136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0927 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 888 aa  1851    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  47.46 
 
 		 883 aa  738    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  96.85 
 
 		 888 aa  1792    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  98.99 
 
 		 888 aa  1829    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  36.21 
 
 		 823 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.45 
 
 		 892 aa  352  3e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  32.52 
 
 		 912 aa  324  4e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  31.29 
 
 		 906 aa  322  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  32.08 
 
 		 908 aa  312  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.01 
 
 		 920 aa  311  4e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  33.24 
 
 		 899 aa  299  1e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  31.62 
 
 		 915 aa  298  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  31.84 
 
 		 921 aa  296  9e-79  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  30.79 
 
 		 907 aa  295  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  31.42 
 
 		 904 aa  295  3e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  30.89 
 
 		 887 aa  283  7.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  32.12 
 
 		 912 aa  282  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  30.48 
 
 		 887 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  33.65 
 
 		 897 aa  278  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  32.52 
 
 		 905 aa  278  4e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.64 
 
 		 897 aa  274  5.000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  28.07 
 
 		 892 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  31.2 
 
 		 701 aa  268  4e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  32.89 
 
 		 899 aa  265  2e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  28.82 
 
 		 885 aa  262  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  29.15 
 
 		 899 aa  262  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  28.8 
 
 		 899 aa  258  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  29.35 
 
 		 944 aa  254  7e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  31.34 
 
 		 897 aa  251  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.3 
 
 		 885 aa  249  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  29.9 
 
 		 927 aa  247  6e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.71 
 
 		 971 aa  247  9e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  28.95 
 
 		 854 aa  238  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  28.56 
 
 		 854 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  28.09 
 
 		 879 aa  232  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  31.36 
 
 		 901 aa  231  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  29.4 
 
 		 887 aa  231  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  27.71 
 
 		 929 aa  227  6e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.35 
 
 		 962 aa  218  5e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  28.91 
 
 		 857 aa  218  5e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  29.21 
 
 		 922 aa  212  3e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.08 
 
 		 885 aa  211  6e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  29.86 
 
 		 860 aa  211  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  28.34 
 
 		 887 aa  208  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  28.8 
 
 		 888 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  30.09 
 
 		 860 aa  202  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  28.46 
 
 		 919 aa  202  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  30.22 
 
 		 871 aa  201  5e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  29.04 
 
 		 881 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  32.83 
 
 		 837 aa  199  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.29 
 
 		 970 aa  198  4.0000000000000005e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  31.02 
 
 		 871 aa  197  6e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.82 
 
 		 944 aa  197  9e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  25.91 
 
 		 908 aa  195  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  27.28 
 
 		 943 aa  192  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  30.71 
 
 		 948 aa  191  4e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  31.83 
 
 		 594 aa  191  7e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  33.78 
 
 		 456 aa  189  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  28.71 
 
 		 868 aa  189  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  35.6 
 
 		 1540 aa  189  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  34.65 
 
 		 965 aa  187  8e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  28.36 
 
 		 832 aa  184  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  31.72 
 
 		 968 aa  169  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  27.39 
 
 		 933 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  30.34 
 
 		 876 aa  162  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  31.93 
 
 		 918 aa  161  6e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  29.59 
 
 		 986 aa  145  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 729 aa  137  9e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  30.96 
 
 		 750 aa  137  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  30.63 
 
 		 795 aa  134  5e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  28.69 
 
 		 737 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  27.19 
 
 		 750 aa  130  9.000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  27.17 
 
 		 804 aa  130  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  25.39 
 
 		 741 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  27.68 
 
 		 779 aa  120  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  27.11 
 
 		 764 aa  120  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  27.68 
 
 		 781 aa  118  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  27.8 
 
 		 775 aa  116  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  28.12 
 
 		 783 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  28.33 
 
 		 763 aa  111  7.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  24.71 
 
 		 762 aa  108  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  30.19 
 
 		 726 aa  107  7e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  25.89 
 
 		 736 aa  103  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  25.95 
 
 		 778 aa  99  3e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  28.11 
 
 		 917 aa  98.6  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  24.38 
 
 		 729 aa  97.8  8e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  23.13 
 
 		 811 aa  92.4  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  25.65 
 
 		 801 aa  91.3  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  27.14 
 
 		 1027 aa  91.3  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  24.51 
 
 		 744 aa  90.9  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  26.5 
 
 		 741 aa  83.2  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  25.47 
 
 		 799 aa  79.3  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  26.08 
 
 		 566 aa  76.3  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  25.81 
 
 		 791 aa  75.5  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  26.39 
 
 		 827 aa  73.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0267  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  25.17 
 
 		 821 aa  71.6  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2978  metal dependent phosphohydrolase  22.34 
 
 		 745 aa  66.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1525  CRISPR-associated helicase Cas3  22.67 
 
 		 582 aa  66.6  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  23.37 
 
 		 836 aa  66.2  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4562  CRISPR-associated helicase Cas3  22.33 
 
 		 914 aa  65.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>