58 
 
 
486 aa  189  8e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  31.23 
 
 
374 aa  189  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  30.85 
 
 
362 aa  188  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0473  NADH dehydrogenase (quinone)  33.15 
 
 
375 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.330146  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0153  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  29.88 
 
 
791 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1818  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  30.92 
 
 
519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.207478  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2989  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.71 
 
 
506 aa  183  8.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.016212  hitchhiker  0.00562837 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>