More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1173 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02388  DNA replication initiation factor  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00844744  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02350  hypothetical protein  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0140211  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1180  DNA replication initiation factor  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0260346 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2643  DNA replication initiation factor  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.029874  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3718  DNA replication initiation factor  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.287428  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2631  DNA replication initiation factor  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.127472  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1173  DnaA regulatory inactivator Hda  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00363629  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2870  DNA replication initiation factor  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2779  DNA replication initiation factor  100 
 
 
248 aa  504  1e-142  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00316092  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2643  DNA replication initiation factor  98.73 
 
 
241 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000240374  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2733  DNA replication initiation factor  98.73 
 
 
241 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.176133  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2691  DNA replication initiation factor  98.73 
 
 
241 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.994439  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2864  DNA replication initiation factor  98.73 
 
 
241 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2755  DNA replication initiation factor  98.73 
 
 
241 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3125  DNA replication initiation factor  85.77 
 
 
239 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.65071e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1237  DNA replication initiation factor  85.77 
 
 
239 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  3.22124e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1354  DNA replication initiation factor  86.27 
 
 
235 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.49163e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1132  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 
235 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3184  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 
235 aa  401  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.338412  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2989  DNA replication initiation factor  82.83 
 
 
235 aa  400  1e-110  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.94989  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1067  DNA replication initiation factor  81.97 
 
 
235 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2984  DNA replication initiation factor  93.91 
 
 
197 aa  381  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.130001  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3519  DNA replication initiation factor  85.22 
 
 
203 aa  360  8e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.22662e-08  normal  0.661006 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1967  DNA replication initiation factor  52.36 
 
 
236 aa  253  2e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0187389  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1071  chromosomal replication initiator, DnaA  54.78 
 
 
242 aa  251  6e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.163045  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1838  DNA replication initiation factor  50.85 
 
 
236 aa  246  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0197732  normal  0.185347 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1691  DNA replication initiation factor  50.85 
 
 
236 aa  244  1e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.482582  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2164  DNA replication initiation factor  51.07 
 
 
236 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1916  DNA replication initiation factor  49.15 
 
 
241 aa  241  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.139395  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1779  DNA replication initiation factor  50 
 
 
236 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.77265e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1786  DNA replication initiation factor  50 
 
 
236 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000114863  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2499  DNA replication initiation factor  50 
 
 
236 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169271  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1751  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 
236 aa  241  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.712768  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1823  DNA replication initiation factor  50 
 
 
236 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  7.11754e-06  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2441  DNA replication initiation factor  50.21 
 
 
236 aa  239  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689375  normal  0.0202229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1643  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 
236 aa  239  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135541  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1651  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 
236 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0364353  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1576  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 
236 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.840172  normal  0.181958 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2877  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 
236 aa  238  6e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1643  DNA replication initiation factor  49.36 
 
 
236 aa  238  7e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  49.35 
 
 
234 aa  218  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1343  DNA replication initiation factor  48.7 
 
 
231 aa  214  1e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.27246e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  49.35 
 
 
234 aa  212  6e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  47.19 
 
 
234 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  47.19 
 
 
234 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2110  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  47.19 
 
 
232 aa  207  9e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.519557  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0267  DnaA-related protein  44.87 
 
 
260 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  47.19 
 
 
234 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1926  DnaA-homolog protein Hda  45.18 
 
 
237 aa  203  3e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3194  hypothetical protein  45.45 
 
 
235 aa  202  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158271  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  45.02 
 
 
234 aa  197  2e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  45.73 
 
 
235 aa  196  2e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  45.73 
 
 
235 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  45.73 
 
 
235 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  45.02 
 
 
261 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  43.86 
 
 
230 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  45.3 
 
 
235 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  43.86 
 
 
230 aa  192  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2487  chromosomal replication initiator, DnaA  41.2 
 
 
237 aa  181  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0518  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  43.57 
 
 
245 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.670919 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2522  DnaA domain-containing protein  42.48 
 
 
232 aa  177  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.48 
 
 
232 aa  174  8e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0896  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  42.13 
 
 
239 aa  174  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  8.81745e-08 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  39.82 
 
 
233 aa  162  4e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  40.28 
 
 
241 aa  155  4e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  41.28 
 
 
243 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02146  Chromosomal replication initiator, DnaA like protein to DnaA protein Hda  33.74 
 
 
245 aa  142  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0119761  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2616  DnaA regulatory inactivator Hda  34.26 
 
 
224 aa  136  3e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0204  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  35.53 
 
 
205 aa  134  1e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.114572 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  33.77 
 
 
233 aa  130  2e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  37.12 
 
 
235 aa  130  2e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2775  DnaA regulatory inactivator Hda  35.02 
 
 
235 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00936325  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0949  chromosomal replication initiator, DnaA  37.12 
 
 
232 aa  125  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1048  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.47 
 
 
237 aa  122  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  36.24 
 
 
233 aa  119  7e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  35.81 
 
 
233 aa  118  1e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  35.24 
 
 
233 aa  118  1e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2454  DnaA regulatory inactivator Hda  34.87 
 
 
233 aa  115  7e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2912  DnaA regulatory inactivator Hda  33.33 
 
 
235 aa  115  7e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2860  DnaA regulatory inactivator Hda  34.87 
 
 
233 aa  115  7e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.347104  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3953  DnaA regulatory inactivator Hda  32.33 
 
 
256 aa  113  2e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082136 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0746  DnaA regulatory inactivator Hda  33.05 
 
 
256 aa  113  2e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.653326 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1090  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
241 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379814  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3302  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
241 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.06436  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2318  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
241 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0509  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
241 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.679706  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2197  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
241 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369368  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3269  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
241 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0915676  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3312  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
332 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1316  DnaA regulatory inactivator Hda  33.76 
 
 
334 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0581271  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2489  DnaA regulatory inactivator Hda  31.33 
 
 
257 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3564  chromosomal replication initiator, DnaA  31.62 
 
 
228 aa  102  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2625  DnaA regulatory inactivator Hda  32.35 
 
 
233 aa  102  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124613  normal  0.134526 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2625  DnaA regulatory inactivator Hda  31.49 
 
 
315 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2993  chromosomal replication initiator, DnaA  30.6 
 
 
235 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  0.45952 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1971  chromosomal replication initiator, DnaA  31.25 
 
 
236 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0204012 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1478  Chromosomal replication initiator DnaA  28.17 
 
 
251 aa  99.4  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1763  chromosomal replication initiator, DnaA  33.16 
 
 
251 aa  98.2  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3180  DnaA regulatory inactivator Hda  31.88 
 
 
230 aa  95.9  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2993  chromosomal replication initiator, DnaA  30.8 
 
 
230 aa  94  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.372526  normal  0.556339 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>