More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0966 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  99.84 
 
 		 608 aa  1189    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 		 608 aa  1191    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  89.14 
 
 		 608 aa  970    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  99.67 
 
 		 608 aa  1186    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.180245 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  89.14 
 
 		 608 aa  1000    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  89.31 
 
 		 608 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  99.34 
 
 		 608 aa  1187    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  99.84 
 
 		 608 aa  1189    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  89.14 
 
 		 608 aa  971    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  74.18 
 
 		 608 aa  867    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  99.67 
 
 		 608 aa  1189    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264273 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  99.51 
 
 		 608 aa  1187    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  89.14 
 
 		 608 aa  972    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  47.94 
 
 		 622 aa  389  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  38.29 
 
 		 671 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  40.19 
 
 		 673 aa  357  3.9999999999999996e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  40.17 
 
 		 673 aa  343  5e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  40.08 
 
 		 672 aa  333  6e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  40.08 
 
 		 672 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  42.49 
 
 		 679 aa  332  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  40.08 
 
 		 672 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  40.08 
 
 		 672 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  39.88 
 
 		 672 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  39.49 
 
 		 672 aa  325  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  35.45 
 
 		 672 aa  319  1e-85  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  32.72 
 
 		 655 aa  258  2e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.97 
 
 		 661 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  33.21 
 
 		 655 aa  258  3e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  35.33 
 
 		 668 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  33.83 
 
 		 683 aa  253  9.000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  38.24 
 
 		 654 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  36.85 
 
 		 669 aa  246  9e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  30.16 
 
 		 650 aa  244  5e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  32.16 
 
 		 644 aa  242  1e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  35.39 
 
 		 669 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  33.01 
 
 		 617 aa  238  2e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  38.8 
 
 		 662 aa  239  2e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  32.23 
 
 		 644 aa  237  5.0000000000000005e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.21 
 
 		 666 aa  237  6e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  31.84 
 
 		 649 aa  233  7.000000000000001e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  34.15 
 
 		 667 aa  232  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.46 
 
 		 666 aa  232  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  38.64 
 
 		 654 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.07 
 
 		 669 aa  228  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.96 
 
 		 646 aa  225  2e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  32.09 
 
 		 669 aa  223  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  29.11 
 
 		 662 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  32.14 
 
 		 748 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  33.56 
 
 		 674 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  32.79 
 
 		 669 aa  216  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  31.96 
 
 		 669 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  30.88 
 
 		 674 aa  215  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.27 
 
 		 660 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  32.56 
 
 		 669 aa  214  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  39.89 
 
 		 654 aa  213  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.98 
 
 		 688 aa  211  3e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  37.88 
 
 		 654 aa  211  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.78 
 
 		 661 aa  209  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  35.12 
 
 		 663 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  31.28 
 
 		 723 aa  206  9e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.24 
 
 		 659 aa  206  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  29.76 
 
 		 674 aa  206  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  31.19 
 
 		 668 aa  205  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  37.11 
 
 		 577 aa  204  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.75 
 
 		 659 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  31.38 
 
 		 668 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  31.38 
 
 		 668 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  35.55 
 
 		 666 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  28.68 
 
 		 633 aa  201  3e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  34.4 
 
 		 737 aa  200  7e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  32.57 
 
 		 672 aa  199  9e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  32.44 
 
 		 687 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  31.48 
 
 		 672 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  31.17 
 
 		 637 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  29.83 
 
 		 681 aa  190  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  36.21 
 
 		 646 aa  186  8e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  32.25 
 
 		 665 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  29.06 
 
 		 674 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  34.86 
 
 		 682 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  31.32 
 
 		 671 aa  179  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.77 
 
 		 522 aa  177  6e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  29.13 
 
 		 643 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  32.41 
 
 		 671 aa  173  9e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.89 
 
 		 674 aa  171  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.73 
 
 		 662 aa  170  8e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  30.96 
 
 		 640 aa  158  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  32.26 
 
 		 666 aa  157  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4834  NADH dehydrogenase (quinone)  31.76 
 
 		 585 aa  157  8e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  32.21 
 
 		 660 aa  156  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  32.21 
 
 		 660 aa  156  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.31 
 
 		 525 aa  154  4e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  32.85 
 
 		 666 aa  153  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  28.26 
 
 		 609 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  29.87 
 
 		 633 aa  151  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  29.87 
 
 		 633 aa  151  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  29.56 
 
 		 748 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  31.81 
 
 		 665 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  28.8 
 
 		 1265 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  37.31 
 
 		 664 aa  146  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1741  NADH dehydrogenase subunit M  27.86 
 
 		 604 aa  144  5e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.56797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>