More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1159 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02401  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
456 aa  941  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.49221e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2658  exodeoxyribonuclease VII large subunit  94.27 
 
 
455 aa  878  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  4.23152e-09  normal  0.673985 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  87.47 
 
 
449 aa  824  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1126  exodeoxyribonuclease VII large subunit  73.78 
 
 
461 aa  694  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  6.45996e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1193  exodeoxyribonuclease VII large subunit  71.81 
 
 
458 aa  639  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.10806e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02363  hypothetical protein  100 
 
 
456 aa  941  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.42965e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2661  exodeoxyribonuclease VII large subunit  86.8 
 
 
449 aa  819  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.5005e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2730  exodeoxyribonuclease VII large subunit  70.89 
 
 
465 aa  658  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  4.22836e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2877  exodeoxyribonuclease VII large subunit  87.7 
 
 
449 aa  826  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000174489  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2660  exodeoxyribonuclease VII large subunit  98.68 
 
 
456 aa  930  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.87444e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3734  exodeoxyribonuclease VII large subunit  98.46 
 
 
456 aa  925  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  3.26312e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3597  exodeoxyribonuclease VII large subunit  73.94 
 
 
458 aa  677  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.30865e-09  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1168  exodeoxyribonuclease VII large subunit  98.68 
 
 
456 aa  930  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  6.33307e-06  normal  0.0126087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  87.25 
 
 
449 aa  823  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  9.63372e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3005  exodeoxyribonuclease VII large subunit  73.67 
 
 
462 aa  670  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000184236  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1159  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  100 
 
 
456 aa  941  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.02008e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0410  exodeoxyribonuclease VII large subunit  71.81 
 
 
459 aa  639  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  1.34785e-10  hitchhiker  0.000369784 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1267  exodeoxyribonuclease VII large subunit  73.01 
 
 
464 aa  667  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000176036  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  88.99 
 
 
457 aa  848  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  2.10085e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2746  exodeoxyribonuclease VII large subunit  87.47 
 
 
449 aa  823  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  6.99903e-06  normal  0.210011 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1301  exodeoxyribonuclease VII large subunit  72.25 
 
 
459 aa  643  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  1.14365e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2885  exodeoxyribonuclease VII large subunit  99.34 
 
 
456 aa  935  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.48025e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.84 
 
 
444 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01075  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.2 
 
 
443 aa  496  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004342  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.66 
 
 
443 aa  498  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.65 
 
 
446 aa  498  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1216  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.95 
 
 
448 aa  491  1e-138  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0401789  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1296  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.53 
 
 
442 aa  466  1e-130  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430502  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1558  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.92 
 
 
442 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0686099  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02974  exonuclease VII, large subunit  50.45 
 
 
450 aa  459  1e-128  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143789  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1312  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.03 
 
 
445 aa  460  1e-128  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.66 
 
 
448 aa  453  1e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3125  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.23 
 
 
442 aa  454  1e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0284972  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.66 
 
 
448 aa  451  1e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1268  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.63 
 
 
446 aa  452  1e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.6399e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.66 
 
 
466 aa  452  1e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1378  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.21 
 
 
448 aa  447  1e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.97 
 
 
448 aa  445  1e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.54 
 
 
448 aa  447  1e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.97 
 
 
448 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.74 
 
 
448 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.62 
 
 
445 aa  439  1e-122  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2951  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  49.2 
 
 
447 aa  440  1e-122  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19698  normal  0.152138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4244  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50 
 
 
444 aa  439  1e-122  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2360  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.75 
 
 
447 aa  433  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.203365  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1136  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.6 
 
 
450 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.10023e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3121  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  49.77 
 
 
444 aa  425  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.698852  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.63 
 
 
451 aa  411  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0693  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.99 
 
 
458 aa  405  1e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  0.0687889 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.19 
 
 
454 aa  405  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1818  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  46.59 
 
 
467 aa  395  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1683  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  46.74 
 
 
458 aa  393  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.763853  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2406  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.24 
 
 
475 aa  391  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000113939  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4149  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.57 
 
 
446 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  2.7114e-06  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0718  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.86 
 
 
448 aa  380  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.22 
 
 
414 aa  379  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1034  Exodeoxyribonuclease VII  49.08 
 
 
447 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.77 
 
 
414 aa  376  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2873  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.6 
 
 
451 aa  369  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0504713  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4200  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.6 
 
 
452 aa  365  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.09756e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4084  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.82 
 
 
452 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.796094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.6 
 
 
452 aa  365  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0384993  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3933  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.6 
 
 
452 aa  365  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4404  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.82 
 
 
452 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1848  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.63 
 
 
453 aa  365  1e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000692777  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4290  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.37 
 
 
452 aa  365  1e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.507724  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0944  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.37 
 
 
452 aa  365  1e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.43043  hitchhiker  0.000327864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.94 
 
 
463 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1030  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.37 
 
 
447 aa  364  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000189378  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39770  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.79 
 
 
456 aa  363  2e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.979844  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.04 
 
 
476 aa  363  4e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4310  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.37 
 
 
452 aa  363  5e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4253  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.37 
 
 
452 aa  363  5e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0297469  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.45 
 
 
453 aa  362  7e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.07972e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4032  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.6 
 
 
452 aa  362  1e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.156439  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.12 
 
 
448 aa  361  1e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1915  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.99 
 
 
454 aa  360  2e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  1.69842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.09 
 
 
463 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.94 
 
 
459 aa  359  7e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.82 
 
 
463 aa  357  2e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3218  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.42 
 
 
457 aa  357  3e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1890  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.08 
 
 
446 aa  356  4e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.01941e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1025  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.18 
 
 
463 aa  353  3e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0612  exodeoxyribonuclease VII  43.94 
 
 
452 aa  352  6e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  7.16955e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.72 
 
 
463 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1027  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.72 
 
 
459 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444658  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00415  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.32 
 
 
445 aa  350  3e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.391794  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5875  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.36 
 
 
460 aa  348  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782017  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0888  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.38 
 
 
443 aa  345  8e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.5 
 
 
459 aa  343  3e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0516461  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1255  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.89 
 
 
458 aa  343  3e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000215567  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1767  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.38 
 
 
447 aa  343  3e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00135793  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2462  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.73 
 
 
460 aa  342  6e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422545 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.74 
 
 
455 aa  342  1e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.5 
 
 
460 aa  341  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2398  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.19 
 
 
467 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1339  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.5 
 
 
462 aa  340  3e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0857  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.93 
 
 
443 aa  339  5e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.39 
 
 
458 aa  338  1e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15230  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.27 
 
 
459 aa  338  1e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173867  hitchhiker  8.74033e-10 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>