More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0520 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
323 aa  662    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  100 
 
 
323 aa  662    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  95.98 
 
 
370 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  662    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
323 aa  660    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  99.69 
 
 
323 aa  662    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
323 aa  662    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  99.69 
 
 
323 aa  661    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
323 aa  662    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  95.98 
 
 
370 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  99.69 
 
 
323 aa  660    Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  95.98 
 
 
370 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  95.98 
 
 
370 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  95.98 
 
 
370 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  91.64 
 
 
323 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  84.47 
 
 
323 aa  565  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  85.09 
 
 
323 aa  561  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  84.47 
 
 
323 aa  560  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  82.92 
 
 
323 aa  547  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  80.75 
 
 
323 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  79.75 
 
 
323 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  79.75 
 
 
323 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  79.44 
 
 
323 aa  527  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  70.9 
 
 
323 aa  482  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  69.66 
 
 
323 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  70.09 
 
 
323 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  68.73 
 
 
348 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  63.66 
 
 
331 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  63.66 
 
 
331 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  63.66 
 
 
331 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  65.42 
 
 
326 aa  444  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  63.35 
 
 
331 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  63.24 
 
 
323 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  63.66 
 
 
323 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  64.6 
 
 
323 aa  435  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  64.17 
 
 
333 aa  435  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  62.93 
 
 
323 aa  433  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  64.91 
 
 
331 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  64.91 
 
 
331 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3220  polyprenyl synthetase  64.91 
 
 
331 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000594957  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  62.11 
 
 
323 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  62.19 
 
 
327 aa  424  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  63.35 
 
 
331 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  61.37 
 
 
323 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  61.37 
 
 
323 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  59.5 
 
 
331 aa  413  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  60.12 
 
 
323 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  57.76 
 
 
324 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  54.97 
 
 
322 aa  372  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  57.45 
 
 
323 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  57.96 
 
 
330 aa  369  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  54.21 
 
 
345 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  58.47 
 
 
337 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  59.16 
 
 
313 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  58.26 
 
 
322 aa  362  4e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  57.37 
 
 
325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  57.76 
 
 
322 aa  355  5.999999999999999e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  56.21 
 
 
341 aa  354  8.999999999999999e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  54.83 
 
 
343 aa  354  1e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  56.09 
 
 
322 aa  353  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  56.27 
 
 
325 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  54.83 
 
 
322 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  50.47 
 
 
326 aa  349  4e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  55.76 
 
 
322 aa  347  1e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  56.73 
 
 
325 aa  347  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  52.65 
 
 
322 aa  347  2e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  56.59 
 
 
325 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  54.66 
 
 
321 aa  342  4e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  52.34 
 
 
322 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  52.65 
 
 
322 aa  336  3.9999999999999995e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  51.09 
 
 
322 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  52.02 
 
 
322 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  52.02 
 
 
322 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  51.09 
 
 
322 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  52.96 
 
 
322 aa  332  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  51.71 
 
 
322 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  51.71 
 
 
322 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  51.71 
 
 
322 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  51.4 
 
 
322 aa  330  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  52.02 
 
 
322 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  49.69 
 
 
320 aa  328  9e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  51.71 
 
 
332 aa  326  3e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  53.4 
 
 
325 aa  326  4.0000000000000003e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2653  polyprenyl synthetase  52.09 
 
 
330 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00415418  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  51.27 
 
 
340 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  53.05 
 
 
330 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  53.05 
 
 
330 aa  318  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  48.77 
 
 
334 aa  318  7e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0840  trans-hexaprenyltranstransferase  53.9 
 
 
327 aa  312  5.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.24671  normal  0.90387 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2899  octaprenyl-diphosphate synthase  50.93 
 
 
322 aa  311  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2517  Polyprenyl synthetase  50.93 
 
 
322 aa  311  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  53.72 
 
 
345 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  48.01 
 
 
334 aa  310  1e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0098  trans-hexaprenyltranstransferase  51.78 
 
 
331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478178  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0550  polyprenyl synthetase  51.78 
 
 
331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000400591  normal  0.0346751 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0580  trans-hexaprenyltranstransferase  51.78 
 
 
331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478477  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  49.83 
 
 
342 aa  305  5.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2803  polyprenyl synthetase  51.45 
 
 
331 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000673013  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3665  trans-hexaprenyltranstransferase  51.46 
 
 
331 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000484392  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0483  trans-hexaprenyltranstransferase  51.13 
 
 
331 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000223454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>